| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP002094 | = 1041795 | 1 (0.010) | 96 (0.970) | 65/194 | 0.5 | 99.0% | coding (128/570 nt) | LLNZ_05610 | hypothetical protein |
| ? | CP002094 | = 1205670 | NA (NA) | intergenic (‑57/‑15) | LLNZ_06350/LLNZ_06355 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GTTTTATTTGGCTTTTAGGTTGTCTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP002094/1041697‑1041795‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGTATAATTTAGACAAAGGACAAAAACATGCAAAAACGCTACTCAAAAGAATTTAAAGAAACCCTTAT < CP002094/1205670‑1205573 GTTTTATTTGGCTTTTAGGTTGTCTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTT > 2:386512/1‑99 TTTATTTGGCTTTTAGGTTGTCTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTGA < 1:99532/99‑1 TTATTTGGCTTTTAGGTTGTCTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTGAT < 1:1319556/99‑1 TATTTGGCTTTTAGGTTGTCTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTGATG < 1:511188/99‑1 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TCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATT < 1:88983/99‑1 ATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGT > 2:444230/1‑99 ATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGT < 2:745043/99‑1 ATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGT > 2:1638907/1‑99 TTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGTA < 2:28039/99‑1 TGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGTATA < 2:42742/99‑1 TGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGTATA < 1:564251/99‑1 GAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGTATAA < 1:841478/99‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |