| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | 778852 = | 1170 (0.970) | 130 (0.190) +GTAAATACTTTAAAACTAACATTTAAATGAGCTATTTTATAAAAAGGGGCTACAAAGGGGCA |
11/172 | 22.8 | 15.7% | intergenic (+11/+180) | rbsB/ps301 | ribose ABC transporter substrate binding protein RbsB/putative integrase |
| ? | AM406671 | 2063454 = | 1243 (1.030) | intergenic (‑244/+964) | sunL/ps461 | Ribosomal RNA small subunit methyltransferase B/bacteriophage lysin | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1254 total aligned reads displayed.
TATGAGTTACATCTAAAACGTAACTAAAAACGTAACTAATTTTTGTCGGGCAAGAGGCTGTATATCTAAGATATACAGTTTTTTTATTTTAATTAACGTAACTAAAAAACTCCTTTTGGGAGTTTCTACTATTATGTATACATTTTATTTATGGTTCTTGCTGGACTCGAACCAGCGACCGAACGGTTAGCTACCAACTGAGCTAAAGAACCAAAATATGACAATCTGCAGCACATATCTTGGTTATTATATTAGATATATGTGGACGGAACTGCAGATTAACAAAGATACTGTAAA > AM406671/2063306‑2063602 | aTGAGTTACATCTAAAACGTAACTAAAAACGTAACTAATTTTTGTCGGGCAAGAGGCTGTATATCTAAGATATACAGTTTTTTTATTTTAATTAACGTAACTAAAAAACTCCTTTTGGGAGTTTCTACTATTATGTATACATtttattt < 1:2455830/149‑1 (MQ=255) tGAGTTACATCTAAAACGTAACTAAAAACGTAACTAATTTTTGTCGGGCAAGAGGCTGTATATCTAAGATATACAGTTTTTTTATTTTAATTAACGTAACTAAAAAACTCCTTTTGGGAGTTTCTACTAGTATGTGTACATtttattta > 1:5124991/1‑149 (MQ=255) gTTACATCTAAAACGTAACTAAAAACGTAACTAATTTTTGTCGTTCAAGAGGCTGTATATCTAAGATATACAGTTTTTTTATTTTAATTTACGTAACTAATAAACTTCTTTTGGGTGTTTCTACTATTATGTATACATTTTATTTATgg > 2:9537715/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |