| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | 2086138 = | NA (NA) | 1313 (1.180) | 288/296 | 0.0 | 95.3% | intergenic (‑41/+48) | ps442/tnp905 | putative terminase large subunit/pseudogene |
| ? | AM406671 | = 2090433 | 64 (0.060) | coding (31/309 nt) | ps435 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica | |||||
Only 100 of 1313 total aligned reads displayed.
CTTAGTTACTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM406671/2086285‑2086138‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTATTGAAA < AM406671/2090433‑2090286 CTTAGTTACTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCC < 1:7282810/149‑1 TTAGTTACTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCCG > 2:6084271/1‑149 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1:4433280/149‑1 TGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACGAC < 1:2334635/149‑1 TTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTT < 2:5866746/149‑1 TGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGAGACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGC > 1:5635691/1‑149 AGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAA > 2:7050616/1‑149 AGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAA < 2:2220891/149‑1 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2:5104951/149‑1 TACACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACG > 1:7939179/1‑149 ACATAATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTT > 2:1094848/1‑149 ATAATTATTTACAGAATCCGCAATAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATTAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAAGTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTca < 2:5510504/149‑3 AATTATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATC > 2:8676305/1‑149 TATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTG > 1:1389957/1‑149 TATTGACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTG < 2:1865006/149‑1 GACAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGT < 1:9439566/149‑1 CAGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTA < 1:8506715/149‑1 AGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTAT < 1:5800728/149‑1 AGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTAT > 1:7552522/1‑149 AGTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTAT > 1:1272229/1‑149 GTATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCGAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTATT > 1:6904003/1‑149 ATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTATTGA < 1:4571268/149‑1 ATCCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTATTGA < 1:9121670/149‑1 CCGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTATTGAAA < 1:4028652/149‑1 CTTAGTTACTTTGTTTGAAGATTATAATTTCAAGCAAAGTCAACGCATCCATAAAGGGTTTGGCCAATGTGCTGACACACTTGAAAGCTTATTTGATTAATATTCTTCAACTCTACTTGAGTGTTTACACATAATTATTGACAGTATC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM406671/2086285‑2086138‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGAATTAACGACTTGCAAAAGGCAAATGATAAGTTTAGAGATGAACTTTATAAGTTAAAGAATACTGTTGATAGCCATTATAAATTTAAGGTTTTATATAAGCCAAGATATGATTGGGCTTTTACGTTTAATCCTGAAGTTATTGAAA < AM406671/2090433‑2090286 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |