| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 344693 | 243 (0.970) | 3 (0.010) | 3/254 | NT | 1.4% | coding (301/891 nt) | prpB | 2‑methylisocitrate lyase |
| ? | CP009273 | 344871 = | 214 (0.930) | coding (479/891 nt) | prpB | 2‑methylisocitrate lyase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
AGGTTCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGATTAAAGCCGGTGCGGCAGGATTGCATATTGAAGATCAGGTTGGTGCGAAACGCTGCGGTCATCGTCCGAATAAAGCGATCGTCTCGAAAGAAGAGATGGTGGATCGGATCCGCGCGGCGGTGGATGCGAAAACCGAT > CP009273/344545‑344842 | aGGTTCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCAGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGt > 1:2167332/1‑150 (MQ=255) ttCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGaa < 2:2809120/150‑1 (MQ=255) ttCGCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGaa < 1:479030/150‑1 (MQ=255) gCTGGGGCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATc < 2:714500/150‑1 (MQ=255) ggCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCgatga > 1:2357319/1‑150 (MQ=255) gCTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCgatgat < 1:675957/150‑1 (MQ=255) cTGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGAtt > 1:4162669/1‑150 (MQ=255) tGCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGATTa > 2:3951055/1‑150 (MQ=255) gCCCGATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGATTaa < 2:1429782/150‑1 (MQ=255) gATCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGATTAAAGcc < 1:778272/150‑1 (MQ=255) aTCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGATTAAAGCCg < 1:1827688/150‑1 (MQ=255) aTCTCGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGATTAAAGCCg < 1:1425654/150‑1 (MQ=255) cGGTATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGATTAAAGCCGGTGc > 2:484842/1‑150 (MQ=255) tATTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGATTAAAGCCGGTGCGGc < 1:3488500/150‑1 (MQ=255) aTTTCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCGGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGATTAAATCCGGTGCGGCa > 1:1811531/1‑150 (MQ=255) tttCTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGATTAAAGCCGGTGCGGCAg < 1:4023063/150‑1 (MQ=255) cTACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGATTAAAGCCGGTGCGGCAGGAt > 2:2669106/1‑150 (MQ=255) tACCCTTGATGATGTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGATTAAATCCGGTGCGGCAGGAtt > 1:2959821/1‑150 (MQ=255) 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atgatgTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGATTAAAGCCGGTGCGGCAGGATTGCATATTg < 1:2877782/150‑1 (MQ=255) gatgTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGATTAAAGCCGGTGCGGCAGGATTGCATATTGaa < 2:347106/150‑1 (MQ=255) gatgTGCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGATTAAAGCCGGTGCGGCAGGATTGCATATTGaa < 2:1602954/150‑1 (MQ=255) tgtgCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGATTAAAGCCGGTGCGGCAGGATTGCATATTGAAGa < 1:3556339/150‑1 (MQ=255) tgCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGATTAAAGCCGGTGCGGCAGGATTGCATATTGAAGATc < 2:758112/150‑1 (MQ=255) tgCTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGGTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGATTAAAGCCGGTGCGGCAGGATTGCATATTGAAGATc < 2:1995793/150‑1 (MQ=255) cTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGATTAAAGCCGGTGCGGCAGGATTGCATATTGAAGATCAg < 2:2885294/150‑1 (MQ=255) cTGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGATTAAAGCCGGTGCGGCAGGATTGCATATTGAAGATCAg < 1:4229109/150‑1 (MQ=255) tGACCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGATTAAAGCCGGTGCGGCAGGATTGCATATTGAAGATCAgg > 2:2325266/1‑150 (MQ=255) aCCGACATTCGCCGTATCACCGACGTTTGTTCGCTGCCGCTGCTGGTGGATGCGGATATCGGTTTTGGTTCTTCGGCCTTTAACGTGGCGCGCACCGTGAAATCGATGATTAAAGCCGGTGCGGCAGGATTGCATATTGAAGATCAGGtt < 1:106092/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |