| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP043523 | 234703 = | NA (NA) | 548 (1.140) +CGGAGGTCTTTTCT |
213/266 | 0.1 | 49.4% | intergenic (+77/+42) | FTN78_chr0290/FTN78_chr0291 | Transcription elongation factor GreA/Mobile element protein |
| ? | CP043523 | = 1998587 | 622 (1.170) | intergenic (‑79/‑166) | FTN78_chr2059/FTN78_chr2060 | Mobile element protein/Sulfate permease | |||||
Only 100 of 553 total aligned reads displayed.
AAGTTGGAGACATCGTAAATGTACCACTTCCAGTTGGCGAAATGACAGTTAAAATTGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAACGAAAAACTAGACACGGAGTTAAGAGAATTTAAGAATTATATTTTTCAAAGTCTTTTGGAGACTTGTAATCAAGACCTGAATGCATCCTTTTTGTATTGTAATAGGTCTCAATGTATTTAAATATTTCTTGAGTA > CP043523/234556‑234850 | aaGTTGGAGACATCGTAAATGTACCACTTCCAGTTGGCGAAATGACAGTTAAAATTGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGaa > 1:2493491/1‑148 (MQ=255)aaGTTGGAGACATCGTAAATGTACCACTTCCAGTTGGCGAAATGACAGTTAAAATTGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGaa < 1:1835547/148‑1 (MQ=255) tGGAGACATCGTAAATGTACCACTTCCAGTTGGCGAAATGACAGTTAAAATTGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATgg > 1:1311232/1‑148 (MQ=255) ggAGACATCGTAAATGTACCACTTCCAGTTGGCGAAATGACAGTTAAAATTGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGa > 1:1740480/1‑148 (MQ=255) gagaCATCGTAAATGTACCACTTCCAGTTGGCGAAATGACAGTTAAAATTGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGaa > 2:2878876/1‑148 (MQ=255) aCATCGTAAATGTACCACTTCCAGTTGGCGAAATGACAGTTAAAATTGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGt < 1:4360764/148‑1 (MQ=255) aCATCGTAAATGTACCACTTCCAGTTGGCGAAATGACAGTTAAAATTGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGt > 1:1353982/1‑148 (MQ=255) tCGTAAATGTACCACTTCCAGTTGGCGAAATGACAGTTAAAATTGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCaa > 2:4704805/1‑148 (MQ=255) cGTAAATGTACCACTTCCAGTTGGCGAAATGACAGTTAAAATTGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAAc > 2:1457790/1‑148 (MQ=255) gTAAATGTACCACTTCCAGTTGGCGAAATGACAGTTAAAATTGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAACg > 2:1896457/1‑148 (MQ=255) aaaTGTACCACTTCCAGTTGGCGAAATGACAGTTAAAATTGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAACGaa > 1:1810183/1‑148 (MQ=255) aaTGTACCACTTCCAGTTGGCGAAATGACAGTTAAAATTGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAACGaaa < 2:2993218/148‑1 (MQ=255) tGTACCACTTCCAGTTGGCGAAATGACAGTTAAAATTGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAACGaaaaa > 1:3506073/1‑148 (MQ=255) ccACTTCCAGTTGGCGAAATGACAGTTAAAATTGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAACGAAAAACTAg > 1:3356151/1‑148 (MQ=255) 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aaaTGACAGTTAAAATTGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAACGAAAAACTAGACACGGAGTTAAgaga > 1:2662223/1‑148 (MQ=255) aaaTGACAGTTAAAATTGTAAAAGTTGAATAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAACGAAAAACTAGACACGGAGTTAAgaga < 2:1331311/148‑1 (MQ=255) aaTGACAGTTAAAATTGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAACGAAAAACTAGACACGGAGTTAAGAGaa > 1:3581393/1‑148 (MQ=255) aaTGACAGTTAAAATTGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAACGAAAAACTAGACACGGAGTTAAGAGaa < 1:846015/148‑1 (MQ=255) gACAGTTAAAATTGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAACGAAAAACTAGACACGGAGTTAAGAGAAttt < 2:447063/148‑1 (MQ=255) 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aTTGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAACGAAAAACTAGACACGGAGTTAAGAGAATTTAAGAATtata > 1:3180490/1‑148 (MQ=255) aTTGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAACGAAAAACTAGACACGGAGTTAAGAGAATTTAAGAATtata < 1:426242/148‑1 (MQ=255) tGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAACGAAAAACTAGACACGGAGTTAAGAGAATTTAAGAATTATAtt > 1:3554454/1‑148 (MQ=255) gTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAACGAAAAACTAGACACGGAGTTAAGAGAATTTAAGAATTATAttt < 1:2923994/148‑1 (MQ=255) gTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAACGAAAAACTAGACACGGAGTTAAGAGAATTTAAGAATTATAttt > 2:795871/1‑148 (MQ=255) tAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAACGAAAAACTAGACACGGAGTTAAGAGAATTTAAGAATTATAtttt > 2:2135654/1‑148 (MQ=255) aaaGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAACGAAAAACTAGACACGGAGTTAAGAGAATTTAAGAATTATATTTTTc < 2:392068/148‑1 (MQ=255) gTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAACGAAAAACTAGACACGGAGTTAAGAGAATTTAAGAATTATATTTTTCaaa < 2:3202057/148‑1 (MQ=255) ttGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAACGAAAAACTAGACACGGAGTTAAGAGAATTTAAGAATTATATTTTTCAAAg < 1:1000709/148‑1 (MQ=255) gACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAACGAAAAACTAGACACGGAGTTAAGAGAATTTAAGAATTATATTTTTCAAAGTc > 1:3078832/1‑148 (MQ=255) 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aaTGGAAAGTCAACGAAAAACTAGACACGGAGTTAAGAGAATTTAAGAATTATATTTTTCAAAGTCTTTTGGAGACTTGTAATCAAGACCTGAATGCATCCTTTTTGTATTGTAATAGGTCTCAATGTATTTAAATATTTCTTGAGTa < 2:1522650/148‑1 (MQ=11) | AAGTTGGAGACATCGTAAATGTACCACTTCCAGTTGGCGAAATGACAGTTAAAATTGTAAAAGTTGACTAATTATTTTAGAATATAATAAGTAAAAAAGCCGTCAGTTGATGTGCACCCCAAAAGTTAGACTTTTTATCCAAGTAGAAATGGAAAGTCAACGAAAAACTAGACACGGAGTTAAGAGAATTTAAGAATTATATTTTTCAAAGTCTTTTGGAGACTTGTAATCAAGACCTGAATGCATCCTTTTTGTATTGTAATAGGTCTCAATGTATTTAAATATTTCTTGAGTA > CP043523/234556‑234850 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |