New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AM406671 | 2086138 = | NA (NA) | 1313 (1.180) | 288/296 | 0.0 | 95.3% | intergenic (‑41/+48) | ps442/tnp905 | putative terminase large subunit/pseudogene |
? | AM406671 | = 2090433 | 64 (0.060) | coding (31/309 nt) | ps435 | hypothetical protein predicted by Glimmer/Critica |
Only 100 of 1195 total aligned reads displayed.
TATGGCTAACATATAAGTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTCAAACAAAGTAA > AM406671/2085990‑2086280 | tatGGCTAACATATAAGTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGAAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCAtagtag < 1:6441918/149‑1 (MQ=255) atGGCTAACATATAAGTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGa > 2:6312159/1‑149 (MQ=255) atGGCTAACATATAAGTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGa > 2:6998710/1‑149 (MQ=255) tGGCTAACATATAAGTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGAt < 1:8006858/149‑1 (MQ=255) tAACATATAAGTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTg > 1:1973274/1‑149 (MQ=255) aaCATATAAGTGTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGt < 1:1561715/149‑1 (MQ=255) aCATATAAGTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTc > 1:4080101/1‑149 (MQ=255) atatAAGTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCaa > 1:5585816/1‑149 (MQ=255) ataAGTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCaata < 2:8020656/149‑1 (MQ=255) ataAGTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCaata < 2:9379437/149‑1 (MQ=255) aGTTCTCCCTGGACCTCGTCCTCCCCAAATACTTGCGAGACTGAACCGTTCTCCGCCTTCTTTATTCCGCCGCCCTGTTCGTAGTGACCACATCAAGTTCGGCCACTCCGCTGGTTTAGTTGCTTCCATAGTAGATACTGTCAATCAtt < 2:2394857/149‑1 (MQ=255) gTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTa < 1:4428547/149‑1 (MQ=255) ttttCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCAATAGTAGATACTGTCAATAATTAt < 1:9342546/149‑1 (MQ=255) tttCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTAtg < 2:5827250/149‑1 (MQ=255) ttCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTAtgt > 1:6820839/1‑149 (MQ=255) tCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTAtgtg < 2:8647110/149‑1 (MQ=255) tCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATGCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTAtgtg < 1:5233389/149‑1 (MQ=255) ccTTGACCGCGTCCTACAGAAGTAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTa < 2:5650814/149‑1 (MQ=255) 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aCCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAacac > 2:1309451/1‑149 (MQ=255) ccGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACt < 1:7078328/149‑1 (MQ=255) ccGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACt < 1:2696291/149‑1 (MQ=255) gcgTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTc > 1:4854937/1‑148 (MQ=255) gcgTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCa < 1:508552/149‑1 (MQ=255) 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aaTTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGAc < 1:1868136/149‑1 (MQ=255) aaTTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACANTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGAc < 1:5355828/149‑1 (MQ=255) aTTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACt > 1:6711138/1‑149 (MQ=255) tCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTg > 2:7754333/1‑149 (MQ=255) tGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCt < 2:7243175/149‑1 (MQ=255) ccACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTg < 1:8832529/149‑1 (MQ=255) cACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGa < 2:7613031/149‑1 (MQ=255) cACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGa < 2:8437339/149‑1 (MQ=255) ccATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAAtt > 1:7630924/1‑149 (MQ=255) cATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATta > 2:4360875/1‑149 (MQ=255) aTTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATc < 2:5444843/149‑1 (MQ=255) tAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTc > 2:784968/1‑149 (MQ=39) tAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTc < 1:9241851/149‑1 (MQ=39) tGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTcaaac > 2:1798280/1‑149 (MQ=35) ttCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTcaaacaaa > 1:3638146/1‑149 (MQ=33) ttCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTcaaacaaa > 1:2597298/1‑149 (MQ=33) ccATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTCAAACAAAGt < 2:3107199/149‑1 (MQ=32) cATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTCAAACAAAGTa < 1:1194003/149‑1 (MQ=31) cATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTCAAACAAAGTa < 1:3898487/149‑1 (MQ=31) aTAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTCAAACAAAGTaa < 2:5316077/149‑1 (MQ=11) aTAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTCAAACAAAGTaa > 2:1482852/1‑149 (MQ=11) aTAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTCAAACAAAGTaa < 1:1010666/149‑1 (MQ=11) | TATGGCTAACATATAAGTTTTCCCTTGACCGCGTCCTACAGAAATAATTGCGCGACTGAAACGTTTTCCACCTTCTTTATTCCTCCAACCTATTAGTAGAGACAACATAAATTTCTGCCACTCCATTAATTTAGTTGGTTCCATAGTAGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTCAAACAAAGTAA > AM406671/2085990‑2086280 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |