| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | 778852 = | 1170 (0.970) | 130 (0.190) +GTAAATACTTTAAAACTAACATTTAAATGAGCTATTTTATAAAAAGGGGCTACAAAGGGGCA |
11/172 | 22.8 | 15.7% | intergenic (+11/+180) | rbsB/ps301 | ribose ABC transporter substrate binding protein RbsB/putative integrase |
| ? | AM406671 | 2063454 = | 1243 (1.030) | intergenic (‑244/+964) | sunL/ps461 | Ribosomal RNA small subunit methyltransferase B/bacteriophage lysin | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1183 total aligned reads displayed.
GCTCAACAACCAGCTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTAAATATTGTCAAATTTCTGCCCC > AM406671/778704‑779000 | acaacaaCCAGCTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAActc < 2:192184/148‑1 (MQ=255) acaacCAGCTAAGATTGGTCAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAACTTCTGCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATAGAAAAAAAAAAAATCTCTGt < 2:5071697/149‑1 (MQ=255) ccAGCTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCt > 1:877627/1‑149 (MQ=255) cAGCTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTa < 2:10337695/149‑1 (MQ=255) gCTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAgg < 1:298103/149‑1 (MQ=255) tAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGt > 2:9866543/1‑149 (MQ=255) tAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGt < 2:3757435/149‑1 (MQ=255) aaGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTa > 1:8500284/1‑149 (MQ=255) aGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAg < 2:7442389/149‑1 (MQ=255) gATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGt < 1:142694/149‑1 (MQ=255) aaaTGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAAtata < 2:4345737/149‑1 (MQ=255) ggCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGAtt > 2:2805195/1‑149 (MQ=255) gCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTa > 2:3576410/1‑149 (MQ=255) tttGCAAGATAGCTATGATGATTACCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCAACAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGATGATGAACAAAAATGTTAAAAAGAAAAAAATATGTAGCTAGGGGAGTTTTATATAGATTact > 2:4791216/1‑147 (MQ=255) aaGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGa < 1:3800268/149‑1 (MQ=255) aGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTTAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGaa < 1:9733107/149‑1 (MQ=255) aGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGaa > 1:7822452/1‑149 (MQ=255) gCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAg > 1:8654380/1‑126 (MQ=255) aCCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGc < 2:468003/149‑1 (MQ=255) aCCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGc > 1:5521895/1‑149 (MQ=255) aCCTATGAATAATATGAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACAAATTTATATTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAATAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGc < 2:4108744/149‑1 (MQ=255) attattATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGtt > 2:848742/1‑149 (MQ=255) attattATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGtt > 2:8183625/1‑149 (MQ=255) attattATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGAGTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGtt > 2:6060982/1‑149 (MQ=255) ttattaTCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGtta < 2:8804978/149‑1 (MQ=255) ttatCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGttatta > 1:9953212/1‑149 (MQ=255) tatCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTaa > 1:6427441/1‑149 (MQ=255) taaaGGAAAGAAAATGTCTCCAGTGATGAAGTCACCAATTTATTTTGCGGATAAAGATAAGGTTGATGAACACTAATAAAAAAATAAAAAAACTCTGTCGCTATGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATGaaaa < 2:7552912/147‑1 (MQ=255) 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gTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTAAATATTGt < 2:10162118/149‑1 (MQ=255) gTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTAAATATTGt > 2:1677885/1‑149 (MQ=255) gTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTAAATATTGt > 2:9390781/1‑149 (MQ=255) gTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATAATAGAATAGCATCTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGACGTATAGTAGATATAATGTTTTTAAAAGATATCAAAAATAAATAAATAttat > 2:8032766/1‑147 (MQ=255) aaaaaaaaaaaaaaCTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTGAAAAGTTATCAAAGATAATTAAATATTGt < 2:6487616/147‑1 (MQ=255) tAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTAAATATTGTc < 1:7536434/149‑1 (MQ=255) aaaGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTAAATATTGTCaaa < 1:569091/149‑1 (MQ=255) aaGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGGTTAGTAGCTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAATATAATTAAATATTGTCAAAt > 1:1055217/1‑149 (MQ=255) aaaaaaCTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTAAATATTGTCAAAtttc < 1:7421112/149‑1 (MQ=255) aaaaaaCTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTAAATATTGTCAAAtttc > 2:2442116/1‑149 (MQ=255) aaaaaCTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTAAATATTGTCAAAtttct < 1:1880066/149‑1 (MQ=255) aCTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTAAATATTGTCAAAtttctgccc > 1:493186/1‑149 (MQ=255) | GCTCAACAACCAGCTAAGATTGGTGAAATGGCTTTGCAAGCTACCTATGATTATTATCAAGGAAAGAAAATTTCTTCAGTGATTAATTCACCAATTTATCTTGTGGATAAAGATAATGTTGATGAACACAAATGGTAAAAAGAAAAAACTCTGTCGCTAGGGTAGTTTAATATAGATTATCATAGAATAGCTTTTGTTATTAAAAGTTATCAAAAGCTAGGTAAATAAAGGTGTTTAGTAGTTATGGTGTTTTTAAAAGTTATCAAAGATAATTAAATATTGTCAAATTTCTGCCCC > AM406671/778704‑779000 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |