| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP002094 | 1041791 = | 5 (0.050) | 93 (0.940) | 77/194 | 0.1 | 95.0% | coding (124/570 nt) | LLNZ_05610 | hypothetical protein |
| ? | CP002094 | 1204449 = | NA (NA) | intergenic (+84/+53) | LLNZ_06340/LLNZ_06345 | transposase/transposase | |||||
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
TATTGTTTTATTTGGCTTTTAGGTTGTCTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTGTTTTATTTCTATTATCATTTTTAATTGGTTGGTTGCAATCTTCGAAA > CP002094/1041693‑1041889 | ttagggtatcttacacctaatcaatttgaaaaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtca > 1:616103‑M1/99‑99 (MQ=255)ttagggtatcttacacctaatcaatttgaaaaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtca > 2:1335856‑M1/99‑99 (MQ=255)ttagggtatcttacacctaatcaatttgaaaaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtca > 1:587956‑M1/99‑99 (MQ=255)ttagggtatcttacacctaatcaatttgaaaaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtca > 2:1456042‑M1/99‑99 (MQ=255)tATTGTTTTATTTGGCTTTTAGGTTGTCTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGa > 1:479646/1‑99 (MQ=255)tATTGTTTTATTTGGCTTTTAGGTTGTCTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGa < 2:282905/99‑1 (MQ=255) 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1:29123‑M1/10‑1 (MQ=255) cttacacctaatcaatttgaaaaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTtta > 2:192626‑M1/90‑99 (MQ=255) aTTTGGCTTTTAGGTTGTCTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgt < 1:1442574‑M1/99‑6 (MQ=255) tttGGCTTTTAGGTTGTCTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgtt > 2:1643801‑M1/1‑93 (MQ=255) ttacacctaatcaatttgaaaaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTttat > 2:1429033‑M1/89‑99 (MQ=255) ttacacctaatcaatttgaaaaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTttat > 2:126158‑M1/89‑99 (MQ=255) ttGGCTTTTAGGTTGTCTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgtta > 2:1094384‑M1/1‑92 (MQ=255) tacacctaatcaatttgaaaaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTttatt > 1:1519512‑M1/88‑99 (MQ=255) 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1:1377571‑M1/76‑99 (MQ=255) tttgaaaaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGa < 2:973143‑M1/25‑1 (MQ=255) tgaaaaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGaaa > 2:934717‑M1/73‑99 (MQ=255) cTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatcttagag < 2:921809‑M1/99‑24 (MQ=255) tAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatcttagagt > 2:1400927‑M1/1‑75 (MQ=255) aaaaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAaaga < 2:1583725‑M1/29‑1 (MQ=255) aggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAaagaaga < 2:1012039‑M1/32‑1 (MQ=255) ggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAaagaagaa < 1:986375‑M1/33‑1 (MQ=255) ggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAaagaagaa > 1:889644‑M1/67‑99 (MQ=255) acTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatcttagagtcacta < 1:300322‑M1/99‑30 (MQ=255) taagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAagaagaaga < 1:1554725‑M1/35‑1 (MQ=255) taagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAagaagaaga > 1:826370‑M1/65‑99 (MQ=255) atttgaatttgaAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatcttagagtcactattgt > 2:444230‑M1/1‑66 (MQ=255) atttgaatttgaAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatcttagagtcactattgt < 2:745043‑M1/99‑34 (MQ=255) tgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGAtata < 2:129196‑M1/39‑1 (MQ=255) gcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATataa 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> 2:427629‑M1/35‑99 (MQ=255) aGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAATCTTGATGTTgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaacatg < 1:780730‑M1/99‑61 (MQ=255) aGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaacatg < 1:971951‑M1/99‑61 (MQ=255) gAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaacatgc > 2:1170673‑M1/1‑38 (MQ=255) cgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTGTTTTATTTCtattat > 2:318262‑M1/33‑99 (MQ=255) cgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTGTTTTATTTCtattat > 1:459511‑M1/33‑99 (MQ=255) aaTTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaacatgca < 1:606576‑M1/99‑63 (MQ=255) gtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTGTTTTATTTCTATTATc < 2:1622573‑M1/68‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |