| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012967 | = 1686324 | 240 (0.950) | 3 (0.010) | 3/136 | 16.2 | 1.2% | coding (2212/2223 nt) | rsxC | electron transport complex subunit RsxC |
| ? | NC_012967 | = 1686489 | 270 (1.110) | coding (154/1059 nt) | rsxD | electron transport complex subunit RsxD | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
CCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGAT > NC_012967/1686418‑1686560 | ccGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCgg > 2:247105/1‑72 (MQ=255)ccGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCgg < 1:441722/72‑1 (MQ=255)ccGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTCGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCgg > 1:1261955/1‑72 (MQ=255) cGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGt < 1:3677826/72‑1 (MQ=255) cGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTGGGCATCGGt > 2:4188119/1‑72 (MQ=255) gTGCCAGGAATCGCAGCCCAACTGTGGTCTTCTGGTTGGGGTACTCTCGTTCCGATCCTGTTGGCCTCGGtt > 2:4421618/1‑72 (MQ=255) tGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTa < 2:3164521/72‑1 (MQ=255) gCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAg < 1:769550/72‑1 (MQ=255) gCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAg > 2:529529/1‑72 (MQ=255) gCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAg > 2:4617893/1‑72 (MQ=255) gCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAg < 2:3681656/72‑1 (MQ=255) gCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAg > 2:7306036/1‑72 (MQ=255) gCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAg > 1:757795/1‑72 (MQ=255) ccAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGt > 2:1991291/1‑72 (MQ=255) ccAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGt > 2:3373888/1‑72 (MQ=255) cAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTg > 1:5440214/1‑72 (MQ=255) aGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGc < 1:8518082/72‑1 (MQ=255) aGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGc < 1:5120428/72‑1 (MQ=255) aGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGc > 1:1537919/1‑72 (MQ=255) ggAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGct > 1:1419815/1‑72 (MQ=255) gAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGctc > 1:2202924/1‑72 (MQ=255) gAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGctc < 1:6659972/72‑1 (MQ=255) actCGCAGCGCAACTGTGGTTGTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGctct < 1:6120721/70‑1 (MQ=255) ntCGCAGCGCGAGTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTg < 2:3447839/71‑1 (MQ=255) aTCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTg > 1:9030103/1‑72 (MQ=255) tCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGt < 2:7621957/72‑1 (MQ=255) tCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGt < 1:5200605/72‑1 (MQ=255) tCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGt < 2:4323607/72‑1 (MQ=255) cGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCGTGTTGGCATCTGTTAGTGCTCTGtt < 2:3949383/72‑1 (MQ=255) cGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGtt > 1:8251342/1‑72 (MQ=255) gCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTa > 2:8284504/1‑72 (MQ=255) gCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTa < 1:6230786/72‑1 (MQ=255) gCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTa < 2:8655384/72‑1 (MQ=255) gCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTa > 2:1471801/1‑72 (MQ=255) cAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAg < 2:7731350/72‑1 (MQ=255) aGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGc > 2:7428659/1‑72 (MQ=255) aGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGc > 2:8868641/1‑72 (MQ=255) cgcAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCg < 1:4165846/72‑1 (MQ=255) cgcAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCg > 1:6460114/1‑72 (MQ=255) gcAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGa > 2:4898503/1‑72 (MQ=255) gcAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGa > 2:7173224/1‑72 (MQ=255) gcAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGa > 2:8729949/1‑72 (MQ=255) gcAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGa < 1:1082113/72‑1 (MQ=255) aaCTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAg > 1:7922582/1‑72 (MQ=255) aCTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGc < 2:1400771/72‑1 (MQ=255) tgtgGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGctc < 1:709047/72‑1 (MQ=255) gtgGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGctct < 1:5952885/72‑1 (MQ=255) gtgGTTGTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGctct < 2:9211070/72‑1 (MQ=255) tgGTTTTTTGGTTGGTGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCtctc < 1:1903710/72‑1 (MQ=255) gTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGt < 2:7014744/72‑1 (MQ=255) gTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGt < 1:4617894/72‑1 (MQ=255) gTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGt < 1:9063871/72‑1 (MQ=255) ttttttGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTa < 2:2970801/72‑1 (MQ=255) tttttGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTAc > 2:5033785/1‑72 (MQ=255) tttttGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTAc < 1:2542627/72‑1 (MQ=255) ttggttggGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCa > 2:2735345/1‑72 (MQ=255) ggttggGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCGGAAGCTCTGGTACTCaaa > 2:7807056/1‑72 (MQ=255) gttggGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAAc > 1:2701154/1‑72 (MQ=255) ggggTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTAc > 1:3975625/1‑72 (MQ=255) gggTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACg < 1:5312956/72‑1 (MQ=255) ggTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGc < 1:4304928/72‑1 (MQ=255) ggTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGc < 1:1432250/72‑1 (MQ=255) gTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCa < 2:2520272/72‑1 (MQ=255) tACTCNCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCaa > 2:484156/1‑72 (MQ=255) aCTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTTGTACTCAAACTACGCAAg > 1:3090896/1‑72 (MQ=255) aCTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAg > 1:3466690/1‑72 (MQ=255) aCTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAg > 2:1133985/1‑72 (MQ=255) ctctCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGc > 1:8411019/1‑72 (MQ=255) tctcGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCa > 2:5897007/1‑72 (MQ=255) cGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTc < 2:8148392/72‑1 (MQ=255) tCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGt < 1:6677025/72‑1 (MQ=255) cAGATCCTGTTGNCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTa < 1:997118/72‑1 (MQ=255) cAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCGAACTACGCAAGCAGTCGGTa > 1:3475058/1‑72 (MQ=255) cAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTa > 1:2023318/1‑72 (MQ=255) cAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTGAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTa < 1:7799378/72‑1 (MQ=255) cAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGCTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTa > 2:520360/1‑72 (MQ=255) aTCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGcc > 2:2282889/1‑72 (MQ=255) aTCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGcc > 1:7973592/1‑72 (MQ=255) aTCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGcc > 2:1744040/1‑72 (MQ=255) ccTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGc > 1:4904088/1‑72 (MQ=255) ccTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGc > 1:8674303/1‑72 (MQ=255) gtgtgGGCATCGGTGAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCa < 2:2229267/71‑1 (MQ=255) tGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCaa > 1:8900409/1‑72 (MQ=255) gTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAAc > 1:6350207/1‑72 (MQ=255) gTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAAc > 1:5746045/1‑72 (MQ=255) ttGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACg < 1:836069/72‑1 (MQ=255) ttGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACg < 1:6586028/72‑1 (MQ=255) tGGCTTCGGTTGGGGCTCTGTTCGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAGGCAGTCGGTAGCCGCAACGt < 2:2614497/72‑1 (MQ=255) ggCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGTAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCGACggt > 1:103673/1‑70 (MQ=255) ggCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTANGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGtt < 1:1008514/72‑1 (MQ=255) gCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTg > 1:1866412/1‑72 (MQ=255) cATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGa > 2:6831896/1‑72 (MQ=255) aTCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGaa > 2:8546845/1‑72 (MQ=255) aTCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGaa < 1:4192447/72‑1 (MQ=255) cGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAg < 2:1808380/72‑1 (MQ=255) ggTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCANGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAANa > 1:893871/1‑72 (MQ=255) ggTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGa > 1:6804437/1‑72 (MQ=255) ggTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGa > 2:6753592/1‑72 (MQ=255) gTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGAt < 1:5358229/72‑1 (MQ=255) gTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGAt > 2:5067758/1‑72 (MQ=255) | CCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGAT > NC_012967/1686418‑1686560 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |