| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012967 | 2066637 = | 181 (0.720) | 38 (0.180) +GTTGGCGCACAA |
7/118 | 15.6 | 22.0% | intergenic (‑34/+59) | wcaA/wzc | colanic acid biosynthesis glycosyltransferase WcaA/tyrosine‑protein kinase Wzc |
| ? | NC_012967 | = 4208344 | 145 (0.580) | intergenic (+51/+40) | yjbB/pepE | Na/Pi cotransporter family protein/dipeptidase PepE | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
GTCGGCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGCGTCGTTATTTCGCATCC > NC_012967/2066566‑2066708 | gTCGGCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTttgctt > 2:2958878/1‑72 (MQ=255) tCGGCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTttgctt‑g > 1:4181926/1‑72 (MQ=255) tCGGCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTttgctt‑g > 1:397299/1‑72 (MQ=255) cGGCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTttgctt‑gc > 1:7476547/1‑72 (MQ=255) cGGCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTttgctt‑gc < 1:5545230/72‑1 (MQ=255) ggCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑Tcc > 1:2659997/1‑72 (MQ=255) ggCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑Gcc < 1:4558849/72‑1 (MQ=255) gCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCg < 2:4370317/72‑1 (MQ=255) cATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCgg < 1:1138543/72‑1 (MQ=255) atatAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCggg > 2:7743079/1‑71 (MQ=255) atatAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCggc > 1:3811748/1‑71 (MQ=255) atatAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGa > 2:8422209/1‑72 (MQ=255) tataGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGAt < 2:5096237/72‑1 (MQ=255) tataGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGAt < 1:1684125/72‑1 (MQ=255) tataGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGAt < 2:6447689/72‑1 (MQ=255) ataGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATATGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCAGGATg < 2:1764473/72‑1 (MQ=255) ataGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATACGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATg < 1:276255/72‑1 (MQ=255) taGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATgc > 1:4521563/1‑72 (MQ=255) aGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATgcg > 2:5832423/1‑72 (MQ=255) aGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATgcg > 1:1402406/1‑72 (MQ=255) gATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATgcgg < 1:910219/72‑1 (MQ=255) aTTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATgcggc < 1:6756320/72‑1 (MQ=255) ttGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATgcggcg > 2:3965785/1‑72 (MQ=255) tGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGGTGGGGGGt > 1:5941481/1‑72 (MQ=255) gagaTCAGCGGATTGTCTTTCATATGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGGTGCGGGGTg > 1:1965201/1‑72 (MQ=255) gagaTCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGGTGCGGGGTg > 2:2862826/1‑72 (MQ=255) agaTCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGGTGTGGGGTgg > 2:1448578/1‑71 (MQ=255) gaTCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGGTGCGGCGTGaa > 1:4513991/1‑72 (MQ=255) gaTCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGaa < 1:2566941/72‑1 (MQ=255) aTCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAAc < 1:4853619/72‑1 (MQ=255) aTCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAAc > 1:8393411/1‑72 (MQ=255) cAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCTGATGCGGCGTGAACGc > 1:8720218/1‑72 (MQ=255) aGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGcc < 1:5392629/72‑1 (MQ=255) aGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGcc < 1:300171/72‑1 (MQ=255) aGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAAAGcc > 1:6474508/1‑72 (MQ=255) gCGGTNTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑t < 2:384185/72‑1 (MQ=255) gCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCAGATGCGGCGTGAACGCC‑t < 2:668773/72‑1 (MQ=255) cGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑tt < 1:1505642/72‑1 (MQ=255) aTTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCTGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑Tc < 2:5522662/72‑1 (MQ=255) aTTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGCTGCGGCGTGAACGCC‑TTT‑Tc > 1:1219771/1‑72 (MQ=255) aTTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAAGGCC‑TTT‑Tc > 1:6082807/1‑72 (MQ=255) aTTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑Tc < 1:286670/72‑1 (MQ=255) aTTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑Tc < 1:4311274/72‑1 (MQ=255) aTTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTAGGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑Tc < 1:538374/72‑1 (MQ=255) ttGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑Tcc < 2:2968167/72‑1 (MQ=255) ttGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑Tcc < 2:1989536/72‑1 (MQ=255) tGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GGCGGGTTGGGGGTTGACGCC‑GTA‑Tcct > 2:5115938/1‑71 (MQ=255) tGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGGTGCCGCGTGAACGCC‑CTT‑Tccc > 1:1753175/1‑71 (MQ=255) tGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCg > 2:2702919/1‑72 (MQ=255) tGTATTTCATAGGTTGATCTCCCGTCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCg < 1:71912/72‑1 (MQ=37) gTCTTTCATAGGTTGTTCGCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCgg < 2:7578788/72‑1 (MQ=255) tCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑GTG‑TCCggg > 1:6204416/1‑71 (MQ=255) cTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGGC‑TCA‑TTCGGcc > 2:5932400/1‑72 (MQ=38) tttCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCt < 2:1883030/72‑1 (MQ=255) tttCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCCGGTGCGGCGTGAACGCC‑CTT‑TCCGGccc > 1:3067580/1‑71 (MQ=37) tCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCCAc > 1:3929190/1‑72 (MQ=255) cATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTTGGCCGGTGGGGGGGTGAAGCCC‑TTT‑TCCGGCCCAc > 1:5497331/1‑72 (MQ=255) cATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGGC‑TTA‑TTCGGCCCACg > 1:3708328/1‑72 (MQ=37) cATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACg < 2:5426076/72‑1 (MQ=255) cATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACg > 1:6663750/1‑72 (MQ=255) tAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCGGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACggg > 1:6352930/1‑72 (MQ=255) tAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGGTGCGGCGTGGACGCC‑CTA‑TCCGGCCCAgggg > 1:2492487/1‑72 (MQ=25) tAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACggg > 2:6508598/1‑72 (MQ=255) tAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACggg > 2:6733953/1‑72 (MQ=255) aGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACgggg > 2:7797650/1‑72 (MQ=255) gttgttCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCg > 1:6101469/1‑72 (MQ=255) tgtgCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCGGt < 2:6603012/72‑1 (MQ=255) gttCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCGGTg > 2:8598414/1‑72 (MQ=255) gttCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCCGGTGGGGGGTGTAAGCC‑TTATTCCGGCC‑ACGgggggggg > 2:1311206/1‑70 (MQ=255) gttCTCCCGGCTTAGGAGCTGGTTTGCGT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCGGTg < 2:7881365/72‑1 (MQ=255) ttgtcCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTG‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTG‑TCCGGCCTACGGGGCGGTGc < 2:8734859/69‑1 (MQ=25) ttCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑CTA‑TCCGGCCTACGCGGCGGTGc > 2:7135501/1‑72 (MQ=255) tctcCCGGCTTGTGAGCTGTTTTGTTT‑GCCGGAGGCGGCGTGACCGCT‑TTT‑CCGGGCCTACGGGGCGGTGCg < 1:1774280/72‑1 (MQ=255) ctcCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TTCGGCCTACGGGGCGGGGCGa > 2:7452808/1‑72 (MQ=255) ctcCCGGCTTAGGAGCGGTGTTGCTG‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCGGTGCGa < 2:6072444/72‑1 (MQ=21) tcCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCGGNGCGaa > 2:387914/1‑72 (MQ=255) ccGGCTTATGAGCTGGTTTGCTTGGCCGGGGGGGGGGGGACCGCC‑TTT‑TCCCGCCTCAGgggcggggcggcg > 2:3006577/1‑69 (MQ=255) ccGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCGGGGCGAGTg > 2:340745/1‑72 (MQ=255) cGGTTTATGAGCTGTTTGCCTT‑GCCGGAGGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGc < 1:2035797/72‑1 (MQ=21) cGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGGGTTTACGGC‑TTA‑TCCCGCCCACGGGGCGCTGCGaaagt > 2:3757823/1‑69 (MQ=21) gtcTTATGAGCTGTTTTGCGT‑GCGGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑CCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCa < 2:6367749/70‑1 (MQ=25) ggCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCa > 1:8548481/1‑72 (MQ=255) ggCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCAGTGCGAATGCa < 1:8596877/72‑1 (MQ=255) cTTAGGGGCGGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGGGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAgg < 2:4119081/72‑1 (MQ=21) ttATGGGGTGGTTTGCTT‑GCCGGGTGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGc < 2:2327637/72‑1 (MQ=25) ttATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGACGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCGGTGAGAATGCAggg > 1:6730737/1‑71 (MQ=255) tGAGCTGGTTTGCTT‑GCCCGATGCGGCGTGAACGCC‑CTA‑TCCGGCCCACGGGGAGGTGGGAATGGAGGcgtc > 2:5748504/1‑72 (MQ=21) gAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGcgtcg > 2:8195075/1‑72 (MQ=255) gAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCGGGGGGAATGGAGGcgggg > 2:4373410/1‑69 (MQ=21) aGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGAAGGcgtcgt < 1:8521000/72‑1 (MQ=255) ggtGGTTTCCGT‑CCCGGGTGGGGCGTGAACGCT‑TTA‑CCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGCGTCGtt < 2:5830233/70‑1 (MQ=21) gCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGCGTCGtt < 2:1378373/72‑1 (MQ=255) gTTTTCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGCGTCGTTAttt < 2:2241705/72‑1 (MQ=255) gTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCCGCCTACGGGGCGGTGCGGACGCAGGCGGCGTTAttt > 2:2141981/1‑72 (MQ=21) tttGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGCGTCGTTATTTc > 2:404697/1‑72 (MQ=255) ttgcttggCAGGCTGCGGCG‑GAACCCCTTTC‑TCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGCGTCGTTATTTc < 2:3299403/72‑1 (MQ=255) ttgctt‑gcCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGCGTCGTTATTTCg > 1:8235015/1‑72 (MQ=255) ttgctt‑gcCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCAGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGCGTCGTTATTTCg < 1:4128633/72‑1 (MQ=255) ttgctt‑gcCGGAGGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGCGTCGTTATTTCg < 2:6286176/72‑1 (MQ=255) gctt‑gcCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGCGTCGTTATTTCGCa < 1:7015729/72‑1 (MQ=255) | GTCGGCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTT‑GCCGGATGCGGCGTGAACGCC‑TTA‑TCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGCGTCGTTATTTCGCATCC > NC_012967/2066566‑2066708 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |