| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP043523 | = 1441041 | 542 (1.060) | 464 (0.910) +CTTG |
175/284 | 2.0 | 46.1% | intergenic (‑29/+76) | FTN78_chr1454/FTN78_chr1455 | Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide‑binding protein OppA/Oligopeptide transport system permease protein OppC |
| ? | CP043523 | 1441042 = | 563 (1.080) | intergenic (‑30/+75) | FTN78_chr1454/FTN78_chr1455 | Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide‑binding protein OppA/Oligopeptide transport system permease protein OppC | |||||
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TCCCCGCTTTTAATTTTTTGGTACTTGTACTTGAGTTCTGGTTAGAGCCACAAGCACTTAGGAGTGCAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTTTTCATCTTA‑ATTCTCCAATAATTTCTTTTTAGTTC‑‑‑‑TTACTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTCTTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGCGCATTTCCGATAAAGATAATGGCAAGCACCACAAT > CP043523/1440895‑1441191 | cgcttttaatttttttgtacttgtacttgagctttgattagaaccacaagcacttaggagtgtagctgctaaaactacactacttgccaataaagttacttttaatttgttcatcttagtttctccaataatttctttttatttcttgC‑‑‑‑t < 1:828717‑M2/2‑1 (MQ=255) cttttaatttttttgtacttgtacttgagctttgattagaaccacaagcacttaggagtgtagctgctaaaactacactacttgccaataaagttacttttaatttgttcatcttagtttctccaataatttctttttatttcttgc‑‑‑‑ttg < 1:1179757‑M2/4‑2 (MQ=255) gCTTTTAATTTTTTGGTACTTGTACTTGAGTTCTGGTTAGAGCCACAAGCACTTAGGAGTGCAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTTTTCATCTTA‑ATTCTCCAATAATTTCTTTTTAGTTC‑‑‑‑TTACTTc < 1:2085352/150‑1 (MQ=255) ttttAATTTTTTGGTACTTGTACTTGAGTTCTGGTTAGAGCCACAAGCACTTAGGAGTGCAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTTTTCATCTTA‑ATTCTCCAATAATTTCTTTTTGGTTC‑‑‑‑TTACTTCaa > 2:1177444/1‑150 (MQ=255) tttAATTTTTTTGTACTTGTACTTGAGTTCTGGTTAGAGCCACAAGCACTTAGGAGTGCAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTTTTCATCTTA‑ATTCTCCAATAATTTCTTTTTAGTTC‑‑‑‑TTACTTCaat < 2:2465816/150‑1 (MQ=255) tttAATTTTTTGGTACTTGTACTTGAGTTCTGGTTAGAGCCACAAGCACTTAGGAGTGCAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTTTTCATCTTA‑ATTCTCCAATAATTTCTTTTTAGTTC‑‑‑‑TTACTTCaat < 1:1286339/150‑1 (MQ=255) ttGGTACTTGTACTTGAGCTCTGGTTAGAGCCACAATCACTTAGGAGTGCAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTTTTCATCTTA‑ATTCTCCAATAATTTCTTTTTAGTTC‑‑‑‑TTACTTCAATATAATattt < 1:3776952/150‑1 (MQ=255) tacttgtacttgAGTTCTGGTTAGAGCCACAAGCACTTAGGAGTGCAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTTTTCATCTTA‑ATTCTCCAATAATTTCTTTTTAGTTC‑‑‑‑TTACTTCAATATAATatttaatt < 2:2152559/150‑1 (MQ=255) 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tctccaataatttctttttatttcttgC‑‑‑‑TTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGTGCATTTcc < 1:4373299‑M2/123‑1 (MQ=255) ctccaataatttctttttatttcttgC‑‑‑‑TTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGTGCATTTCCg < 1:2600466‑M2/124‑1 (MQ=255) aTTCTCCAATAATTTCTTTTTAGTTC‑‑‑‑TTACTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTCTTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGCGCATTTCCGa < 1:3025592/150‑1 (MQ=255) ttCTCCAATAATTTCTTTTTAGTTC‑‑‑‑TTACTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTCTTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGCGCATTTCCGAt > 1:1875780/1‑150 (MQ=255) aataatttctttttatttcttgC‑‑‑‑TTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGTGCATTTCCGATaa < 1:1637957‑M2/128‑1 (MQ=255) 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c‑‑‑‑TTACTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTCTTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGCGCATTTCCGATAAAGATAATGGCAAGCACCACAAt < 2:3001742/150‑1 (MQ=255) c‑‑‑‑TTACTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTCTTAAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGCGCATTTCCGATAAAGATAATGGCAAGCACCACAAt < 2:3890834/150‑1 (MQ=255) | TCCCCGCTTTTAATTTTTTGGTACTTGTACTTGAGTTCTGGTTAGAGCCACAAGCACTTAGGAGTGCAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTTTTCATCTTA‑ATTCTCCAATAATTTCTTTTTAGTTC‑‑‑‑TTACTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTCTTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGCGCATTTCCGATAAAGATAATGGCAAGCACCACAAT > CP043523/1440895‑1441191 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |