New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002745 | = 1691151 | NA (NA) | 19 (0.070) | 10/464 | 8.9 | NA | pseudogene (535/540 nt) | radC | DNA repair protein RadC |
? | NC_002745 | 2671111 = | NA (NA) | intergenic (‑4/+228) | SA_RS13640/SA_RS13645 | serine protease/class I SAM‑dependent methyltransferase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
CACTTTGTCCTGAAAATGTGTCTACCGTATAATACATTTCATTCTCATCAAAACTTTCTAATTTCCCTTTACCTTTATATTGTCTGTTGTCTGACTTGTCTCCTGGAAATCCAGAAATTTCAATATTTTCACCTTTGCTAATGTGTGTGTTCAAAGTTAAGTAACCTGTTTTATTTCCTAAATTACTATTTAACTTAATAATTGCTATATCTTCTTTTGTAGGAGCATTTTATTATCAAGAGTAAATTACAAAAGAATCATTTAAATCAATACTTTCACTTTGAATACATGTATTTGAAGTGGAAGGTACTTATTTCAAAAATAGTAAAACCTGTATCTTAAATTACTTAATAGTAACATAAGATACAGGCTGATTTTTTATTCATTGTTATTTATACTAAAGCACCCGATAGCTCTGAAAACAATCACAAATTCAACTTTTCAAAGCCACAGCTTTAAGTT > NC_002745/2670879‑2671340 | cACTTTGTCCTGAAAATGTGTCTACCGTATAATACATTTCATTCTCATCAAAACTTTCTAATTTCCCTTTACCTTTATATTGTCTGTTGTCTGACTTGTCTCCTGGAAATCCAGAAATTTCAATATTTTCACCTTTGCTAATGTGTGTGTTCAAAGTTAAGTAACCTGTTTTATTTCCTAAATTACTATTTAACTTAATAATTGCTATATCTTCTTTTGTAGGAGCATTttatt > 1:1296075/1‑234 (MQ=255) ccTGAAAATGTGTCTACCGTATAATACATTTCATTCTCATCAAAACTTTCTAATTTCCCTTTACCTTTATATTGTCTGTTGTCTGACTTGTCTCCTGGAAATCCAGAAATTTCAATATTTTCACCTTTGCTAATGTGTGTGTTCAAAGTTAAGTAACCTGTTTTATTTCCTAAATTACTATTTAACTTAATAATTGCTATATCTTCTTTTGTAGGAGCATTTTATTATCAagag > 2:679479/1‑234 (MQ=255) ccTGAAAATGTGTCTACCGTATAATACATTTCATTCTCATCAAAACTTTCTAATTTCCCTTTACCTTTATATTGTCTGTTGTCTGACTTGTCTCCTGGAAATCCAGAAATTTCAATATTTTCACCTTTGCTAATGTGTGTGTTCAAAGTTAAGTAACCTGTTTTATTTCCTAAATTACTATTTAACTTAATAATTGCTATATCTTCTTTTGTAGGAGCATTTTATTATCAagag > 1:512223/1‑234 (MQ=255) aTGTGTCTACCGTATAATACATTTCATTCTCATCAAAACTTTCTAATTTCCCTTTACCTTTATATTGTCTGTTGTCTGACTTGTCTCCTGGAAATCCAGAAATTTCAATATTTTCACCTTTGCTAATGTGTGTGTTCAAAGTTAAGTAACCTGTTTTATTTCCTAAATTACTATTTAACTTAATAATTGCTATATCTTCTTTTGTAGGAGCGATGTCTTATCAAGAGTAAATTa < 2:1459167/234‑1 (MQ=255) aTGTGTCTACCGTATAATACATTTCATTCTCATCAAAACTTTCTAATTTCCCTTTACCTTTATATTGTCTGTTGTCTGACTTGTCTCCTGGAAATCCAGAAATTTCAATATTTTCACCTTTGCTAATGTGTGTGTTCAAAGTTAAGTAACCTGTTTTATTTCCTAAATTACTATTTAACTTAATAATTGCTATATCTTCTTTTGTAGGAGCATTTTATTATCAAGAGTAAATTa > 1:1348127/1‑234 (MQ=255) aCCGTATAATACATTTCATTCTCATCAAAACTTTCTAATTTCCCTTTACCTTTATATTGTCTGTTGTCTGACTTGTCTCCTGGAAATCCAGAAATTTCAATATTTTCACCTTTGCTAATGTGTGTGTTCAAAGTTAAGTAACCTGTTTTATTTCCTAAATTACTATTTAACTTAATAATTGCTATATCTTCTTTTGTAGGAGCATTTTATTATCAAGAGTAAATTACAAAAGaa > 1:584750/1‑234 (MQ=255) aataCATTTCATTCTCATCAAAACTTTCTAATTTCCCCTTACCTTTATATTGTCTGTTGTCTGACTTGTCTCCTGGAAATCCAGAAATTTCAATATTTTCACCTTTGCTAATGTGTGTGTTCAAAGTTAAGTAACCTGTTTTATTTCCTAAATTACTATTTAACTTAATAATTGCTATATCTTCTTTTGTAGGATCATTTTATTATCAAGGGTAAATTACAAAAGAATCATTTa > 2:44780/1‑234 (MQ=255) aTTTCATTCTCATCAAAACTTTCTAATTTCCCTTTACCTTTATATTGTCTGTTGTCTGACTTGTCTCCTGGAAATCCAGAAATTTCAATATTTTCACCTTTGCTAATGTGTGTGTTCAAAGTTAAGTAACCTGTTTTATTTCCTAAATTACTATTTAACTTAATAATTGCTATATCTTCTTTTGTAGGAGCATTTTATTATCAAGAGTAAATTACAAAAGAATCATTTAAATCa > 1:391266/1‑234 (MQ=255) 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catcaAAACTTTCTAATTTCCCTTTACCTTTATATTGTCTGTTGTCTGACTTGTCTCCTGGAAATCCAGAAATTTCAATATTTTCACCTTTGCTAATGTGTGTGTTCAAAGTTAAGTAACCTGTTTTATTTCCTAAATTACTATTTAACTTAATAATTGCTATATCTTCTTTTGTAGGAGCATTTTATTATCAAGAGTAAATTACAAAAGAATCATTTAAATCAATACTTTCAc > 2:1448878/1‑234 (MQ=255) caAAACTTTCTAATTTCCCTTTACCTTTATATTGTCTGTTGTCTGACTTGTCTCCTGGAAATCCAGAAATTTCAATATTTTCACCTTTGCTAATGTGTGTGTTCAAAGTTAAGTAACCTGTTTTATTTCCTAAATTACTATTTAACTTAATAATTGCTATATCTTCTTTTGTAGGAGCATTTTATTATCAAGAGTAAATTACAAAAGAATCATTTaa > 2:1544588/1‑217 (MQ=255) caAAACTTTCTAATTTCCCTTTACCTTTATATTGTCTGTTGTCTGACTTGTCTCCTGCAAATCCAGAAATTTCAATATTTTCATCTTTGCTAATGTGTGTGTTTAAAGTTAAGTAACCTGCTTCTTTTCCTACATTACTATTTAACTTAATAATTGCTATATCTTATTTTGTAGCAGCATTTTATTATTCAGAGTAAATTACAAAAGAATCATTTAAATCAATACTTTCACttt > 2:899267/1‑234 (MQ=255) aaaaCTTTCTAATTTCCCTTTACCTTTATATTGTCTGTTGTCTGACTTGTCTCCTGGAAATCCAGAAATTTCAATATTTTCACCTTTGCTAATGTGTGTGTTCAAAGTTAAGTAACCTGTTTTATTTCCTAAATTACTATTTAACTTAATAATTGCTATATCTTCTTTTGTAGGAGCATTTTATTATCAAGAGTAAATTACAAAAGAATCATTTAAATCAATACTTTc < 2:1004504/228‑1 (MQ=255) aaaaCTTTCTAATTTCCCTTTACCTTTATATTGTCTGTTGTCTGACTTGTCTCCTGGAAATCCAGAAATTTCAATATTTTCACCTTTGCTAATGTGTGTGTTCAAAGTTAAGTAACCTGTTTTATTTCCTAAATTACTATTTAACTTAATAATTGCTATATCTTCTTTTGTAGGAGCATTTTATTATCAAGAGTAAATTACAAAAGAATCATTTAAATCAATACTTTc > 1:1004504/1‑228 (MQ=255) aaaaCTTTCTAATTTCCCTTTACCTTTATATTGTCTGTTGTCTGACTTGTCTCCTGGAAATCCAGAAATTTCAATATTTTCACCTTTGCTAATGTGTGTGTTCAAAGTTAAGTAACCTGTTTTATTTCCTAAATTACTATTTAACTTAATAATTGCTATATCTTCTTTTGTAGGAGCATTTTATTATCAAGAGTAAATTACAAAAGAATCATTTAAATCAATACTTTCACTTTg > 1:876525/1‑234 (MQ=255) aCTTTCTAATTTCCCTTTACCTTTATATTGTCTGTTGTCTGACTTGTCTCCTGGAAATCCAGAAATTTCAATATTTTCACCTTTGCTAATGTGTGTGTTCAAAGTTAAGTAACCTGTTTTATTTCCTAAATTACTATTTAACTTAATAATTGCTATATCTTCTTTTGTAGGAGCATTTTATTATCAAGAGTAAATTACAAAAGAATCATTTAAATCAATACTTTCACTTTGAAt < 1:913982/234‑1 (MQ=255) 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|
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |