New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP002094 | = 1041795 | 1 (0.010) | 96 (0.970) | 65/194 | 0.5 | 99.0% | coding (128/570 nt) | LLNZ_05610 | hypothetical protein |
? | CP002094 | = 1205670 | NA (NA) | intergenic (‑57/‑15) | LLNZ_06350/LLNZ_06355 | hypothetical protein/hypothetical protein |
TAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGAGCAAATGGTTAAACATAGAAC > CP002094/1205574‑1205767 | tAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAg < 2:558647/99‑1 (MQ=31) gggTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGAt < 1:1288997/99‑1 (MQ=34) cTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCaaa > 2:1377727/1‑99 (MQ=255) tttAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCaaaa > 1:377140/1‑99 (MQ=255) ttAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAAt < 1:201595/99‑1 (MQ=255) aaaTTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTa > 2:1017175/1‑99 (MQ=255) ttCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGa > 2:594534/1‑99 (MQ=255) ttCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGa > 2:868530/1‑99 (MQ=255) tttGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCa > 2:484178/1‑99 (MQ=255) ttGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCaa < 2:273577/99‑1 (MQ=255) aGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAaata < 1:1585902/99‑1 (MQ=255) tAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAaataat > 1:1127282/1‑99 (MQ=255) tAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAaataat > 1:531807/1‑99 (MQ=255) tAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAaataat < 1:152276/99‑1 (MQ=255) tAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAaataat > 2:911254/1‑99 (MQ=255) aGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAataata < 2:1032527/99‑1 (MQ=255) gCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATAc > 2:1646989/1‑99 (MQ=255) gTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTa < 2:599184/99‑1 (MQ=255) tttttGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTaa < 1:433479/99‑1 (MQ=255) tttttGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTaa < 1:94728/99‑1 (MQ=255) tttttGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTaa < 1:1658006/99‑1 (MQ=255) tGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGAt < 1:211032/99‑1 (MQ=255) tGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGAt < 1:119741/99‑1 (MQ=255) cATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATaa < 2:1509078/99‑1 (MQ=255) aTGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAg > 1:1327326/1‑99 (MQ=255) tGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATa < 1:1457130/96‑1 (MQ=255) tGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATa > 2:1457130/1‑96 (MQ=255) tCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAattat < 1:1460553/99‑1 (MQ=255) ccTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAattatt < 2:1031302/99‑1 (MQ=255) tttGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTAtttt < 1:756253/99‑1 (MQ=255) tGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCg < 2:819864/99‑1 (MQ=255) gTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGt < 1:168224/99‑1 (MQ=255) tCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTc < 1:479170/99‑1 (MQ=255) tAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCt < 2:906671/99‑1 (MQ=255) aaaTTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCtt < 2:894662/99‑1 (MQ=255) aaaTTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCtt < 1:1448082/99‑1 (MQ=255) aaTTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCttt < 2:1632760/99‑1 (MQ=255) aaTTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCttt > 1:1135003/1‑99 (MQ=255) aTTATACAATAGTGACTCTAACATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTa > 2:802257/1‑99 (MQ=255) tataCAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATc > 1:915612/1‑99 (MQ=255) gTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTAt > 2:21330/1‑99 (MQ=255) gACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAAGTATGATTCAAAAAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGAAAATTagat < 2:865680/99‑4 (MQ=39) ctctAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGa > 2:1118509/1‑99 (MQ=255) ctAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGAGc < 1:78378/99‑1 (MQ=255) aaGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGAGCaa < 2:447598/99‑1 (MQ=255) gATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGAGCAAAt < 1:919929/99‑1 (MQ=255) aTTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGAGCAAATg < 1:133381/99‑1 (MQ=255) tttAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGAGCAAATgg > 1:408965/1‑99 (MQ=255) tttAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGAGCAAATgg > 1:497213/1‑99 (MQ=255) ttAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGAGCAAATGGt < 1:355059/99‑1 (MQ=255) ggATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGAGCAAATGGTTaaa < 2:398364/99‑1 (MQ=255) ggATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGAGCAAATGGTTaaa < 1:1528084/99‑1 (MQ=255) aTAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGAGCAAATGGTTAAACa < 1:782137/99‑1 (MQ=255) aTAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGAGCAAATGGTTAAACa < 2:277010/99‑1 (MQ=255) aTAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGAGCAAATGGTTAAACa < 1:1184388/99‑1 (MQ=255) aCATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGAGCAAATGGTTAAACATAg > 2:293152/1‑99 (MQ=255) aCATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGAGCAAATGGTTAAACATAg > 2:253621/1‑99 (MQ=255) aCATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGAGCAAATGGTTAAACATAg < 1:902642/99‑1 (MQ=255) aCATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGAGCAAATGGTTAAACATAg > 2:1030105/1‑99 (MQ=255) aCATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGAGCAAATGGTTAAACATAg < 2:1396265/99‑1 (MQ=255) cATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGAGCAAATGGTTAAACATAGa < 1:1604912/99‑1 (MQ=255) aTCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGAGCAAATGGTTAAACATAGaa < 1:1214832/99‑1 (MQ=255) tCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGAGCAAATGGTTAAACATAGAAc < 2:1200622/99‑1 (MQ=255) | TAAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAGGATTTCAAAATTATGATTCAAATAATACTAACGATAAGTACAATTATTTTCGTCCTTTATCGACAATTATCTGAGCAAATGGTTAAACATAGAAC > CP002094/1205574‑1205767 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |