| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP043523 | = 1441041 | 568 (1.090) | 336 (0.650) +CTTG |
160/280 | 4.1 | 37.4% | intergenic (‑29/+76) | FTN78_chr1454/FTN78_chr1455 | Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide‑binding protein OppA/Oligopeptide transport system permease protein OppC |
| ? | CP043523 | 1441042 = | 579 (1.090) | intergenic (‑30/+75) | FTN78_chr1454/FTN78_chr1455 | Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide‑binding protein OppA/Oligopeptide transport system permease protein OppC | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 370 total aligned reads displayed.
TCCCCGCTTTTAATTTTTTGGTACTTGTACTTGAGTTCTGGTTAGAGCCACAAGCACTTAGGAGTGCAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTTTTCATCTTA‑A‑TTCTCCAATAATTTCTTTTTAGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP043523/1440895‑1441041‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTTACTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTCTTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGCGCATTTCCGATAAAGATAATGGCAAGCACCAC > CP043523/1441042‑1441188 |||| TCCCCGCTTTTAATTTTTTGGTACTTGTACTTGAGTTCTGGTTAGAGTCACAAGCACTTAGGAGTGCAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTTTTCATCTTA‑A‑TTCTCCAATAATTTCTTTTTAGTTC < 1:4252781/148‑1 CCCCGCTTTTAATTTTTTGGTACTTGTACTTGAGTTCTGGTTAGAGCCACAAGCACTTAGGAGTGCAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTTTTCATCTTA‑A‑TTCTCCAATAATTTCTTTTTAGTTCT > 1:3555497/1‑148 CCCCGCTTTTAATTTTTTGGTACTTGTACTTGAGTTCTGGTTAGAGCCACAAGCACTTAGGAGTGCAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTTTTCATCTTA‑A‑TTCTCCAATAATTTCTTTTTAGTTCT < 1:2783120/148‑1 CCCCGCTTTTAATTTTTTGGTACTTGTACTTGAGTTCTGGTTAGAGCCACAAGCACTTAGGAGTGCAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTTTTCATCTTA‑A‑TTCTCCAATAATTTCTTTTTAGTTCT < 2:1655299/148‑1 CCCGCTTTTAATTTTTTGGTACTTGTACTTGAGTTCTGGTTAGAGCCACAAGCACTTAGGAGTGCAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTTTTCATCTTA‑A‑TTCTCCAATAATTTCTTTTTAGTTCTT < 2:2906383/148‑1 CCGCTTTTAATTTTTTTGTACTTGTACTTGAGCTTTGATTAGAACCACAAGCACTTAGGAGTGTAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTGTTCATCTTAGT‑TTCTCCAATAATTTCTTTTTATTTCTT < 1:4405326/148‑1 GCTTTTAATTTTTTTGTACTTGTACTTGAGCTTTGATTAGAACCACAAGCACTTAGGAGTGTAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTGTTCATCTTAGT‑TTCTCCAATAATTTCTTTTTATTTCTTGC > 2:2414050/1‑148 CTTTTAATTTTTTTGTACTTGTACTTGAGCTTTGATTAGAACCACAAGCACTTAGGAGTGTAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTGTTCATCTTAGT‑TTCTCCAATAATTTCTTTTTATTTCTTGCT < 2:3524118/148‑1 TTTTAATTTTTTTGTACTTGTACTTGAGCTTTGATTAGAACCACAAGCACTTCGGAGTGTAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTGTTCATCTTA‑GTTTCTCCAATAATTTCTTTTTATTTTTTGCTT > 1:3008898/1‑148 TTTTAATTTTTTTGTACTTGTACTTGAGCTTTGATTAGAACCACAAGCACTTAGGAGTGTAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTGTTCATCTTAGT‑TTCTCCAATAATTTCTTTTTATTTCTTGCTT > 2:2691363/1‑148 TTTAATTTTTTTGTACTTGTACTTGAGCTTTGATTAGAACCACAAGCACTTAGGAGTGTAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTGTTCATCTTAGT‑TTCTCCAATAATTTCTTTTTATTTCTTGCTTg > 1:3982339/1‑147 TTAATTTTTTTGTACTTGTACTTGAGCTTTGATTAGAACCACAAGCACTTAGGAGTGTAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTGTTCATCTTAGT‑TTCTCCAATAATTTCTTTTTATTTCTTGCTTgc < 2:2656462/148‑3 ATTTTTTGGTACTTGTACTTGAGTTCTGGTTAGAGCCACAAGCACTTAGGAGTGCAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTTTTCATCTTA‑A‑TTCTCCAATAATTTCTTTTTAGTTCTTGCTTGCTTCA < 2:2306338/148‑1 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2:474665/148‑1 ACAAGCACTTAGGAGTGTAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTGTTCATCTTAGT‑TTCTCCAATAATTTCTTTTTATTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAG < 1:236090/148‑1 AGCACTTAGGAGTGTAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTGTTCATCTTAGT‑TTCTCCAATAATTTCTTTTTATTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATA > 1:410870/1‑148 GCACTTAGGAGTGTAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTGTTCATCTTAGT‑TTCTCCAATAATTTCTTTTTATTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAA < 2:363484/148‑1 ACTTAGGAGTGTAGCTGCTAAAACTGCACTACTTGCCAATAAAGTTGCTTTTAATTTGTTCATCTTAGT‑TTCTCCAATAATTTCTTTTTATTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTAAATAGATAAAC > 2:1294550/1‑148 ACTTAGGAGTGTAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTGTTCATCTTAGT‑TTCTCCAATAATTTCTTTTTATTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAAC < 1:2829997/148‑1 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tcttagtTTCTCCAATAATTTCTTTTTATTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTA > 1:2506993/8‑148 CTTA‑A‑TTCTCCAATAATTTCTTTTTATTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGt > 2:2973262/1‑147 cttagtTTCTCCAATAATTTCTTTTTATTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAG < 2:3250510/142‑1 cttagtTTCTCCAATAATTTCTTTTTATTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAG > 1:433202/7‑148 agtTTCTCCAATAATTTCTTTTTATTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGtgc > 1:688116/4‑145 agtTTCTCCAATAATTTCTTTTTATTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGtgc > 2:1260634/4‑145 tTTCTCCAATAATTTCTTTTTATTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGTGCAT > 1:1115604/2‑148 tTTCTCCAATAATTTCTTTTTATTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGTGCAT > 2:1224358/2‑148 CAATAATTTCTTTTTATTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGTGCATTTCCGA > 1:2310390/1‑148 CAATAATTTCTTTTTATTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGTGCATTTCCGA > 1:1566714/1‑148 AATAATTTCTTTTTATTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGTGCATTTCCGAT < 1:1967611/148‑1 AATTTCTTTTTATTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGTGCATTTCCGATAAA > 1:3374252/1‑148 TTTTTATTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGTGCATTTCCGATTAAGATAAT > 1:1208548/1‑148 TTTTTATTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGTGCATTTCCGATAAAGATAAT > 2:3901767/1‑148 TTTTATTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGTGCATTTCCGATAAAGATAATa > 2:4482312/1‑147 tatTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGTGCATTTCCGATAAAGATAATAGCA > 2:4011488/4‑148 tatTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGTGCATTTCCGATAAAGATAATAGCA < 1:1827024/145‑1 atTTCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGTGCATTTCCGATAAAGATAATAGCAA < 1:460287/146‑1 TCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGTGCATTTCCGATAAAGATAATAGCAAGCA < 2:1749222/148‑1 TCTTGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGTGCATTTCCGATAAAGATAATAGCAAGCA > 1:2057436/1‑148 TGCTTGCTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTATTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGTGCATTTCCGATAAAGATAATAGCAAGCACCA > 1:3147002/1‑148 |||| TCCCCGCTTTTAATTTTTTGGTACTTGTACTTGAGTTCTGGTTAGAGCCACAAGCACTTAGGAGTGCAGCTGCTAAAACTACACTACTTGCCAATAAAGTTACTTTTAATTTTTTCATCTTA‑A‑TTCTCCAATAATTTCTTTTTAGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP043523/1440895‑1441041‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTTACTTCAATATAATATTTAATTTATCATATCCATTTTTAATAGATAAACATTTTTATCACTCTTGAATGTTGTTTATCTTGTAGCTTGTCTTTGGTCAGCCACTCGTCTTAGCGCATTTCCGATAAAGATAATGGCAAGCACCAC > CP043523/1441042‑1441188 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |