| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_017635 | 254279 = | 3 (0.070) | 43 (1.060) | 32/98 | 0.2 | 93.5% | coding (407/1281 nt) | tagH | type VI secretion system‑associated FHA domain protein TagH |
| ? | NC_017635 | 985471 = | NA (NA) | intergenic (+12/+8) | ECW_RS04805/ECW_RS04810 | phage tail protein/IS3 family transposase | |||||
TGCTTTTTCCTGGAGGGTTTATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGTTTTACAGTAAAAATGGTATC > NC_017635/985423‑985519 | tGCTTTTTCCTGGAGGGTTTATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTg < 1:581399/50‑1 (MQ=255)tGCTTTTTCCTGGAGGGTTTATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTg < 2:1506853/50‑1 (MQ=255) ttttCCTGGAGGGTTTATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGt > 2:1127923/1‑50 (MQ=255) tttCCTGGAGGGTTTATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGt < 2:1789547/49‑1 (MQ=255) tttCCTGGAGGGTTTATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGt < 1:2041175/49‑1 (MQ=255) ttCCTGGAGGGTTTATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTg < 2:1511552/49‑1 (MQ=255) tCCTGGAGGGTTTATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTgg < 1:1557347/49‑1 (MQ=255) ccTGGAGGGTTTATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGt < 2:1134766/49‑1 (MQ=255) ccTGGAGGGTTTATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGt < 1:1839/49‑1 (MQ=255) cTGGAGGGTTTATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTc < 1:408660/49‑1 (MQ=255) cTGGAGGGTTTATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTc < 2:734736/49‑1 (MQ=255) cTGGAGGGTTTATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTc < 2:1674481/49‑1 (MQ=255) gAGGGTTTATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAg < 2:35239/49‑1 (MQ=255) gAGGGTTTATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGt < 2:52321/50‑1 (MQ=255) gAGGGTTTATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGt < 2:1396135/50‑1 (MQ=255) gggTTTATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTaa < 1:404540/50‑1 (MQ=255) ggTTTATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAat < 2:460335/50‑1 (MQ=255) gTTTATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAata < 2:939217/50‑1 (MQ=255) gTTTATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAata < 1:1088818/50‑1 (MQ=255) tttATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAatat < 1:138392/50‑1 (MQ=255) tttATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAatat < 1:165647/50‑1 (MQ=255) tATTGTGCGGCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATAtt < 1:2045818/49‑1 (MQ=255) tATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATAtt < 2:1912254/49‑1 (MQ=255) tATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTg > 2:1907512/1‑50 (MQ=255) ttGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTgg < 2:47871/49‑1 (MQ=255) ttGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTgg < 1:1715297/49‑1 (MQ=255) gtgCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGcc < 2:1575093/49‑1 (MQ=255) gtgCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGcc < 1:980191/49‑1 (MQ=255) gtgCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGcc < 1:1398295/49‑1 (MQ=255) gtgCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCa > 1:1556247/1‑50 (MQ=255) gtgCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCa > 1:1127934/1‑50 (MQ=255) cgcCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACgg < 1:177155/50‑1 (MQ=255) gcCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGt < 2:1227374/50‑1 (MQ=255) ccTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGtt < 2:1862408/50‑1 (MQ=255) cTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGttt > 2:1552245/1‑50 (MQ=255) tGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGttt > 1:206982/1‑49 (MQ=255) tttAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGtttt < 2:412464/48‑1 (MQ=255) tttAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGtttt < 2:918285/48‑1 (MQ=255) tttAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGTTTTAc < 2:88740/50‑1 (MQ=255) tttAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGTTTTAc < 1:1026030/50‑1 (MQ=255) tAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGTTTTACAg > 1:847504/1‑50 (MQ=255) aaTCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGTTTTACAg > 2:2050733/1‑49 (MQ=255) aaTCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGTTTTACAg > 2:1394402/1‑49 (MQ=255) aTCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGTTTTACAGt > 1:1574882/1‑49 (MQ=255) aTCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGTTTTACAGt < 1:1714460/49‑1 (MQ=255) aTCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGTTTTACAGt > 2:1249895/1‑49 (MQ=255) aTCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGTTTTACAGt < 1:625903/49‑1 (MQ=255) tCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGTTTTACAGTaa < 2:1924745/50‑1 (MQ=255) tCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGTTTTACAGTaa < 1:1453246/50‑1 (MQ=255) ccAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGTTTTACAGTaa > 2:1939075/1‑49 (MQ=255) gTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGTTTTACAGTAAAAAt > 2:1023933/1‑50 (MQ=255) ttACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGTTTTACAGTAAAAAtt < 1:2079653/50‑2 (MQ=255) ttACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGTTTTACAGTAAAAATg < 2:602999/50‑1 (MQ=255) aCTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGTTTTACAGTAAAAATgg > 2:1405599/1‑49 (MQ=40) ttGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGTTTTACAGTAAAAATGGTATc > 2:1524553/1‑50 (MQ=32) | TGCTTTTTCCTGGAGGGTTTATTGTGCGCCTGTTTAATCCAGTTACTTTGTAGTGGTCAAGTAATATTGGCCACGGTTTTACAGTAAAAATGGTATC > NC_017635/985423‑985519 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |