| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP043523 | = 795292 | 491 (0.920) | 233 (0.460) +CTCGGTG |
88/280 | 17.2 | 32.0% | coding (395/411 nt) | FTN78_chr0848 | Mobile element protein |
| ? | CP043523 | 838360 = | 548 (1.030) | intergenic (‑66/+92) | FTN78_chr0888/FTN78_chr0889 | hypothetical protein/General stress protein, Gls24 family | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 584 total aligned reads displayed.
AAGGCAACTTGAGATTTCCCCAAAACCCGTAAGTAATTGTTGGTATTGTTAAGACAATGGTAAGCTCAGTTAATATTTTCATAATATTATTCGACTGCTTCGATATAGTCTATCATGAAAGATTTCCTTAGACCTATTGACTTGATACTTCTATCTAAATAAAAAACTATACAATTGAAGTAACTTACTAAAAAAGCCTCACAATAGAGGCCTTTGTTCATCAGGATTTATCTAGAAATTTATTTAACTCTAGCTTCTTTATCTGTACTGTCTTCTACTTTGTCTTTTACTTTATC > CP043523/838213‑838508 | aaGGCAACTTGAGATTTCCCCAAAACCCGTAAGTAATTGTTGGTATTGTTAAGACAATGGTAAGCTCAGTTAATATTTTCATAATATTATTCGACTGCTTCGATATAGTCTATCATGAAAGATTTCCTTAGACCTATTGACTTGATAc < 2:2124585/148‑1 (MQ=255) aGGCAACTTGAGATTTCCCCAAAACCCGTAAGTAATTGTTGGTATTGTTAAGACAATGGTAAGCTCAGTTAATATTTTCATAATATTATTCGACTGCTTCGATATAGTCTATCATGAAAGATTTCCTTAGACCTATTGACTTTATACt > 1:1137445/1‑148 (MQ=255) aaCTTGAGATTTCCCCAAAACCCGTAAGTAATTGTTGGTATTGTTAAGACAATGGTAAGCTCAGTTAATATTTTCATAATATTATTCGACTGCTTCGATATAGTCTATCATGAAAGATTTCCTTAGACCTATTGACTTGATACTtcta < 2:2568009/148‑1 (MQ=255) aCTTGAGATTTCCCCAAAACCCGTAAGTAATTGTTGGTATTGTTAAGACAATGGTAAGCTCAGTTAATATTTTCATAATATTATTCGACTGCTTCGATATAGTCTATCATGAAAGATTTCCTTAGACCTATTGACTTGATACTtctat 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cGTAAGTAATTGTTGGTATTGTTAAGACAATGGTAAGCTCAGTTAATATTTTCATAATATTATTCGACTGCTTCGATATAGTCTATCATGAAAGATTTCCTTAGACCTATTGACTTGATACTTCTATCTAAATAAAAAACTATACAAt > 2:2839493/1‑148 (MQ=255) cGTAAGTAATTGTTGGTATTGTTAAGACAATGGTAAGCTCAGTTAATATTTTCATAATATTATTCGACTGCTTCGATATAGTCTATCATGAAAGATTTCCTTAGACCTATTGACTTGATACTTCTATCTAAATAAAAAACTATACAAt < 1:3126290/148‑1 (MQ=255) gtaagtaaTTGTTGGTATTGTTAAGACAATGGTAAGCTCAGTTAATATTTTCATAATATTATTCGACTGCTTCGATATAGTCTATCATGAAAGATTTCCTTAGACCTATTGACTTGATACTTCTATCTAAATAAAAAACTATACAAtt > 2:4346772/1‑148 (MQ=255) agtaaTTGTTGGTATTGTTAAGACAATGGTAAGCTCAGTTAATATTTTCATAATATTATTCGACTGCTTCGATATAGTCTATCATGAAAGATTTCCTTAGACCTATTGACTTGATACTTCTATCTAAATAAAAAACTATACAATTGaa < 1:3925513/148‑1 (MQ=255) agtaaTTGTTGGTATTGTTAAGACAATGGTAAGCTCAGTTAATATTTTCATAATATTATTCGACTGCTTCGATATAGTCTATCATGAAAGATTTCCTTAGACCTATTGACTTGATACTTCTATCTAAATAAAAAACTATACAATTGaa < 1:1538089/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |