| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 361152 | 5814 (18.630) | 6 (0.020) +CCAT |
6/270 | NT | 0.11% | coding (592/1083 nt) | lacI | DNA‑binding transcriptional repressor |
| ? | CP009273 | 361153 = | 5814 (18.630) | coding (591/1083 nt) | lacI | DNA‑binding transcriptional repressor | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 15943 total aligned reads displayed.
GTTGGCAACCAGCATCGCAGTGGGAACGATGCCCTCATTCAGCATTTGCATGGTTTGTTGAAAACCGGACATGGCACTCCAGTCGCCTTCCCGTTCCGCTATCGGCTGAATTTGATTGCGAGTGAGATATTTATGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGAACTTAATGGGCCCGCTAACAGCGCGATTTGCTGGTGACCCAATGCGACCAGATGCTCCACGCCCAGTCGCGTACCGTCTTCATGGGAGAAAATAATACTGTTGATGGGTGTCTGGTCAGAGACATCAAG > CP009273/361006‑361302 | gTTGGCAACCAGCATCGCAGTGGGAACGATGCCCTCATTCAGCATTTGCATGGTTTGTTGAAAACCGGACATGGCACTCCAGTCGCCTTCCCGTTCCGCTATCGGCTGAATTTGATTGCGAGTGAGATATTTATGCCAGCCAG‑‑‑‑Ccagacg > 2:14767/1‑150 (MQ=255) tGGCAACCAGCATCGCAGTGGGAACGATGCCCTCATTCAGCATTTGCATGGTTTGTTGAAAACCGGACATGGCACTCCAGTCGCCTTCCCGTTCCGCTATCGGCTGAATTTGATTGCGAGTGAGATATTTATGCCAGCCAG‑‑‑‑Ccagacgca < 1:5159449/150‑1 (MQ=255) cagcatcgcagtgggaacgatgccctcattcagcatttgcatggtttgttgaaaaccggacatggcactccagtcgccttcccgttccgctatcggctgaatttgattgcgagtgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑Ccagacgcagac < 1:625504‑M2/21‑1 (MQ=255) aaCCAGCATCGCAGTGGGAACGATGCCCTCATTCAGCATTTGCATGGTTTGTTGAAAACCGGACATGGCACTCCAGTCGCCTTCCCGTTCCGCTATCGGCTGAATTTGATTGCGAGTGAGATATTTATGCCAGCCAG‑‑‑‑Ccagacgcagacg > 2:3210968/1‑150 (MQ=255) aCCAGCATCGCAGTGGGAACGATGCCCTCATTCAGCATTTGCATGGTTTGTTGAAAACCGGACATGGCACTCCAGTCGCCTTCCCGTTCCGCTATCGGCTGAATTTGATTGCGAGTGAGATATTTATGCCAGCCAG‑‑‑‑CCagacgcagacgc < 1:266352/150‑1 (MQ=255) cgcagtgggaacgatgccctcattcagcatttgcatggtttgttgaaaaccggacatggcactccagtcgccttcccgttccgctatcggctgaatttgattgcgagtgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCg > 2:2938064‑M2/124‑150 (MQ=255) gtgggaacgatgccctcattcagcatttgcatggtttgttgaaaaccggacatggcactccagtcgccttcccgttccgctatcggctgaatttgattgcgagtgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGAc < 2:5430911‑M2/31‑1 (MQ=255) gggaacgatgccctcattcagcatttgcatggtttgttgaaaaccggacatggcactccagtcgccttcccgttccgctatcggctgaatttgattgcgagtgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAg < 2:3688612‑M2/33‑1 (MQ=255) gggaacgatgccctcattcagcatttgcatggtttgttgaaaaccggacatggcactccagtcgccttcccgttccgctatcggctgaatttgattgcgagtgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAg < 2:4723705‑M2/33‑1 (MQ=255) aGTGGGAACGATGCCCTCATTCAGCATTTGCATGGTTTGTTGAAAACCGGACATGGCACTCCAGTCGCCTTCCCGTTCCGCTATCGGCTGAATTTGATTGCGAGTGAGATATTTATGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGa > 2:207731/1‑150 (MQ=255) aacgatgccctcattcagcatttgcatggtttgttgaaaaccggacatggcactccagtcgccttcccgttccgctatcggctgaatttgattgcgagtgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGAAc > 2:2753428‑M2/115‑150 (MQ=255) ggAACGATGCCCTCATTCAGCATTTGCATGGTTTGTTGAAAACCGGACATGGCACTCCAGTCGCCTTCCCGTTCCGCTATCGGCTGAATTTGATTGCGAGTGAGATATTTATGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGAACtt > 1:3531583/1‑150 (MQ=255) atgccctcattcagcatttgcatggtttgttgaaaaccggacatggcaccccagtcgccttcccgttccgctatcggctgaatttgattgcgagtgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGAACTTaa > 2:5138202‑M2/111‑150 (MQ=255) 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attcagcatttgcatggtttgttgaaaaccggacatggcactccagtcgccttcccgttccgctatcggctgaatttgattgcgagtgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGAACTTAATGGGCCCg < 2:1677431‑M2/48‑1 (MQ=255) cagcatttgcatggtttgttgaaaaccggacatggcactccagtcgccttcccgttccgctatcggctgaatttgattgcgagtgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGAACTTAATGGGCCCGCTa < 1:2279572‑M2/51‑1 (MQ=255) catttgcatggtttgttgaaaaccggacatggcactccagtcgccttcccgttccgctatcggctgaatttgattgcgagtgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGAACTTAATGGGCCCGCTAACa > 1:1700327‑M2/97‑150 (MQ=255) atttgcatggtttgttgaaaaccggacatggcactccagtcgccttcccgttccgctatcggctgaatttgattgcgagtgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGAACTTAATGGGCCCGCTAACAg < 1:4170869‑M2/55‑1 (MQ=255) tttgcatggtttgttgaaaaccggacatggcactccagtcgccttcccgttccgctatcggctgaatttgattgcgagtgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGAACTTAATGGGCCCGCTAACAgc < 1:4365001‑M2/56‑1 (MQ=255) ttgcatggtttgttgaaaaccggacatggcactccagtcgccttcccgttccgctatcggctgaatttgattgcgagtgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGAACTTAATGGGCCCGCTAACAgcg < 1:5361597‑M2/57‑1 (MQ=255) atggtttgttgaaaaccggacatggcactccagtcgccttcccgttccgctatcggctgaatttgattgcgagtgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGAACTTAATGGGCCCGCTAACAGCGCGAt < 2:719452‑M2/61‑1 (MQ=255) atggtttgttgaaaaccggacatggcactccagtcgccttcccgttccgctatcggctgaagttgattgcgagtgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCCGCCGCGCCGAGACAGAACTTAATGGGCCCGCTAACAGCGCgag > 2:809100‑M2/90‑149 (MQ=255) gCATGGTTTGTTGAAAACCGGACATGGCACTCCAGTCGCCTTCCCGTTCCGCTATCGGCTGAATTTGATTGCGAGTGAGATATTTATGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGAACTTAATGGGCCCGCTAACAGCGCGAttt < 1:4465728/150‑1 (MQ=255) ttgttgaaaaccggacatggcactccagtcgccttcccgttccgctatcggctgaatttgattgcgagtgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGAACTTAATGGGCCCGCTAACAGCGCGATTTGCt < 1:198132‑M2/66‑1 (MQ=255) ttgttgaaaaccggacatggcactccagtcgccttcccgttccgctatcggctgaatttgattgcgagtgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGAACTTAATGGGCCCGCTAACAGCGCGATTTGCt < 1:1384213‑M2/66‑1 (MQ=255) gttgaaaaccggacatggcactccagtcgccttcccgttccgctatcggctgaatttgattgcgagtgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGAACTTAATGGGCCCGCTAACAGCGCGATTTGCTgg < 2:5319084‑M2/68‑1 (MQ=255) gattgtttAACACCGGACATGGCACTCCATTCGCCTTCCCGTTCCTCTTTCGTCTGAATTTGATTGCGTGTGATATATTTATGCCAGCCAGCCATCCAGACGCTGACGCGCCGAGACATAACTTAATGGGCCCGCGAACAGCGCGATTTg < 1:2471853/148‑1 (MQ=255) tttGTTGAAAACCGGACATGGCACTCCAGTCGCCTTCCCGTTCCGCTATCGGCTGAATTTGATTGCGAGTGAGATATTTATGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGAACTTAATGGGCCCGCTAACAGCGCGATTTGCTGGt > 1:1093266/1‑150 (MQ=255) accggacatggcactccagtcgccttcccgttccgctatcggctgaatttgattgcgagtgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGAACTTAATGGGCCCGCTAACAGCGCGATTTGCTGGTGACCCa > 1:3846471‑M2/76‑150 (MQ=255) 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agtgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGAACTTAATGGGCCCGCTAACAGCGCGATTTGCTGGTGACCCAATGCGACCAGATGCTCCACGCCCAGTCGCGTACCGTCTTCATGGGAGAAAATAATAc > 1:3431678‑M2/19‑150 (MQ=255) gtgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGAACTTAATGGGCCCGCTAACAGCGCGATTTGCTGGTGACCCAATGCGACCAGATGCTCCACGCCCAGTCGCGTACCGTCTTCATGGGAGAAAATAATACt > 2:610009‑M2/18‑150 (MQ=255) tgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGAACTTAATGGGCCCGCTAACAGCGCGATTTGCTGGTGACCCAATGCGACCAGATGCTCCACGCCCAGTCGCGTACCGTCTTCATGGGAGAAAATAATACTg < 1:100003‑M2/134‑1 (MQ=255) tgagatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGAACTTAATGGGCCCGCTAACAGCGCGATTTGCTGGTGACCCAATGCGACCAGATGCTCCACGCCCAGTCGCGTACCGTCTTCATGGGAGAAAATAATACTg > 2:4295114‑M2/17‑150 (MQ=255) gatatttatgccaGCCAGCCAG‑‑‑‑CCAGACGCAGACGCGCCGAGACAGAACTTAATGGGCCCGCTAACAGCGCGATTTGCTGGTGACCCAATGCGACCAGATGCTCCACGCCCAGTCGCGTACCGTCTTCATGGGAGAAAATAATACTGTTg > 2:360273‑M2/14‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |