| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP025268 | = 3743324 | 0 (0.000) | 163 (0.500) | 62/274 | 1.6 | 100% | intergenic (‑100/‑82) | yiaJ/galK | IclR family transcriptional regulator YiaJ/galactokinase |
| ? | NZ_CP025268 | 3744556 = | 0 (0.000) | intergenic (+2/‑99) | galK/yiaK | galactokinase/3‑dehydro‑L‑gulonate 2‑dehydrogenase | |||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
TCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑A‑C‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCCTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCAGGAGGCAGATCATGAGTCTGAAAGAAAAAACACAATCTCTGTTTGCCAACGCATTTGGCTACCCTGCC > NZ_CP025268/3743188‑3743462 | tctcGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCag > 1:3025118‑M1/1‑138 (MQ=255) ttCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgc > 1:4571486‑M1/1‑133 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:4755931‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:3060853‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 1:4558034‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:2080878‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:4897248‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 1:1780205‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:5315727‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTAGA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATAAATCagattgcc < 1:1780237‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCACATCGCTTCTTGCCCCATTTTGTCGCGTCCTGCTGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAAGTTATAGC‑C‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTAATCAATCagattgcc < 2:4756395‑M1/140‑9 (MQ=255) ctctTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcct > 2:2828576‑M1/1‑131 (MQ=255) tttttttCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgt < 1:5145946‑M1/140‑13 (MQ=255) tttttttCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgt > 2:2639960‑M1/1‑128 (MQ=255) tttCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaa < 1:5156644‑M1/140‑17 (MQ=255) tttCACATCACTCCTTTCCCCACTGTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGAAAGATAATTTATA‑A‑CAAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaa < 2:4416029‑M1/140‑17 (MQ=255) cATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtg < 2:2797776‑M1/140‑22 (MQ=255) aTCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGCTGGTAGCGCCAAGTGTGCCGTAGTTCACGCGCTCGACAGATAATTGATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCGTCAATCaaattgccttgttaaaaagtga > 2:446964‑M1/1‑118 (MQ=255) aTCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtga > 1:4984175‑M1/1‑118 (MQ=255) aTCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtga > 1:4288280‑M1/1‑118 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 1:478142‑M1/140‑24 (MQ=255) tCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAATTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatt > 1:212872‑M1/1‑108 (MQ=255) tCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatt > 2:783852‑M1/1‑108 (MQ=255) tCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatt > 1:829050‑M1/1‑108 (MQ=255) tCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatt > 2:4020126‑M1/1‑108 (MQ=255) tCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatt > 1:3658742‑M1/1‑108 (MQ=255) cccATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttg > 1:3400044‑M1/1‑106 (MQ=255) aTTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaa > 2:5041319‑M1/1‑103 (MQ=255) tttGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatc < 2:3263497‑M1/140‑40 (MQ=255) tCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgc > 1:3915693‑M1/1‑92 (MQ=255) tCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgc > 1:3180714‑M1/1‑92 (MQ=255) tCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgc > 1:3180505‑M1/1‑92 (MQ=255) ccTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGCTCTCGACAGTTAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAATTTCGTCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcacgtttcgca < 2:3355400‑M1/140‑50 (MQ=255) ggTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattga < 1:5010842‑M1/140‑56 (MQ=255) aGCGCAAAGTGTTCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaat > 2:5520827‑M1/1‑82 (MQ=255) aGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaat > 1:2450120‑M1/1‑82 (MQ=255) aGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaat > 1:2180657‑M1/1‑82 (MQ=255) gcgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaatt > 2:2582797‑M1/1‑81 (MQ=255) cAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑ACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaatttta < 1:1073472‑M1/140‑63 (MQ=255) 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1:3629870‑M1/125‑118 (MQ=255) tcagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgatcaaaaaaacaaggaagcctgggatgaaagtgacatttgagcagttaaaagcagcctttaat < 1:1996554‑M1/140‑139 (MQ=255) tcagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgatcaaaaaaacaaggaagcctgggatgaaagtgacatttgagcagttaaaagcagcctttaat < 1:2828576‑M1/140‑139 (MQ=255) tcagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgatcaaaaaaacaaggaagcctgggatgaaagtgacatttgagcagttaaaagcagcctttaat < 1:5174134‑M1/140‑139 (MQ=255) | TCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATA‑A‑C‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCCTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCAGGAGGCAGATCATGAGTCTGAAAGAAAAAACACAATCTCTGTTTGCCAACGCATTTGGCTACCCTGCC > NZ_CP025268/3743188‑3743462 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |