| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP043523 | 1867496 = | 0 (0.000) | 455 (0.880) +GTGA |
202/286 | 0.9 | 61.9% | intergenic (‑292/‑29) | FTN78_chr1913/FTN78_chr1914 | hypothetical protein/Site‑specific recombinase, DNA invertase Pin related protein |
| ? | CP043523 | 1958190 = | 576 (1.080) | intergenic (‑52/‑59) | FTN78_chr2011/FTN78_chr2012 | hypothetical protein/Mobile element protein | |||||
Only 100 of 1044 total aligned reads displayed.
ATTCGGATATAATAATAAACCAACTTTCAATAGTTCATTGGCTTTGTCGTAGTTTTTCCACAAAATTAAATATGAAATATACTTTTCCAGTAGCATTTTAGTATATTTATGAATTTTTAAATTCCCTATCCGTTTTGAATATTTATTGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGTATAATTTAGACAAAGGACAAAAACATGCAAAAACGCTACTCAAAAGAATTTAAAGAAACCCTTATCGCCTTCTATCATTCTGGTCAATCCGTCACCCAGCTGTCTAAAGAATA > CP043523/1958043‑1958337 | agttccagtaaacttttcttggaaaacttcttctgctcctgcttctttcagaacttcaatttgagattctaatttttgttcaaaagtactgacacgtgcatacccaattttcatattttgacctctattaataaccctaagttgtgag > 1:2718865‑M2/148‑148 (MQ=255) ttCGGATATAATAATAAACCAACTTTCAATAGTTCATTGGCTTTGTCGTAGTTTTTCCACAAAATTAAATATGAAATATACTTTTCCAGTAGCATTTTAGTATATTTATGAATTTTTAAATTCCCTATCCGTTTTGAATATTTATtgt < 2:2271649/148‑1 (MQ=255) ttccagtaaacttttcttggaaaacttcttctgctcctgcttctttcagaacttcaatttgagattctaatttttgttcaaaagtactgacacgtgcatacccaattttcatattttgacctctattaataaccctaagttgtgagtg < 2:4105455‑M2/3‑1 (MQ=255) 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aCTTTCAATAGTTCATTGGCTTTGTCGTAGTTTTTCCACAAAATTAAATATGAAATATACTTTTCCAGTAGCATTTTAGTATATTTATGAATTTTTAAATTCCCTATCCGTTTTGAATATTTATTGTGATGTTATCCTTAAATCTTag > 1:4278267/1‑148 (MQ=255) cTTTCAATAGTTCATTGGCTTTGTCGTAGTTTTTCCACAAAATTAAATATGAAATATACTTTTCCAGTAGCATTTTAGTATATTTATGAATTTTTAAATTCCCTATCCGTTTTGAATATTTATTGTGATGTTATCCTTAAATCTTaga < 2:2915723/148‑1 (MQ=255) ttCAATAGTTCATTGGCTTTGTCGTAGTTTTTCCACAAAATTAAATATGAAATATACTTTTCCAGTAGCATTTTAGTATATTTATGAATTTTTAAATTCCCTATCCGTTTTGAATATTTATTGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGt > 1:1718175/1‑148 (MQ=255) acttcttctgctcctgcttctttcagaacttcaatttgagattctaatttttgttcaaaagtactgacacgtgcatacccaattttcatattttgacctctattaataaccctaagttgtgaGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGt > 1:668506‑M2/123‑148 (MQ=255) tCAATAGTTCATTGGCTTTGTCGTAGTTTTTCCACAAAATTAAATATGAAATATACTTTTCCAGTAGCATTTTAGTATATTTATGAATTTTTAAATTCCCTATCCGTTTTGAATATTTATTGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTc < 2:676868/148‑1 (MQ=255) cAATAGTTCATTGGCTTTGTCGTAGTTTTTCCACAAAATTAAATATGAAATATACTTTTCCAGTAGCATTTTAGTATATTTATGAATTTTTAAATTCCCTATCCGTTTTGAATATTTATTGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCa > 1:4591315/1‑148 (MQ=255) aTAGTTCATTGGCTTTGTCGTAGTTTTTCCACAAAATTAAATATGAAATATACTTTTCCAGTAGCATTTTAGTATATTTATGAATTTTTAAATTCCCTATCCGTTTTGAATATTTATTGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACt < 2:1884437/148‑1 (MQ=255) gTTCATTGGCTTTGTCGTAGTTTTTCCACAAAATTAAATATGAAATATACTTTTCCAGTAGCATTTTAGTATATTTATGAATTTTTAAATTCCCTATCCGTTTTGAATATTTATTGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTAtt < 2:1827885/148‑1 (MQ=255) ttCATTGGCTTTGTCGTAGTTTTTCCACAAAATTAAATATGAAATATACTTTTCCAGTAGCATTTTAGTATATTTATGAATTTTTAAATTCCCTATCCGTTTTGAATATTTATTGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTg < 1:1118233/148‑1 (MQ=255) tCATTGGCTTTGTCGTAGTTTTTCCACAAAATTAAATATGAAATATACTTTTCCAGTAGCATTTTAGTATATTTATGAATTTTTAAATTCCCTATCCGTTTTGAATATTTATTGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGt > 2:1348085/1‑148 (MQ=255) 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cctgcttctttcagaacttcaatttgagattctaatttttgttcaaaagtactgacacgtgcatacccaattttcatattttgacctctattaataaccctaagttgtgaGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGtata > 1:2801411‑M2/111‑148 (MQ=255) tGGCTTTGTCGTAGTTTTTCCACAAAATTAAATATGAAATATACTTTTCCAGTAGCATTTTAGTATATTTATGAATTTTTAAATTCCCTATCCGTTTTGAATATTTATTGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGTATaa > 2:4257781/1‑148 (MQ=255) tGGCTTTGTCGTAGTTTTTCCACAAAATTAAATATGAAATATACTTTTCCAGTAGCATTTTAGTATATTTATGAATTTTTAAATTCCCTATCCGTTTTGAATATTTATTGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGTATaa < 1:4633788/148‑1 (MQ=255) ggCTTTGTCGTAGTTTTTCCACAAAATTAAATATGAAATATACTTTTCCAGTAGCATTTTAGTATATTTATGAATTTTTAAATTCCCTATCCGTTTTGAATATTTATTGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGTATAAt > 1:2856780/1‑148 (MQ=255) ttGTCGTAGTTTTTCCACAAAATTAAATATGAAATATACTTTTCCAGTAGCATTTTAGTATATTTATGAATTTTTAAATTCCCTATCCGTTTTGAATATTTATTGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGAATAATTTAg < 2:1095139/148‑1 (MQ=255) tctttcagaacttcaatttgagattctaatttttgttcaaaagtactgacacgtgcatacccaattttcatattttgacctctattaataaccctaagttgtgaGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGTATAATTTAg > 1:435785‑M2/105‑148 (MQ=255) tGTCGTAGTTTTTCCACAAAATTAAATATGAAATATACTTTTCCAGTAGCATTTTAGTATATTTATGAATTTTTAAATTCCCTATCCGTTTTGAATATTTATTGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGTATAATTTAGa > 1:4399219/1‑148 (MQ=255) aacttcaatttgagattctaatttttgttcaaaagtactgacacgtgcatacccaattttcatattttgacctctattaataaccctaagttgtgaGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGTATAATTTAGACAAAGGa > 2:2523807‑M2/97‑148 (MQ=255) ttcaatttgagattctaatttttgttcaaaagtactgacacgtgcatacccaattttcatattttgacctctattaataaccctaagttgtgaGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGTATAATTTAGACAAAGGACaa < 1:450070‑M2/55‑1 (MQ=255) cacaAAATTAAATATGAAATATACTTTTCCAGTAGCATTTTAGTATATTTATGAATTTTTAAATTCCCTATCCGTTTTGAATATTTATTGTGATGTTATCCTTAAATCCTAGAGTCACTATTGTATAATTTAGACAAAGGACAAAAAc < 2:744761/148‑1 (MQ=255) 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ttattGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGTATAATTTAGACAAAGGACAAAAACATGCAAAAACGCTACTCAAAAGAATTTAAAGAAACCCTTATCGCCTTCTATCATTCTGGTCAATCCGTCACCCAGCTGTCTaaa < 2:4399219/148‑1 (MQ=35) ttattGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGTATAATTTAGACAAAGGACAAAAACATGCAAAAACGCTACTCAAAAGAATTTAAAGAAACCCTTATCGCCTTCTATCATTCTGGTCAATCCGTCACCCAGCTGTCTaaa > 1:3623202/1‑148 (MQ=35) ttattGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGTATAATTTAGACAAAGGACAAAAACATGCAAAAACGCTACTCAAAAGAATTTAAAGAAACCCTTATCGCCTTCTATCATTCTGGTCAATCCGTCACCCAGCTGTCTaaa > 1:3743429/1‑148 (MQ=35) tgtgaGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGTATAATTTAGACAAAGGACAAAAACATGCAAAAACGCTACTCAAAAGAATTTAAAGAAACCCTTATCGCCTTCTATCATTCTGGTCAATCCGTCACCCAGCTGTCTaaa < 1:444747‑M2/143‑1 (MQ=255) tgaGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGTATAATTTAGACAAAGGACAAAAACATGCAAAAACGCTACTCAAAAGAATTTAAAGAAACCCTTATCGCCTTCTATCATTCTGGTCAATCCGTCACCCAGCTGTCTAAAGa < 1:2471163‑M2/145‑1 (MQ=255) ttGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGTATAATTTAGACAAAGGACAAAAACATGCAAAAACGCTACTCAAAAGAATTTAAAGAAACCCTTATCGCCTTCTATCATTCTGGTCAATCCGTCACCCAGCTGTCTAAAGaa < 2:2797329/148‑1 (MQ=33) gaGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGTATAATTTAGACAAAGGACAAAAACATGCAAAAACGCTACTCAAAAGAATTTAAAGAAACCCTTATCGCCTTCTATCATTCTGGTCAATCCGTCACCCAGCTGTCTAAAGaa > 1:261955‑M2/3‑148 (MQ=255) | ATTCGGATATAATAATAAACCAACTTTCAATAGTTCATTGGCTTTGTCGTAGTTTTTCCACAAAATTAAATATGAAATATACTTTTCCAGTAGCATTTTAGTATATTTATGAATTTTTAAATTCCCTATCCGTTTTGAATATTTATTGTGATGTTATCCTTAAATCTTAGAGTCACTATTGTATAATTTAGACAAAGGACAAAAACATGCAAAAACGCTACTCAAAAGAATTTAAAGAAACCCTTATCGCCTTCTATCATTCTGGTCAATCCGTCACCCAGCTGTCTAAAGAATA > CP043523/1958043‑1958337 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |