| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | = 495868 | 56 (0.050) | 1208 (1.090) | 284/296 | 0.0 | 95.6% | intergenic (+68/‑41) | llmg_0504/nifZ | putative membrane protein/pyridoxal‑phosphate dependent aminotransferase |
| ? | AM406671 | = 549419 | NA (NA) | intergenic (‑89/‑298) | tnp905/tdk | transposase for insertion sequence element IS905B/Tdk protein | |||||
Only 100 of 2377 total aligned reads displayed.
CTTCTTATTTTTATTTTGGTTTATATTTATTCGATGATTAGAAATCGGCAGATTGTCAAAAAATTTAATAAAGAGAGCTGAGTTTTCTTATAATAGATGCTCTTGATATTTACTCCTTATATTATTTTTCAACGCTCAGACATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTAAGGATAAAAAATGATATATTTTGATAATTCTGCTACGACGGCAGTTAATCCAATGGTTTTACGAACTTATACAGATGTAGCAACAAAAATTATGGGAAACCCTTCAAGTTTACATGGC > AM406671/495720‑496016 | actttgtttgaagattataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTtg < 2:3445995‑M1/9‑1 (MQ=255)actttgtttgaagattataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTtg < 1:4400251‑M1/9‑1 (MQ=255) ctttgtttgaagattataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTtgt < 1:6786751‑M1/10‑1 (MQ=255) ctttgtttgaagattataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTtgt > 2:2423812‑M1/140‑149 (MQ=255) tcttATTTTTATTTTGGTTTATATTTATTCGATGATTAGAAATCGGCAGATTGTCAAAAAATTTAATAAAGAGAGCTGAGTTTTCTTATAATAGATGCTCTTGATATTTACTCCTTATATTATTTTTCAACGCTCAGACATTTTTTGgg < 1:3659212‑M1/149‑3 (MQ=255) tcttATTTTTATTTTGGTTTATATTTATTCGATGATTAGAAATCGGCAGATTGTCAAAAAATTTAATAAAGAGAGCTGAGTTTTCTTATAATAGATGCTCTTGATATTTACTCCTTATATTATTTTTCAACGCTCAGACATTTTTTGgg < 1:2996260‑M1/149‑3 (MQ=255) ttgtttgaagattataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGa < 1:9036073‑M1/12‑1 (MQ=255) ttgtttgaagattataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGa > 1:7593003‑M1/138‑149 (MQ=255) ttgtttgaagattataagttcaagcagagtcaacgcatccataaagggcttggccaatgtgctgacacgcttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgtcagtatCATTTTTTGTGa > 2:1758124‑M1/138‑149 (MQ=255) gaagattataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAAt > 1:3355597‑M1/132‑149 (MQ=255) aagattataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATa < 2:6897655‑M1/19‑1 (MQ=255) agattataatttcaagcaaaggcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATaa > 2:2277414‑M1/130‑149 (MQ=255) ttttGGTTTATATTTATTCGATGATTAGAAATCGGCAGATTGTCAAAAAATTTAATAAAGAGAGCTGAGTTTTCTTATAATAGATGCTCTTGATATTTACTCCTTATATTATTTTTCAACGCTCAGACATTTTTTGggtagtgtaaaat > 1:9374347‑M1/1‑136 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |