New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | CP009273 | 344871 = | 214 (0.930) | coding (479/891 nt) | prpB | 2‑methylisocitrate lyase | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
GGATTGCATATTGAAGATCAGGTTGGTGCGAAACGCTGCGGTCATCGTCCGAATAAAGCGATCGTCTCGAAAGAAGAGATGGTGGATCGGATCCGCGCGGCGGTGGATGCGAAAACCGATCCTGATTTTGTGATCATGGCGCGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATCCTCGCCA > CP009273/344723‑345020 | aTTGCATATTGAAGATCAGGTTGGTGCGAAACGCTGCGGTCATCGTCCGAATAAAGCGATCGTCTCGAAAGAAGATATGGTGGATCGGATCCGCGCGGCGGTGGATGCGAAAACCGATCCTGATTTTGTGATCATGGCGCGCACCGATGc > 1:856191/1‑150 (MQ=255) gCATATTGAAGATCAGGTTGGTGCGAAACGCTGCGGTCATCGTCCGAATAAAGCGATCGTCTCGAAAGAAGATATGGTGGATCGGATCCGCGCGGCGGTGGATGCGAAAACCGATCCTGATTTTGTGATCATGGCGCGCACCGATGctct > 1:2244250/1‑150 (MQ=255) cATATTGAAGATCAGGTTGGTGCTAAACGCTGCGGTCATCGTCCGAATAAAGCGATCGTCTCGAAAGAAGATATGGTGGATCGGATCCGCGCGGCGGTGGATGCGAAAACCGATCCTGATTTTGTGATCATGGCGCGCACCGATGCTCTg > 1:2860470/1‑150 (MQ=255) 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aTTTTGTGATCATGGCGCGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATg > 1:2088221/1‑150 (MQ=255) tgATCATGGCGCGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGc > 2:4296152/1‑150 (MQ=255) gATCATGGCGCGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCa < 2:3941952/150‑1 (MQ=255) gATCATGGCGCGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCa < 2:2269948/150‑1 (MQ=255) aTCATGGCGCGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAg > 2:2827208/1‑150 (MQ=255) aTGGCGCGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGACGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTg > 1:2650713/1‑150 (MQ=255) gcgcgcAGCGTTGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCATGCATATGTTGAATCGTGTGCAGAGATTTTGTTCCCGGAGGAGATTACCTAAATCGACATGTTACGCCAGTTTTCCTATGCGTTGCAGGTGCCg < 1:2941654/150‑1 (MQ=255) cgcgcaccgATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGa > 1:3471856‑M2/10‑150 (MQ=255) gcgcaccgATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGAt < 1:1244462‑M2/142‑1 (MQ=255) cgcaccgATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATc > 1:47773‑M2/8‑150 (MQ=255) cgcaccgATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATc > 1:46039‑M2/8‑150 (MQ=255) gcaccgATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTCCCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATcc > 2:4222775‑M2/7‑150 (MQ=255) gcaccgATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATcc < 2:531256‑M2/144‑1 (MQ=255) caccgATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATCCt < 2:2418067‑M2/145‑1 (MQ=255) accgATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATCCTc > 1:1941107‑M2/5‑150 (MQ=255) gATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATCCTCGcc > 1:2174758‑M2/2‑150 (MQ=255) aTGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATCCTCGCCa < 1:388116/150‑1 (MQ=255) | GGATTGCATATTGAAGATCAGGTTGGTGCGAAACGCTGCGGTCATCGTCCGAATAAAGCGATCGTCTCGAAAGAAGAGATGGTGGATCGGATCCGCGCGGCGGTGGATGCGAAAACCGATCCTGATTTTGTGATCATGGCGCGCACCGATGCTCTGGCGGTAGAGGGGCTGGATGCGGCGATCGAGCGTGCGCAGGCCTATGTTGAAGCGGGTGCCGAGATGTTGTTCCCGGAGGCGATTACCGAACTCGCCATGTACCGCCAGTTTGCCGATGCGGTGCAGGTGCCGATCCTCGCCA > CP009273/344723‑345020 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |