New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AM406671 | 495877 = | 124 (0.110) | 19 (0.020) +AAAAAAAAAAAAAAA |
19/266 | 23.8 | 14.6% | intergenic (+77/‑32) | llmg_0504/nifZ | putative membrane protein/pyridoxal‑phosphate dependent aminotransferase |
? | AM406671 | 988634 = | NA (NA) | intergenic (‑25/+49) | llmg_1021/tnp905 | putative membrane protein/pseudogene | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
ATGTAAACTTGAAGGGTTTCCCATAATTTTTGTTGCTACATCTGTATAAGTTCGTAAAACCATTGGATTAACTGCCGTCGTAGCAGAATTATCAAAATATATCATTTTTTATCCTTAATATTTAAAAATCAATCTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM406671/496013‑495877 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTCAAACAAAGT > AM406671/988634‑988775 ||||||||||||||| ATGTAAACTTGAAGGGTTTCCCATAATTTTTGTTGCTACATCTGTATAAGTTCGTAAAAACATTAGATTAACTGCCGTAGTAGCAGAATTATCAAAATATATCATTTTTTATACTTAATATTTAAAAATCAATCTTAAAAAAAAAAAAA < 2:9379779/149‑1 aGTAAACTTGAAGTGTTTCCCATAATTTTTGTTGCTACATCTGTATAAGTTCGTAAAAACATTGGATTAACTGCCGTCGTAGCAAAATTATCAAAATATATCATTTTTTATCCTTAATATTTAAAAATCAATCTTATAAAAAAAAAAAA < 2:3178840/148‑1 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2:1092321/149‑1 TTTGTTGCTACATCTGTATAAGTTCGTAAAACCATTGGATTAACTGCCGTCGTAGCAGAATTATCAAAATATATCATTTTTTATCATTAATATTTAAAAATCAATCTTAAATTAAAAAAAAAAATGATACTGTCAATAATTATGTGTAA < 2:7985498/149‑1 TGTTTCTACATCTATATAAGTTCAAAAAACCATTGGATTAAATGACGTAGTAGCAGAATTATCAAAATATATCATTTTTTATCCTTAATATTTAAAAATCAATCTTATTATAAAAAAAAAAATGATACTGTCAATAATTATGTGTAAAC < 2:7199668/149‑1 TTGCTACATCTGTATAAGTTCGTAAAACCATTGGATTAACTGCCGTCGTAGCAGAATTATCAAAATATATCATTTTTTATCCTTAATATTTAAAAATCAATCTTAAAAAAAAAAAAAAAATGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACAC < 2:7228006/149‑1 ACATCTGTATAAGTTCGTAAAACCATTGGATTAACTGCCGTCGTAGCAGAATTATCAAAATATATCATTTTTTATCCTTAATATTTAAAAATCAATCTTATTATAAAAAAAAAAATGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAG < 2:2661997/149‑1 TCTGTATAAGTTCGTAAAACCATTGGATTAACTGCCGTCGTAGCAGAATTATCAAAATATATCATTTTTTATCCTTAATATTTAAAAATCAATCTTAAAAAAAAAAAAAAAATGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAG < 2:7857482/149‑1 GTATAAGTTCGTAAAACCATTGGATTAACTGCCGTCGTAGCAGAATTATCAAAATATATCATTTTTTATCCTTAATATTTAAAAATCAATCTTAAAAAAAAAAAAAAAATGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGT < 2:6868993/149‑1 TAAGTTCGTAAAACCATTGGATTAACTGCCGTCGTAGCAAAATTATCAAAATATATCATTTTTTATCCTTAATATTTAAAAATCAATTTTAAAAAAAAAAAAAAAATGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGA < 2:6186595/149‑1 GTTCGTAAAACCATTGGATTAACTGCCGTCGTAGCAGAATTATCAAAATATATCATTTTTTATCCTTAATATTTAAAAATCAATCTTAAAATAAAAAAAAAAATGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGA < 2:4933201/149‑1 TCGTAAAACCATTGGATTAACTGCCGTCGTAGCAGAATTATCAAAATATATCATTTTTTATCCTTAATATTTAAAAATCAATCTTAAATAAAAAAAAAAAATGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAAT < 2:6296040/149‑1 CATTAGATTAACTGCCGTCGTAGCAGAATTATCAAAATATATCATTTTTTATCCTTAATATTTAAAAATCAATCTTATAATAAAAAAAAAAATGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAA < 2:7632524/149‑1 GGATTAACTGCCGTCGTAGCAGAATTATCAAAATATATCATTTTTTATCCTTAATATTTAAAAATCAATCTTATAAAAAAAAAAAAAATGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAA < 2:6632296/149‑1 ATTAACTGCCGGCGTAGCAGAATTATCAAAATATATCATTTTTTATCATTAATATTTAAAAATCAATCTTATTAAAAAAAAAAAAATGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGC < 2:5430119/149‑1 TTTATTATCCTTAATATTTAAAAATCAATCTTAAAATAAAAAAAAAAATGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGG < 2:48262/149‑1 TATTTAAAAATCAATCTTAAAATAAAACAAAAAATGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTG < 2:5653527/149‑1 ataatatAAAAAAAAATGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTC < 2:3232028/142‑1 AAAAAAATGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCACGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTCAAACAAAGT < 2:7911367/149‑1 ||||||||||||||| ATGTAAACTTGAAGGGTTTCCCATAATTTTTGTTGCTACATCTGTATAAGTTCGTAAAACCATTGGATTAACTGCCGTCGTAGCAGAATTATCAAAATATATCATTTTTTATCCTTAATATTTAAAAATCAATCTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM406671/496013‑495877 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTCAAACAAAGT > AM406671/988634‑988775 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |