| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP002094 | 1041791 = | 5 (0.050) | 93 (0.940) | 77/194 | 0.1 | 95.0% | coding (124/570 nt) | LLNZ_05610 | hypothetical protein |
| ? | CP002094 | 1204449 = | NA (NA) | intergenic (+84/+53) | LLNZ_06340/LLNZ_06345 | transposase/transposase | |||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
TTCGAAGATTGCAACCAACCAATTAAAAATGATAATAGAAATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP002094/1041888‑1041791‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACGTAGAATTTTAATCTATTTATTTTAAGCACTTACCTTTTCAAATTGATTAGGTGTAAGATACCCTAA > CP002094/1204449‑1204546 TTCGAAGATTGCAACCAACCAATTAAAAATGATAATAGAAATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATG < 1:1433749/99‑1 TCGAAGATTGCAACCAACCAATTAAAAATGATAATAGAAATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGA > 1:571509/1‑99 TCGAAGATTGCAACCAACCAATTAAAAATGATAATAGAAATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGA < 2:944461/99‑1 AGATTGCAACCAACCAATTAAAAATGATAATAGAAATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGat > 2:545041/1‑97 ATTGCAACCAACCAATTAAAAATGATAATAGAAATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAA > 1:1250844/1‑99 TGCAACCAACCAATTAAAAATGATAATAGAAATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGT < 1:1146176/99‑1 ACCAACCAATTAAAAATGATAATAGAAATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGTCAAG < 1:1057647/99‑1 ACCAACCAATTAAAAATGATAATAGAAATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGTCAAG > 2:600116/1‑99 CCAACCAATTAAAAATGATAATAGAAATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGTCAAGT < 2:643010/99‑1 AACCAATTAAAAATGATAATAGAAATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGTCAAGTTT < 1:1005271/99‑1 CAATTAAAAATGATAATAGAAATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGTCAAGTTTTTA > 2:796339/1‑99 AATTAAAAATGATAATAGAAATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGTCAAGTTTTTAG > 2:963651/1‑99 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ATAATAGAAATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACG > 2:318262/1‑99 TAATAGAAATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACGT > 1:1523415/1‑99 AATAGAAATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACGTA > 2:427629/1‑99 ATAGAAATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACGTAG < 2:1128530/99‑1 ATAGAAATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACGTAG > 2:171660/1‑99 GAAATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACGTAGAAT > 2:61115/1‑99 AAATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACGTAGAATT > 2:250981/1‑99 AAATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACGTAGAA > 2:786117/1‑97 AAATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACGTAGAA < 1:786117/97‑1 AATAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACGTAGAATTT > 2:1479566/1‑99 TAAAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACGTAGAATTTTA > 1:120197/1‑99 AAACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACGTAGAATTTTAAT < 1:600116/99‑1 AACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACGTAGAATTTTAATC > 2:559370/1‑99 AACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACGTAGAATTTTAATC > 1:212679/1‑99 ACAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACGTAGAATTTTAATCT > 1:117815/1‑99 CAATAGCTACTATTATATCTTCTTCTTTCCAAGTCATTGTAATAAAAAACATGACGTTAAGTCAAGTTTTTAGAGTAACAAACGTAGAATTTTAATCTA > 1:475053/1‑99 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |