New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 344693 | 243 (0.970) | 3 (0.010) | 3/254 | NT | 1.4% | coding (301/891 nt) | prpB | 2‑methylisocitrate lyase |
? | CP009273 | 344871 = | 214 (0.930) | coding (479/891 nt) | prpB | 2‑methylisocitrate lyase | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GGCGTGGCGGCAGGTTCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/344534‑344693 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggcgcgcaccgATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATCCTCGCC > CP009273/344871‑345019 GGCGTGGCGGCAGGTTCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTG > 1:1302218/1‑150 GGCGTGGCGGCAGGTTCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTG < 1:900021/150‑1 GGCGTGGCGGCAGGTTCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTG < 1:3078971/150‑1 GGCGTGGCGGCAGGTTCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTG > 1:1993010/1‑150 CGTGGCGGCAGGTTCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGC > 2:2683094/1‑150 CGTGGCGGCAGGTTCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGC > 2:2683084/1‑150 CGTGGCGGCAGGTTCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCAGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGC > 2:453183/1‑150 GTGGCGGCAGGTTCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCG < 2:651828/150‑1 GTGGCGGCAGGTTCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCG < 1:1712544/150‑1 GTGGCGGCAGGTTCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCG < 2:102396/150‑1 GGCGGCAGGTTCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCG < 2:1773864/150‑1 CGGCAGGTTCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCA > 2:71277/1‑150 GGCAGGTTCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTCACGTGGCGCGCAC > 2:3459886/1‑150 GGCAGGTTCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCAC > 2:644709/1‑150 GGCAGGTTCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCAC > 1:1505731/1‑150 GGCAGGTTCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCAC > 2:1684851/1‑150 GGCAGGTTCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCAC > 2:1268094/1‑150 GATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGT < 1:2493044/150‑1 TTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCC > 1:1782197/1‑150 TGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGG < 2:1782197/150‑1 TGGCGCGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGC > 2:825795/1‑150 TGGCGCGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGC > 2:825432/1‑150 TGGCGCGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGC < 2:1668087/150‑1 GCGCGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCG < 1:3551315/150‑1 CGCGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGA > 1:3471837/1‑150 CGCGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGA > 2:2464144/1‑150 CGCGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGA > 1:3471856/1‑150 CGCGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGA < 1:447450/150‑1 GCGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGAT < 1:1244462/150‑1 CGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATC > 1:46039/1‑150 CGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATC < 1:920218/150‑1 CGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATC < 1:3104837/150‑1 CGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATC > 1:3060949/1‑150 CGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATC > 1:2908385/1‑150 CGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATC > 1:47773/1‑150 GCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTCCCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATCC > 2:4222775/1‑150 GCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATCC > 1:471171/1‑150 GCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATCC < 2:531256/150‑1 GCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATCC < 2:532480/150‑1 GCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATCC > 1:174772/1‑150 CACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATCCT < 2:2418067/150‑1 ACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATCCTC > 1:1941107/1‑150 GATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATCCTCGCC > 1:2174758/1‑150 GGCGTGGCGGCAGGTTCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/344534‑344693 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggcgcgcaccgATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATCCTCGCC > CP009273/344871‑345019 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |