New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AM406671 | 495860 = | 67 (0.060) | 1195 (1.080) | 275/294 | 0.1 | 94.7% | intergenic (+60/‑49) | llmg_0504/nifZ | putative membrane protein/pyridoxal‑phosphate dependent aminotransferase |
? | AM406671 | 548108 = | NA (NA) | intergenic (+264/+47) | llmg_0553/tnp905 | conserved hypothetical protein/transposase for insertion sequence element IS905B |
Only 100 of 1155 total aligned reads displayed.
TCCTCCAGAATAGCAAGCCAGATATTCTTTGTGAATGGGAGAATTTTTGATAAATCTAATAAACTGAAAGAGGAGTAAAAATATAAATGAAATATGATATAATTTATATTGTATTTTTATTTATCCTTTATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTCAAACAAAGTAA > AM406671/547960‑548249 | cctccAGAATAGCAAGCCAGATATTCTTTGTGAATGGGAGAATTTTTGATAAATCTAATAAACTGAAAGAGGAGTAAAAATATAAATGAAATATGATATAATTTATATTGTATTTTTATTTATCCTTTATCTTTAAGGAAGAAAAGGAt > 2:7921458/1‑149 (MQ=255) cctccAGAATAGCAAGCCAGATATTCTTTGTGAATGGGAGAATTTTTGATAAATCTAATAAACTGAAAGAGGAGTAAAAATATAAATGAAATATGATATAATTTATATTGTATTTTTATTTATCCTTTATCTTTAAGGAAGAAAAGGAt < 1:4053914/149‑1 (MQ=255) ctccAGAATAGCAAGCCAGATATTCTTTGTGAATGGGAGAATTTTTGATAAATCTAATAAACTGAAAGAGGAGTAAAAATATAAATGAAATATGATATAATTTATATTGTATTTTTATTTATCCTTTATCTTTAAGGAAGAAAAGGATa < 2:9167051/149‑1 (MQ=255) cAGAATAGCAAGCCAGATATTCTTTGTGAATGGGAGAATTTTTGATAAATCTAATAAACTGAAAGAGGAGTAAAAATATAAATGAAATATGATATAATTTATATTGTATTTTTATTTATCCTTTATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTg < 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gCAAGCCAGATATTCTTTGTGAATGGGAGAATTTTTGATAAATCTAATAAACTGAAAGAGGAGTAAAAATATAAATGAAATATGATATAATTTATATTGTATTTTTATTTATCCTTTATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCaataa > 2:8667198/1‑149 (MQ=255) aaGCCAGATATTCTTTGTGAATGGGAGAATTTTTGATAAATCTAATAAACTGAAAGAGGAGTAAAAATATAAATGAAATATGATATAATTTATATTGTATTTTTATTTATCCTTTATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAAtt < 1:2081809/149‑1 (MQ=255) aGCCAGATATTCTTTGTGAATGGGAGAATTTTTGATAAATCTAATAAACTGAAAGAGGAGTAAAAATATAAATGAAATATGATATAATTTATATTGTATTTTTATTTATCCTTTATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTa < 1:9568256/149‑1 (MQ=255) gCCAGATATTCTTTGTGAATGGGAGAATTTTTGATAAATCTAATAAACTGAAAGAGGAGTAAAAATATAAATGAAATATGATATAATTTATATTGTATTTTTATTTATCCTTTATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTAt < 1:7121346/149‑1 (MQ=255) aGATATTCTTTGTGAATGGGAGAATTTTTGATAAATCTAATAAACTGAAAGAGGAGTAAAAATATAAATGAAATATGATATAATTTATATTGTATTTTTATTTATCCTTTATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTAtgtg > 1:8653423/1‑149 (MQ=255) gATATTCTTTGTGAATGGGAGAATTTTTGATAAATCTAATAAACTGAAAGAGGAGTAAAAATATAAATGAAATATGATATAATTTATATTGTATTTTTATTTATCCTTTATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATgtgt < 1:2463897/149‑1 (MQ=255) atatTCTTTGTGAATGGGAGAATTTTTGATAAATCTAATAAACTGAAAGAGGAGTAAAAATATAAATGAAATATGATATAATTTATATTGTATTTTTATTTATCCTTTATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTa > 1:845817/1‑149 (MQ=255) atatTCTTTGTGAATGGGAGAATTTTTGATAAATCTAATAAACTGAAAGAGGAGTAAAAATATAAATGAAATATGATATAATTTATATTGTATTTTTATTTATCCTTTATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTa < 1:1354974/149‑1 (MQ=255) tatTCTTTGTGAATGGGAGAATTTTTGATAAATCTAATAAACTGAAAGAGGAGTAAAAATATAAATGAAATATGATATAATTTATATTGTATTTTTATTTATCCTTTATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTaa < 2:4414398/149‑1 (MQ=255) atTCTTTGTGAATGGGAGAATTTTTGATAAATCTAATAAACTGAAAGAGGAGTAAAAATATAAATGAAATATGATATAATTTATATTGTATTTTTATTTATCCTTTATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTaaa > 1:6730064/1‑149 (MQ=255) 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atttatCCTTTATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGaa < 2:3806005/149‑1 (MQ=255) tatCCTTTATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAAtt > 1:3597395/1‑149 (MQ=255) atCCTTTATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATta > 2:630402/1‑149 (MQ=255) atCCTTCATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATta < 1:3904232/149‑1 (MQ=255) acccTTTATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATCATCTGTAAACACTCAAGTACCGTTGAAGAATAGTAATCAAATATGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATta < 2:6944911/147‑1 (MQ=14) tCCTTTATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATtat > 1:3293063/1‑149 (MQ=255) cTTTATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTAAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATaa > 2:728930/1‑149 (MQ=255) ttATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACGCTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATc < 2:4077653/149‑1 (MQ=255) ttATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATc < 1:6112343/149‑1 (MQ=255) ttATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATc < 2:9328158/149‑1 (MQ=255) aTCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTGAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTTAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTGTGCTTGAAATTATAATCtt > 2:4670123/1‑149 (MQ=255) aTCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCtt < 1:3716476/149‑1 (MQ=40) tCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTc < 2:1662952/149‑1 (MQ=39) tCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTAAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTc > 2:3443474/1‑149 (MQ=255) ttAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGTAATTATAATCTTcaaa > 1:435255/1‑149 (MQ=37) ttAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTcaaa > 1:9438686/1‑149 (MQ=37) aaGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTcaaaca < 2:2093834/149‑1 (MQ=35) aaGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTcaaaca > 1:1852625/1‑149 (MQ=35) aGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTcaaacaa < 2:6775781/149‑1 (MQ=34) aagaaAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTCAAACAAAGt > 2:5691762/1‑149 (MQ=32) gaaAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGTACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTCAAACAAAGTaa < 2:6097459/149‑1 (MQ=11) | TCCTCCAGAATAGCAAGCCAGATATTCTTTGTGAATGGGAGAATTTTTGATAAATCTAATAAACTGAAAGAGGAGTAAAAATATAAATGAAATATGATATAATTTATATTGTATTTTTATTTATCCTTTATCTTTAAGGAAGAAAAGGATACTGTCAATAATTATGTGTAAACACTCAAGTAGAGTTGAAGAATATTAATCAAATAAGCTTTCAAGTGTGTCAGCACATTGGCCAAACCCTTTATGGATGCGTTGACTTTGCTTGAAATTATAATCTTCAAACAAAGTAA > AM406671/547960‑548249 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |