| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012967 | 880528 = | 203 (0.810) | 51 (0.250) | 38/114 | 5.7 | 25.7% | intergenic (+17/+163) | rcdA/ECB_RS04335 | DNA‑binding transcriptional regulator RcdA/hypothetical protein |
| ? | NC_012967 | = 904682 | 133 (0.660) | intergenic (+77/+159) | ECB_RS04500/ybjL | ogr/Delta‑like zinc finger family protein/aspartate:alanine antiporter | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
CCACCACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_012967/880612‑880528‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgggttttttgttGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAAAATGGCG < NC_012967/904682‑904612 CCACCACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAA < 2:81460/72‑1CCACCACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAA > 1:1679577/1‑72 CACCACTGACCACCAACCCAACTTGTTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAAT < 2:4169525/72‑1 CACCACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAAT < 1:3702525/72‑1 CACCACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAAT < 1:4974489/72‑1 CACCACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAAT > 2:6781995/1‑72 ACCACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATG > 1:1688576/1‑72 ACCACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGGTTACATAAATG < 1:2656774/72‑1 CCACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGG < 2:1191700/72‑1 CCACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGG < 1:8273167/72‑1 CACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGG < 2:3920410/72‑1 CACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGG < 1:8019554/72‑1 CTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTT < 2:5089530/72‑1 CTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTT < 1:1857142/72‑1 CTGACCACCAACACAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTT < 1:4329125/72‑1 TGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCGGTTTACATAAATGGGTTT < 2:1284574/72‑1 TGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTT < 2:2814082/72‑1 TGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTT < 1:5804014/72‑1 TGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTT < 2:8547324/72‑1 TGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTT > 1:2279660/1‑72 GACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTTTTTTTTTTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTT < 1:660386/72‑1 ACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTT > 2:2244716/1‑72 ACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTT > 2:5892225/1‑72 CCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTT > 2:7191800/1‑72 CACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTG < 1:2662500/72‑1 ACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGT < 1:7363484/72‑1 CCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTT < 1:4328312/72‑1 CCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTT < 2:1824956/72‑1 CCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTT < 2:1205860/72‑1 CAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTG > 2:2941125/1‑72 AACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGC > 1:56991/1‑72 AACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGC > 2:2380625/1‑72 CAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGA < 1:1134042/72‑1 AACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAA < 1:2871002/72‑1 CTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAAT < 2:7818349/72‑1 CTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAAT < 2:7818363/72‑1 CTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAAT > 1:3667536/1‑72 TTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTAT < 2:3951077/72‑1 TTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTAT < 2:4473687/72‑1 TGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATG < 2:2816258/72‑1 TGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATG < 1:7409669/72‑1 TTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCT > 2:7586839/1‑72 TTTTTACTATAACGTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCT < 1:1266323/72‑1 TTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCT < 1:7794515/72‑1 ACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTA > 1:4123883/1‑72 ACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTA > 2:1877811/1‑72 CTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAA < 2:7297300/72‑1 TATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAA > 1:1123372/1‑72 ATAACTTATTGTTTTAATTAACATGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGTCTGAAATTTATGCTCTTTAAAA > 1:6430640/1‑72 AACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATC > 1:4816118/1‑72 CTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCAT < 2:6471532/72‑1 TTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATG < 2:4794176/72‑1 TGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGT < 1:7631084/72‑1 TGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGT > 1:248507/1‑72 TGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGT > 2:3479267/1‑72 TGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGT < 1:4871343/72‑1 TTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAG < 2:517621/72‑1 TCATTAACCCGTTTACATAAATGNGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAA > 1:5628002/1‑72 CATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAG > 1:6349267/1‑72 ACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTG < 2:7451971/72‑1 GTTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTT < 1:5599184/72‑1 TTTACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTT > 1:1472234/1‑72 ACATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAA < 1:329661/72‑1 CATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAAC < 1:4116946/72‑1 ATAAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACG > 2:6705365/1‑72 tgtTGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGAACTGTTTTTTAACGAT < 1:5208828/69‑1 tgcTGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTCTTTTAACGAT > 1:6793329/4‑72 AAATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGAT > 1:828823/1‑72 AATTGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATG > 1:1888463/1‑72 AATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATG < 1:8738426/72‑1 ATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGG > 1:724921/1‑72 ATGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGG > 2:3435227/1‑72 TGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGC < 1:6302363/72‑1 TGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGC > 2:8103702/1‑72 TGGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGC > 2:3588325/1‑72 gtGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCG < 2:3986681/70‑1 GGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCG > 1:8684491/1‑72 GGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCG < 1:5415937/72‑1 GGGTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTGAACGATGGCG < 2:4132773/72‑1 GTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGAC < 1:1581932/72‑1 GTTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGAC > 2:8311505/1‑72 TTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACA > 1:7523226/1‑72 TTTTTTGTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACA < 1:7324548/72‑1 TTTTGTTGCCTGAAATTTATTCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAAA < 2:1296805/72‑1 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GTTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAAAATGG > 2:6553111/1‑72 TTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAAAATGGC < 2:5680797/72‑1 TTGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAAAATGGC > 1:1614573/1‑72 TTGCATGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAAAATGGC > 2:3734116/1‑72 TGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAAAAGGGCG < 2:7229426/72‑1 CCACCACTGACCACCAACCCAACTTATTGTTTTTACTATAACTTATTGTTTTCATTAACCCGTTTACATAAATGGGTTTTTTGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_012967/880612‑880528‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgggttttttgttGCCTGAAATTTATGCTCTTTAAAATCATGATGTTAGAAGCACTGTTTTTTAACGATGGCGACAAAATGGCG < NC_012967/904682‑904612 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |