New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	CP043523	= 1895788	NA (NA)	618 (1.170)	239/292	0.0	49.9%	intergenic (+17/+38)	FTN78_chr1944/FTN78_chr1945	Mobile element protein/hypothetical protein
	?	CP043523	= 2060261	624 (1.170)					coding (700/1308 nt)	FTN78_chr2133	D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase

TCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCTATAAATA  >  CP043523/1895643‑1895798                                                                                                                                                  |           tCGTCTCAAGGTTTTCAATTGAAATGAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTc          <  2:2820001/148‑1 (MQ=11) tCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGGACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTc          <  1:851067/148‑1 (MQ=11) tCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTc          >  2:572541/1‑148 (MQ=11) tCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTc          >  2:3643847/1‑148 (MQ=11) tCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTc          >  2:1450986/1‑148 (MQ=11) tCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTc          >  2:1812652/1‑148 (MQ=11) tCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTc          >  1:3556689/1‑148 (MQ=11) tCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTc          >  2:654314/1‑148 (MQ=11) tCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTc          >  1:2601949/1‑148 (MQ=11) tCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTc          >  2:654723/1‑148 (MQ=11) tCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTc          >  1:2192580/1‑148 (MQ=11) tCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTc          <  1:1731229/148‑1 (MQ=11)  cGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCt         >  2:2594515/1‑148 (MQ=31)  cGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCt         <  2:2205857/148‑1 (MQ=31)  cGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCt         <  2:4712067/148‑1 (MQ=31)  cGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCt         <  2:2205415/148‑1 (MQ=31)  cGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCt         >  2:2594713/1‑148 (MQ=31)  cGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCt         <  2:1123709/148‑1 (MQ=31)  cGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCt         <  2:2619345/148‑1 (MQ=31)   gCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtt        >  2:1455141/1‑147 (MQ=14)   gCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtt        <  2:591617/148‑2 (MQ=14)   gCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtt        >  1:794343/1‑147 (MQ=14)   gCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtt        >  1:794930/1‑147 (MQ=14)    ccTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCttt       <  2:2097635/148‑3 (MQ=14)    ccTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCttt       >  1:1336829/1‑146 (MQ=14)    ccTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCttt       <  2:2575682/148‑3 (MQ=14)    ccTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCttt       >  2:2355237/1‑146 (MQ=14)    ccTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCttt       <  2:493694/148‑3 (MQ=14)    ccTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCttt       <  2:2097081/148‑3 (MQ=14)    ccTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCttt       >  2:1694252/1‑146 (MQ=14)     cTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCttta      >  2:3619839/1‑148 (MQ=14)     cTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCttta      <  1:246068/148‑1 (MQ=14)      tCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttat     >  2:4228960/1‑144 (MQ=14)      tCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttat     <  2:4711808/148‑5 (MQ=14)      tCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttat     <  2:2974163/148‑5 (MQ=14)      tCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttat     <  2:2716626/148‑5 (MQ=14)      tCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttat     >  1:145810/1‑147 (MQ=14)      tCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttat     <  2:3989219/148‑2 (MQ=14)      tCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttat     >  1:2646486/1‑144 (MQ=14)      tCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttat     <  1:315365/148‑5 (MQ=14)      tCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttat     <  2:1785215/148‑5 (MQ=14)      tCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGAGGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttat     >  2:4614454/1‑147 (MQ=14)       cAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttatt    <  1:3645770/148‑3 (MQ=14)       cAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttatt    >  1:4363086/1‑143 (MQ=14)       cAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttatt    <  2:122061/148‑6 (MQ=14)        aaGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttatta   <  2:1913243/148‑7 (MQ=14)        aaGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttatta   >  1:4559302/1‑142 (MQ=14)        aaGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttatta   <  2:1495792/148‑7 (MQ=14)         aGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttattaa  <  2:4008242/148‑8 (MQ=14)         aGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttattaa  <  2:16073/148‑8 (MQ=14)         aGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttattaa  <  2:1629425/148‑8 (MQ=14)         aGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttattaa  <  2:3339294/148‑8 (MQ=14)         aGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttattaa  <  2:1788250/148‑8 (MQ=14)         aGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttattaa  <  2:2507854/148‑8 (MQ=14)         aGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCtttattaa  >  1:255601/1‑141 (MQ=14)                                                                                                                                                  |           TCGCCTCAAGGTTTTCAATTGAAATTAGAGATGATACTTTTAGCGTATTCTTTACTGTTAAAATCAGCTAAATCACTGGAACCAGAGACTTTAAGATATTCTATCGGGTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTCTATAAATA  >  CP043523/1895643‑1895798

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.