| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP002094 | = 1041795 | 1 (0.010) | 96 (0.970) | 65/194 | 0.5 | 99.0% | coding (128/570 nt) | LLNZ_05610 | hypothetical protein |
| ? | CP002094 | = 1205670 | NA (NA) | intergenic (‑57/‑15) | LLNZ_06350/LLNZ_06355 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
GTTTTATTTGGCTTTTAGGTTGTCTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTGTTTTATTTCTATTATCATTTTTAATTGGTTGGTTGCAATCTTCGAAAGTTG > CP002094/1041697‑1041893 | gTTTTATTTGGCTTTTAGGTTGTCTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTT > 2:386512‑M1/1‑99 (MQ=255) ttttATTTGGCTTTTAGGTTGTCTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTg < 2:1345212‑M1/99‑2 (MQ=255) tttATTTGGCTTTTAGGTTGTCTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTga < 1:99532‑M1/99‑3 (MQ=255) cttacacctaatcaatttgaaaaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTtta > 2:192626‑M1/90‑99 (MQ=255) ttacacctaatcaatttgaaaaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTttat > 2:1429033‑M1/89‑99 (MQ=255) ttacacctaatcaatttgaaaaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTttat > 2:126158‑M1/89‑99 (MQ=255) ttGGCTTTTAGGTTGTCTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgtta > 2:1094384‑M1/1‑92 (MQ=255) tacacctaatcaatttgaaaaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTttatt > 1:1519512‑M1/88‑99 (MQ=255) cctaatcaatttgaaaaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACaa < 2:1180603‑M1/16‑1 (MQ=255) tttAGGTTGTCTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatcctta < 2:421628‑M1/99‑14 (MQ=255) tAGGTTGTCTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaa < 2:1502190‑M1/99‑16 (MQ=255) tcaatttgaaaaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACt < 2:1237547‑M1/21‑1 (MQ=255) ggTTGTCTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTACGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatc > 2:64006‑M1/1‑82 (MQ=255) gTTGTCTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTATTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatct < 1:334346‑M1/99‑19 (MQ=255) tttgaaaaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGa < 2:973143‑M1/25‑1 (MQ=255) tgaaaaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGaaa > 2:578839‑M1/73‑99 (MQ=255) tgaaaaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGaaa > 2:934717‑M1/73‑99 (MQ=255) cTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatcttagag < 2:921809‑M1/99‑24 (MQ=255) tAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatcttagagt > 2:1400927‑M1/1‑75 (MQ=255) aaaaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAaaga < 2:1583725‑M1/29‑1 (MQ=255) aaaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAaagaa < 1:1025210‑M1/30‑1 (MQ=255) aaggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAaagaag < 1:1562256‑M1/31‑1 (MQ=255) aggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAaagaaga < 2:1012039‑M1/32‑1 (MQ=255) ggtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAaagaagaa < 1:986375‑M1/33‑1 (MQ=255) gtaagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAaagaagaag > 1:859856‑M1/66‑99 (MQ=255) taagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAagaagaaga < 1:1554725‑M1/35‑1 (MQ=255) taagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAagaagaaga < 1:531239‑M1/35‑1 (MQ=255) taagtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAagaagaaga > 1:826370‑M1/65‑99 (MQ=255) tCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatcttagagtcactatt < 1:88983‑M1/99‑32 (MQ=255) agtgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGata > 1:312657‑M1/63‑99 (MQ=255) atttgaatttgaAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatcttagagtcactattgt < 2:745043‑M1/99‑34 (MQ=255) tttgaatttgaaAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatcttagagtcactattgta < 2:28039‑M1/99‑35 (MQ=255) tgcttaaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGAtata < 2:129196‑M1/39‑1 (MQ=255) tgaatttgaaAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtata < 1:564251‑M1/99‑37 (MQ=255) taaaataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAAtag < 1:1216227‑M1/43‑1 (MQ=255) 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ataaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGc > 2:696550‑M1/53‑99 (MQ=255) aaatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTa < 1:405127‑M1/49‑1 (MQ=255) aatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTAt > 2:946459‑M1/50‑99 (MQ=255) aatagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTAt > 2:299578‑M1/50‑99 (MQ=255) tagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTg < 1:195939‑M1/52‑1 (MQ=255) tagattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTg > 1:475053‑M1/48‑99 (MQ=255) agattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTGt > 1:117815‑M1/47‑99 (MQ=255) gattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTGtt > 2:559370‑M1/46‑99 (MQ=255) gattaaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTGtt > 1:212679‑M1/46‑99 (MQ=255) taaaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTGTTTTa > 1:120197‑M1/43‑99 (MQ=255) taGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaa > 1:917969‑M1/1‑45 (MQ=255) aaattctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTGTTTTAtt > 2:1479566‑M1/41‑99 (MQ=255) ggTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaa > 2:511159‑M1/1‑43 (MQ=255) ggTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaa > 1:1391129‑M1/1‑43 (MQ=255) attctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTGTTTTATTTc > 2:61115‑M1/39‑99 (MQ=255) ttctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTGTTTTAttt > 2:786117‑M1/38‑97 (MQ=255) ttctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTGTTTTAttt < 1:786117‑M1/60‑1 (MQ=255) ttAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTAAATTCAACCTTGATGTTgattttatccttaattcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaacg > 2:348967‑M1/1‑41 (MQ=255) ctacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTGTTTTATTTCtat > 2:171660‑M1/36‑99 (MQ=255) tacgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTGTTTTATTTCtatt > 2:427629‑M1/35‑99 (MQ=255) aGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaacatg < 1:971951‑M1/99‑61 (MQ=255) cgtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTGTTTTATTTCtattat > 2:318262‑M1/33‑99 (MQ=255) aaTTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaacatgca < 1:606576‑M1/99‑63 (MQ=255) gtttgttactctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTGTTTTATTTCTATTATc < 2:1622573‑M1/68‑1 (MQ=255) aTTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatctttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaacaatgcaa > 1:716853‑M1/1‑36 (MQ=255) actctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTGTTTTATTTCTATTATCATTTTTa > 1:1420216‑M1/25‑99 (MQ=255) tCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaacatgcaaaaacgcta < 1:326548‑M1/99‑72 (MQ=255) tCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaacatgcaaaaacgcta < 1:912961‑M1/99‑72 (MQ=255) ctctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTGTTTTATTTCTATTATCATTTTTaa > 1:1251620‑M1/24‑99 (MQ=255) tctaaaaacttgacttaacgtcATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTGTTTTATTTCTATTATCATTTTTAAt > 1:160171‑M1/23‑99 (MQ=255) 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1:1494264‑M1/99‑98 (MQ=255) ttgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaacatgcaaaaacgctactcaaaagaatttaaagaaaccctta < 1:384438‑M1/99‑98 (MQ=255) ttgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaacatgcaaaaacgctactcaaaagaatttaaagaaaccctta > 1:500021‑M1/1‑2 (MQ=255) tgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaagtacaaaaacatgcaaaaacgctactcaaaagaatttaaagaaacccttat < 1:513317‑M1/99‑99 (MQ=255) tgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaacatgcaaaaacgctactcaaaagaatttaaagaaacccttat > 2:1042748‑M1/1‑1 (MQ=255) tgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaacatgcaaaaacgctactcaaaagaatttaaagaaacccttat > 1:1636804‑M1/1‑1 (MQ=255) tgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaacatgcaaaaacgctactcaaaagaatttaaagaaacccttat < 2:826978‑M1/99‑99 (MQ=255) tgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaacatgcaaaaacgctactcaaaagaatttaaagaaacccttat < 1:444230‑M1/99‑99 (MQ=255) tgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaacatgcaaaaacgctactcaaaagaatttaaagaaacccttat < 2:1040691‑M1/99‑99 (MQ=255) tgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaacatgcaaaaacgctactcaaaagaatttaaagaaacccttat > 2:228604‑M1/1‑1 (MQ=255) tgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaacatgcaaaaacgctactcaaaagaatttaaagaaacccttat > 2:1108019‑M1/1‑1 (MQ=255) tgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaacatgcaaaaacgctactcaaaagaatttaaagaaacccttat < 1:1447393‑M1/99‑99 (MQ=255) tgatgttatccttaaatcttagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaacatgcaaaaacgctactcaaaagaatttaaagaaacccttat > 2:592529‑M1/1‑1 (MQ=255) tgatgttatccttaaatctcagagtcactattgtataatttagacaaaggacaaaaacatgcaaaaacgctactcaaaagaatttaaagaaacccttat < 1:672967‑M1/99‑99 (MQ=255) | GTTTTATTTGGCTTTTAGGTTGTCTAAACACTCATTTGAATTTGAAAAAGTAAGTAGGTTAGAATTAGTTGTCTTGCCTTTATATTCAACCTTGATGTTTTTTATTACAATGACTTGGAAAGAAGAAGATATAATAGTAGCTATTGTTTTATTTCTATTATCATTTTTAATTGGTTGGTTGCAATCTTCGAAAGTTG > CP002094/1041697‑1041893 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |