| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | 495877 = | 124 (0.110) | 19 (0.020) +AAAAAAAAAAAAAAA |
19/266 | 23.8 | 14.6% | intergenic (+77/‑32) | llmg_0504/nifZ | putative membrane protein/pyridoxal‑phosphate dependent aminotransferase |
| ? | AM406671 | 988634 = | NA (NA) | intergenic (‑25/+49) | llmg_1021/tnp905 | putative membrane protein/pseudogene | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1158 total aligned reads displayed.
TTTATTTTGGTTTATATTTATTCGATGATTAGAAATCGGCAGATTGTCAAAAAATTTAATAAAGAGAGCTGAGTTTTCTTATAATAGATGCTCTTGATATTTACTCCTTATATTATTTTTCAACGCTCAGACATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTAAGGATAAAAAATGATATATTTTGATAATTCTGCTACGACGGCAGTTAATCCAATGGTTTTACGAACTTATACAGATGTAGCAACAAAAATTATGGGAAACCCTTCAAGTTTACATGGCTTGGGAACG > AM406671/495729‑496025 | gaagattataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAAt < 2:3865029‑M1/18‑1 (MQ=255) aagattataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATa < 1:9465730‑M1/19‑1 (MQ=255) gattataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAg > 1:720495‑M1/129‑149 (MQ=255) attataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAga > 2:3243053‑M1/128‑149 (MQ=255) attataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAga < 1:4443829‑M1/22‑1 (MQ=255) ataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAgattg < 2:3030801‑M1/25‑1 (MQ=255) taatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAgattga < 1:2949719‑M1/26‑1 (MQ=255) aatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAgattgat < 2:3563106‑M1/27‑1 (MQ=255) 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tcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGAttttt < 1:2282202‑M1/31‑1 (MQ=255) tcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGAttttt < 1:4168278‑M1/31‑1 (MQ=255) caaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAata > 1:4355206‑M1/114‑149 (MQ=255) aagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAATAtt > 1:9346122‑M1/112‑149 (MQ=255) gtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTTATAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTaa < 2:7481897‑M1/40‑1 (MQ=255) gtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTaa < 1:4671483‑M1/40‑1 (MQ=255) caacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTAAgg > 2:2486503‑M1/108‑149 (MQ=255) caacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTAAgg < 1:8292381‑M1/42‑1 (MQ=255) aacgcatccataaaggttttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTAAGGa > 1:6449070‑M1/107‑149 (MQ=255) aacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTAAGGa > 2:4768093‑M1/107‑149 (MQ=255) 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aTAAGATTGATTTTTAAATATTAAGGATAAAAAATGATATATTTTGATAATTCTGCTACGACGGCAGTTAATCCAATGGTTTTACGAACTTATACAGATGTAGCAACAAAAATTATGGGAAACCCTTCAAGTTTACATGGCTTGGGAAc > 1:3455470/1‑149 (MQ=255) aTAAGATTGATTTTTAAATATTAAGGATAAAAAATGATATATTTTGATAATTCTGCTACGACGGCAGTTAATCCAATGGTTTTACGAACTTATACAGATGTAGCAACAAAAATTATGGGAAACCCTTCAAGTTTACATGGCTTGGGAAc < 1:1123379/149‑1 (MQ=255) | TTTATTTTGGTTTATATTTATTCGATGATTAGAAATCGGCAGATTGTCAAAAAATTTAATAAAGAGAGCTGAGTTTTCTTATAATAGATGCTCTTGATATTTACTCCTTATATTATTTTTCAACGCTCAGACATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTAAGGATAAAAAATGATATATTTTGATAATTCTGCTACGACGGCAGTTAATCCAATGGTTTTACGAACTTATACAGATGTAGCAACAAAAATTATGGGAAACCCTTCAAGTTTACATGGCTTGGGAACG > AM406671/495729‑496025 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |