New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AM406671 | 2086138 = | NA (NA) | 1402 (1.160) | 283/296 | 0.0 | 95.2% | intergenic (‑41/+48) | ps442/tnp905 | putative terminase large subunit/pseudogene |
? | AM406671 | = 2090433 | 70 (0.060) | coding (31/309 nt) | ps435 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica |
Only 100 of 1257 total aligned reads displayed.
TATGGCTAACATATAAGTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTCAAACAAAGTAA > AM406671/2085990‑2086280 | ggCTAACATATAAGTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCTACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATa > 1:4287041/1‑149 (MQ=255) ggCTAACATATAAGTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATa < 1:9608817/149‑1 (MQ=255) gCTAACATATAAGTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATAc < 2:9027195/149‑1 (MQ=255) 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atatAAGTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCaa < 2:9433646/149‑1 (MQ=255) aagtaAGTTTCCCCATTACCGCCTCCTACAGAAATAATTTCGCGACTCATACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCACCCTAGTAGTAGAGACAACAGAAATTTCTGCCACTCCCTTCATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTcta < 2:4066518/146‑3 (MQ=255) ataAGTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCaata > 1:9078106/1‑149 (MQ=255) taAGTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATATTAGATACTGTCaataa > 1:4885129/1‑149 (MQ=255) aaGTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCaataat < 2:3645886/149‑1 (MQ=255) aaGTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCaataat > 2:2356883/1‑149 (MQ=255) aaGTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCaataat < 1:1244210/149‑1 (MQ=255) ttttCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTAt < 2:641810/149‑1 (MQ=255) tttCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTAtg > 1:5488136/1‑149 (MQ=255) ttCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTAtgt > 1:3476363/1‑149 (MQ=255) 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gcgTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCa < 1:1762296/149‑1 (MQ=255) tCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGt < 1:849679/149‑1 (MQ=255) tCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGt < 2:2486237/149‑1 (MQ=255) tCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGt > 2:8197207/1‑149 (MQ=255) tACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTaga > 2:3102056/1‑149 (MQ=255) 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tGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCt > 1:9745710/1‑149 (MQ=255) tGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCt < 1:230623/149‑1 (MQ=255) ccACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTg > 1:7812294/1‑149 (MQ=255) aCTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGaa > 2:9150972/1‑149 (MQ=255) ccATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAAtt < 2:4413890/149‑1 (MQ=255) ccATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAAtt > 1:1627449/1‑149 (MQ=255) ccATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAAtt < 1:1448167/149‑1 (MQ=255) cATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATta > 2:9788595/1‑149 (MQ=255) cATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATta > 1:325956/1‑149 (MQ=255) tAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATaa > 2:3869209/1‑149 (MQ=255) tAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTc < 2:9602388/149‑1 (MQ=39) ttGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTcaaa > 1:5652090/1‑149 (MQ=37) tCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTCAAACAAAg < 2:1872427/149‑1 (MQ=32) tCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTCAAACAAAg < 1:9956354/149‑1 (MQ=32) tCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATGATAATCTTCAAACAAAg > 2:2634692/1‑149 (MQ=17) ccATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTCAAACAAAGt < 2:7143687/149‑1 (MQ=32) ccATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTCAAACAAAGt > 1:3082853/1‑149 (MQ=32) | TATGGCTAACATATAAGTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTCAAACAAAGTAA > AM406671/2085990‑2086280 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |