| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | 495860 = | 67 (0.060) | 1195 (1.080) | 275/294 | 0.1 | 94.7% | intergenic (+60/‑49) | llmg_0504/nifZ | putative membrane protein/pyridoxal‑phosphate dependent aminotransferase |
| ? | AM406671 | 548108 = | NA (NA) | intergenic (+264/+47) | llmg_0553/tnp905 | conserved hypothetical protein/transposase for insertion sequence element IS905B | |||||
Only 100 of 2561 total aligned reads displayed.
TGACCTGGCTTCTTATTTTTATTTTGGTTTATATTTATTCGATGATTAGAAATCGGCAGATTGTCAAAAAATTTAATAAAGAGAGCTGAGTTTTCTTATAATAGATGCTCTTGATATTTACTCCTTATATTATTTTTCAACGCTCAGACATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTAAGGATAAAAAATGATATATTTTGATAATTCTGCTACGACGGCAGTTAATCCAATGGTTTTACGAACTTATACAGATGTAGCAACAAAAATTATGGGAAACCCTTCAAGTT > AM406671/495712‑496008 | acttagttactttgtttgaagattataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatc > 2:8632719‑M1/149‑149 (MQ=255)acttagttactttgtttgaagattataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatc < 2:2216181‑M1/1‑1 (MQ=255)acttagttactttgtttgaagattataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatc > 2:5671359‑M1/149‑149 (MQ=255)acttagttactttgtttgaagattataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatc > 2:3149782‑M1/149‑149 (MQ=255)acttagttactttgtttgaagattataatttcaagcaaagtcaacgcatccacaaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatc < 2:5479261‑M1/1‑1 (MQ=255) cttagttactttgtttgaagattataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCa > 1:7853125‑M1/148‑149 (MQ=255) tagttactttgtttgaagattataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCAtt > 1:1879053‑M1/146‑149 (MQ=255) gttactttgtttgaagattataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCAtttt < 2:3340337‑M1/6‑1 (MQ=255) 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ttataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAgat > 1:9401434‑M1/127‑149 (MQ=255) ggTTTATATTTATTCGATGATTAGAAATCGGCAGATTGTCAAAAAATTTAATAAAGAGAGCTGAGTTTTCTTATAATAGATGCTCTTGATATTTACTCCTTATATTATTTTTCAACGCTCAGACATTTTTTGggtagtgtaaaataagt < 1:1007367‑M1/149‑18 (MQ=255) tataTTTATTCGATGATTAGAAATCGGCAGATTGTCAAAAAATTTAATAAAGAGAGCTGAGTTTTCTTATAATATATGCTCTTGATATTTACTCCTTATATTATTTTTCAACGCTCAGACATTTTTTGggtagtgtaaaataagttgtg < 1:6087900‑M1/149‑22 (MQ=255) tataTTTATTCGATGATTAGAAATCGGCAGATTGTCAAAAAATTTAATAAAGAGAGCTGAGTTTTCTTATAATAGATGCTCTTGATATTTACTCCTTATATTATTTTTCAACGCTCAGACATTTTTTGggtagtgtaaaataagttgtg > 2:7809412‑M1/1‑128 (MQ=255) tatttattCGATGATTAGAAATCGGCAGATTGTCAAAAAATTTAATAAAGAGAGCTGAGTTTTCTTATAATAGATGCTCTTGATATTTACTCCTTATATTATTTTTCAACGCTCAGACATTTTTTGggtagtgtaaaataagttgtgta > 2:7123811‑M1/1‑126 (MQ=255) 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aagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAATAtt > 1:9090537‑M1/112‑149 (MQ=255) aagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAATAtt < 2:205053‑M1/38‑1 (MQ=255) tCGATGATTAGAAATCGGCAGATTGTCAAAAAATTTAATAAAGAGAGCTGAGTTTTCTTATAATAGATGCTCTTGATATTTACTCCTTATATTATTTTTCAACGCTCAGACATTTTTTGggtagtgtaaaataagttgtgtaaacacaa > 1:204060‑M1/1‑119 (MQ=255) agtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTa > 2:2361151‑M1/111‑149 (MQ=255) gtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTaa > 1:3293281‑M1/110‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |