| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | NC_000913 | 4,099,309 | (G)7→10 | coding (48/993 nt) | kdgT → | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4099302 | 37 (0.140) | 173 (0.610) +GGG |
94/164 | 2.0 | 82.1% | coding (41/993 nt) | kdgT | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system |
| ? | NC_000913 | 4099303 = | 38 (0.130) | coding (42/993 nt) | kdgT | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system | |||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
CTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/4099211‑4099302‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACG > NC_000913/4099303‑4099394 ||| CTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG > 1:2690641/1‑93 TGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG > 2:956748/1‑93 TGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG > 2:6401664/1‑93 TGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG < 2:5992337/93‑1 GATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGG > 2:6818980/1‑93 ATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGG < 2:7090338/93‑1 ATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGG < 2:2678894/93‑1 GCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGG < 1:2195414/93‑1 GCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGG > 2:4097414/1‑93 GCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGG > 1:5581635/1‑93 GCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGG > 1:3384618/1‑93 CTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGG < 1:5320905/93‑1 CATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGGa > 1:3277218/1‑92 CATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGGa > 1:4164826/1‑92 TTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGGGAT > 2:2243036/1‑93 GAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGAT > 1:1225751/1‑93 AGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATG > 2:106735/1‑93 GGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGGGATGATG > 2:6632238/1‑93 GAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCT > 1:3766993/1‑93 GAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCT > 1:992253/1‑93 GAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCT < 2:7215698/93‑1 CATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGC < 2:838479/93‑1 TCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTA > 1:1792132/1‑93 TCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTA > 1:2972292/1‑93 TCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTA > 1:2868896/1‑93 CAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTAT > 2:5664084/1‑93 CAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTAT > 1:1384419/1‑93 CCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCC > 2:1099230/1‑93 CCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCC > 2:6969596/1‑93 CCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCT > 2:689900/1‑93 CCTAAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGAAAAAACGCTCAATTGAGAAAA‑CCCCGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCT < 1:1934570/93‑1 CTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGCGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTT > 1:2428304/1‑93 AAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCG > 2:6435619/1‑93 AAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCG > 2:6855064/1‑93 AAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGC > 2:1764647/1‑93 AATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGTTGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCA > 1:903060/1‑93 TATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACT < 2:4535740/93‑1 TATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACT > 1:3946684/1‑93 TGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGT > 2:7333540/1‑93 CCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGC > 2:392796/1‑93 CGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAA‑CCCCGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCC < 1:4458894/93‑1 GACAGGTGATGGAAATGCAGAAAAAACGCTCGATTGA‑AAAAACCCCGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCA < 1:5983152/93‑1 ACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCAC > 2:4319771/1‑93 AGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACAC > 2:7133401/1‑93 AGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACAC > 2:3075035/1‑93 GGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGCTGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACC > 2:4376128/1‑93 GTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCT > 2:4141356/1‑93 TGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTT < 2:2102785/93‑1 GATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTC < 2:7400703/93‑1 GATGAAAATGCAAATAAAACGCTCGATTGA‑AAAAACCCCGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTC < 2:6701187/93‑1 TGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTC > 2:692001/1‑93 TGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTC > 1:6839078/1‑93 TGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTC < 2:2241236/93‑1 GGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCG > 2:4621848/1‑93 GGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCG > 1:4353975/1‑93 GAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGC > 2:2899506/1‑93 ATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGG > 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2:4066941/1‑92 CTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATAa > 1:7337567/1‑92 CTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCACGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGCAATAT > 1:6222521/1‑93 TCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATT > 1:47961/1‑93 GATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTT > 2:2746614/1‑93 ATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTG < 1:2249364/93‑1 ATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTG > 1:4187792/1‑93 TTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTGG > 1:7386982/1‑93 TTGAG‑AAATCCCC‑GGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTGGA < 2:2842549/93‑1 TGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTGGA < 1:1184845/93‑1 TGAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTGGA > 2:7360824/1‑93 GAGAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTGGAT > 2:7008495/1‑93 aaAAAACCCCGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTGGAT < 1:5107496/91‑1 aAAAACCCCCGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTGGATC < 1:5154570/92‑1 GAAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTGGATCA > 2:3288937/1‑93 AAACTCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTGGATCAT < 2:5532892/93‑1 AAAATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTGGATCAT > 1:4783063/1‑93 AATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTGGATCATTC > 1:5829171/1‑93 ATCCC‑GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTGGATCATTCA < 1:7296881/93‑1 aCCCCGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTGGATCATTCA < 1:6429043/92‑1 aCCCCGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTGGATCATTCA < 2:356040/92‑1 tcccGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTGGATCATTCAC > 1:3482612/5‑93 cccGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACC < 1:5545496/90‑1 GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAAC < 1:577153/93‑1 GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAAC > 2:1235453/1‑93 GGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAAC < 2:1480542/93‑1 GGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACG > 2:5374910/1‑93 ||| CTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/4099211‑4099302‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG‑GCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACG > NC_000913/4099303‑4099394 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |