| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | NC_000913 | 526,302 | (G)6→9 | coding (3818/4281 nt) | rhsD → | RhsD |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 526296 | 32 (0.090) | 247 (0.660) +GGG |
111/166 | 0.7 | 87.8% | coding (3812/4281 nt) | rhsD | RhsD |
| ? | NC_000913 | 526297 = | 37 (0.100) | coding (3813/4281 nt) | rhsD | RhsD | |||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
GAATTTATATCAGTATCCTTTAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTAC‑G‑GGGGGAGTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGATGCTGCGTTAGATGCTTTGAAAGAAACGC > NC_000913/526204‑526388 | gAATTTATATCAGTATCCTTTAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTAc < 2:1103069/93‑1 (MQ=255) aaTTTATATCAGTATCCTTTAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACg < 1:7246328‑M1/93‑2 (MQ=255) aaTTTATATCAGTATCCTTTAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACg < 2:2318899‑M1/93‑2 (MQ=255) aTTTATATCAGTATCCTTTAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgg < 1:3767845‑M1/93‑3 (MQ=255) tttATATCAGTATCCTTTAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCTGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACggg > 2:10045697‑M1/1‑90 (MQ=255) atatCAGTATCCTTTAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggg > 2:6153115‑M1/1‑87 (MQ=255) atatCAGAATCCTTTAAATCCACTACAACAAATTGACACTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGACAGATATGGAGT‑‑ATGAACgggcgg > 2:5410610‑M1/1‑87 (MQ=255) tatCAGTATCCTTTAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACggggggg > 1:2742903‑M1/1‑86 (MQ=255) ataagtaTCCTTTAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggg < 1:3322485‑M1/90‑9 (MQ=255) tCAGTATCCTTTAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACggggggggg > 2:4466515‑M1/1‑84 (MQ=255) tCAGTATCCTTTAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACggggggggg > 1:5634562‑M1/1‑84 (MQ=255) aGTATCCTTTAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACggggggggggt > 2:8279784‑M1/1‑82 (MQ=255) gTATCCTTTAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggttt > 1:4610235‑M1/1‑81 (MQ=255) tATCCTTTAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttg > 2:2930499‑M1/1‑80 (MQ=255) tATCCTTTAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttg > 2:5936931‑M1/1‑80 (MQ=255) ccTTTAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACggggggggggtttggg > 1:4271510‑M1/1‑77 (MQ=255) cTTTAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggt > 2:3476234‑M1/1‑76 (MQ=255) tttAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtg > 1:4880198‑M1/1‑75 (MQ=255) ttAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgt > 2:1881061‑M1/1‑74 (MQ=255) ttAAATCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgt > 1:9413386‑M1/1‑74 (MQ=255) aaTCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACggggggggggtttgtggtggtt > 2:31205‑M1/1‑71 (MQ=255) aTCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctt > 1:6926885‑M1/1‑70 (MQ=255) aTCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctt < 1:8042597‑M1/93‑24 (MQ=255) tCCACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttcttt > 2:2394923‑M1/1‑69 (MQ=255) ccACAACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTGGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttc < 2:2769824‑M1/93‑26 (MQ=255) cACTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttca < 2:6931091‑M1/93‑27 (MQ=255) cACTACAAAAAATTGCCCTTATGGGTTTATTGCAGACTGGGGATGATGCAAGTTGTGGAGC‑‑AGGTCGGG‑GGGGGGGTTTGTGGTGTTCTTTCa < 2:8368926/93‑1 (MQ=255) aCTACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcac > 1:10025382‑M1/1‑66 (MQ=255) tACAACAAATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTAC‑G‑GGGGGGGTTTGTGGTGTTCTTTCACGta > 2:8729255/1‑93 (MQ=255) caacaaATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtat > 1:9614641‑M1/1‑62 (MQ=255) aacaaATTGACCTTATGGGATTATTGCAGACTTGGTATGATCCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTCCGG‑GGGGGGGTTTGTGGTGTTCTTTCACGtata < 2:7468873/93‑1 (MQ=255) aacaaATTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtata > 1:5107994‑M1/1‑61 (MQ=255) atttGACCGTATGGTATTATTGCGGACGGGGGAGGGGGCCAGATCGGGGGCGGGGGGGG‑G‑GGGGGGGTTTGTGGTGTTCTTTCACGTataata < 1:5787012/91‑1 (MQ=255) aTTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataatagg > 2:8583205‑M1/1‑56 (MQ=255) aTTGACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataatagg > 2:6224891‑M1/1‑56 (MQ=255) atgcccctatgGGATTATTGAAGATTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGA‑‑TTGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataatagga < 2:3813318‑M1/89‑39 (MQ=255) gACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggacc < 1:910205‑M1/93‑41 (MQ=255) gACCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACggggggggggttgtggtgttctttcacgtataataggacc > 2:4542705‑M1/1‑53 (MQ=255) aCCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGCTCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggacca > 1:511718‑M1/1‑52 (MQ=255) aCCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggacca > 1:1808518‑M1/1‑52 (MQ=255) aCCCTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTAC‑G‑GGGGGGGTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCaa > 2:1659131/1‑93 (MQ=255) ccTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaag > 2:8085652‑M1/1‑50 (MQ=255) cTATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagt < 1:9582826‑M1/93‑45 (MQ=255) cTATGGGATTATGGCGGACTTGGGATGATGCAAGATCTGGAGC‑‑ATGTCCgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagt < 1:5876400‑M1/93‑45 (MQ=255) tATGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagta > 2:6717049‑M1/1‑48 (MQ=255) aTGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACGG‑GGGGGAGTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTaa > 1:2310714/1‑93 (MQ=255) tGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaa > 1:398360‑M1/1‑46 (MQ=255) tGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggggttctttcacgtataataggaccaagtaaa > 1:8744976‑M1/1‑46 (MQ=255) tGGGATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggggttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaa > 2:50544‑M1/1‑46 (MQ=255) gggATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaat < 1:6693831‑M1/93‑49 (MQ=255) ggATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatt > 2:4715002‑M1/1‑44 (MQ=255) gATTATTGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaattt > 1:4709139‑M1/1‑43 (MQ=255) tattGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgat > 2:1720033‑M1/1‑40 (MQ=255) tattGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggggttctttcacggataataggaccaagtaaatttgat > 2:3243429‑M1/1‑40 (MQ=255) attGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgata < 2:584701‑M1/93‑55 (MQ=255) attGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgata < 1:2995415‑M1/93‑55 (MQ=255) ttGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatag > 1:4154895‑M1/1‑38 (MQ=255) ttGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttggggtgttttttcacgtataataggagcaagcaaaattgataa > 1:8328495‑M1/1‑38 (MQ=255) tGCAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagt > 1:352896‑M1/1‑37 (MQ=255) gagACTTGGGATGGTGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtac < 1:6171496‑M1/92‑59 (MQ=255) cAGACTTGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtac < 1:6052060‑M1/93‑59 (MQ=255) aGACTGGGGATGATGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtact < 1:7828‑M1/93‑60 (MQ=255) 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gatgatGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtactgcagatgc > 1:4412329‑M1/1‑26 (MQ=255) gatgatGCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtactgcagatgc < 2:644168‑M1/93‑68 (MQ=255) tgatgCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggacccagtaaatttgatagtactgcagatgctg > 1:9953429‑M1/1‑24 (MQ=255) tgatgCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtactgcagatgctg < 1:1185932‑M1/93‑70 (MQ=255) tgatgCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtactgcagatgctg > 2:7253246‑M1/1‑24 (MQ=255) tgctccagatCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtactgcagatgctgc > 2:4780114‑M1/5‑23 (MQ=255) gatgCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtactgcagatgctgc > 1:9243758‑M1/1‑23 (MQ=255) gatgCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTAC‑GAGGGGGGGTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGAtgctgc > 2:9651887/1‑93 (MQ=255) gCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtactgcagatgctgcgtt < 2:9363967‑M1/93‑74 (MQ=255) gCCAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtactgcagatgctgcgtt < 1:3287725‑M1/93‑74 (MQ=255) ccAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtactgcagatgctgcgtta > 2:2670233‑M1/1‑19 (MQ=255) ccAGATCTGGAGC‑‑ATGTAC‑G‑GGGGGGGTTTGTGGTGTTCTTTCACGTATAATAGGACCAAGTAAATTTGATAGTACTGCAGATGCTGCGTTAg > 2:9091626/1‑93 (MQ=255) cAGATTTGGGGG‑‑ATGTGCgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtactgcagatgctgcgttag < 2:4235501‑M1/93‑76 (MQ=255) cAGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtactgcagatgctgcgttag > 1:3118569‑M1/1‑18 (MQ=255) aGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtactgcagatgctgcgttaga < 1:9816112‑M1/93‑77 (MQ=255) aGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtactgcagatgctgcgttaga < 1:549943‑M1/93‑77 (MQ=255) aGATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtactgcagatgctgcgttaga > 2:2590490‑M1/1‑17 (MQ=255) aGATCTGGAGC‑‑ATGTACggggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtactgcagatgctgcgttag > 1:7421638‑M1/1‑17 (MQ=255) aGATCTGGAGC‑‑ATGTACggggggggggtttgtggggttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtactacagatgctgcgttcg > 1:6348164‑M1/1‑17 (MQ=255) gATCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtactgcagatgctgcgttagat > 2:7016683‑M1/1‑16 (MQ=255) tgtggAGC‑‑TTGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtactgcagatgctgcgttagatgc < 2:3692665‑M1/91‑80 (MQ=255) tCTGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtactgcagatgctgcgttagatgc > 2:6069843‑M1/1‑14 (MQ=255) tCTGGAGC‑‑ATGTACggggggggggtttgtggtgttctttcacggataataggaccaagtaaatttgatagtactgcagatgctgcgttagagg > 2:2517976‑M1/1‑14 (MQ=255) tGGAGC‑‑ATGTACgggggggggtttgtggtgttctttcacgtataataggaccaagtaaatttgatagtactgcagatgctgcgttagatgctt > 2:1928004‑M1/1‑12 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |