| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | AM406671 | 2086138 = | NA (NA) | 1402 (1.160) | 283/296 | 0.0 | 95.2% | intergenic (‑41/+48) | ps442/tnp905 | putative terminase large subunit/pseudogene |
| ? | AM406671 | = 2090433 | 70 (0.060) | coding (31/309 nt) | ps435 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica | |||||
Only 100 of 2896 total aligned reads displayed.
TTTTCAATAACTTCAGGATTAAACGTAAAAGCCCAATCATATCTTGGCTTATATAAAACCTTAAATTTATAATGGCTATCAACAGTATTCTTTAACTTATAAAGTTCATCTCTAAACTTATCATTTGCCTTTTGCAAGTCGTTAATTCGATATTCTAACTTTTTATATCTATTAAACATTCTATTCAACCTCAACTTTCTTAAATTCCACTATTTTTAATCCTCTACTTAATTCATCATCAAAAACAACTCCGTTTTCCAAATATCTCAAAGCATCTTCGAAAGTACATTCCTTCGT > AM406671/2090285‑2090581 | tttCAATAACTTCAGGATTAAACGTAAAAGCCCAATCATATCTTGGCTTATATAAAACCTTAAATTTATAATGGCTATCAACAGTATTCTTTAACTTATAAAGTTCATCTCTAAACTTATCATTTGCCTTTTGCAAGTCGTTAATTCGg < 1:9806525‑M2/149‑2 (MQ=255) atcttgcttttgggctaggaagttaagtagttctgtggtaaactgagtcataggaataaatctctttctagtaatgtttcgcaactctactataacggatttattcctttttgtgtttacacaacttattttacactaccTTAATTCGa > 1:4272555‑M2/141‑149 (MQ=255) tcttgcttttgggctaggaagttaagtagttctgtggtaaactgagtcataggaataaatctctttctagtaatgtttcgcaactctactataacggatttattcctttttgtgtttacacaacttattttacactaccTTAATTCGat < 1:3318278‑M2/10‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |