| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AM406671 | 495875 = | 109 (0.100) | 18 (0.020) +ATATCACAAAAAAT |
17/268 | 24.6 | 2.8% | intergenic (+75/‑34) | llmg_0504/nifZ | putative membrane protein/pyridoxal‑phosphate dependent aminotransferase |
| ? | AM406671 | = 2450963 | 1260 (1.140) | intergenic (+48/+63) | tnp905/ywjF | transposase for insertion sequence element IS905N/Putative 3‑hydroxyisobutyrate dehydrogenase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1159 total aligned reads displayed.
TTTTTATTTTGGTTTATATTTATTCGATGATTAGAAATCGGCAGATTGTCAAAAAATTTAATAAAGAGAGCTGAGTTTTCTTATAATAGATGCTCTTGATATTTACTCCTTATATTATTTTTCAACGCTCAGACATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTAAGGATAAAAAATGATATATTTTGATAATTCTGCTACGACGGCAGTTAATCCAATGGTTTTACGAACTTATACAGATGTAGCAACAAAAATTATGGGAAACCCTTCAAGTTTACATGGCTTGGGAA > AM406671/495727‑496023 | ttgaagattataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATaaa > 2:614817‑M1/134‑149 (MQ=255)ttgaagattataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATaaa < 2:8751488‑M1/16‑1 (MQ=255)ttgaagattataatttcaagcaaagtcaacgcatccataaagggtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATaaa > 2:7776445‑M1/134‑149 (MQ=255) 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gtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTAAGGATAAAAAATGATATAtt < 2:3029666‑M1/59‑1 (MQ=255) gtttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTAAGGATAAAAAATGATATAtt > 2:1263861‑M1/91‑149 (MQ=255) ttggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTAAGGATAAAAAATGATATAtttt < 1:5383703‑M1/61‑1 (MQ=255) ggccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTAAGGATAAAAAATGATATATTTTGa > 1:6093862‑M1/87‑149 (MQ=255) tccaatgtgctgacacacttgaaagcttatttgattaatattcttcaactctacttgagtgtttacacataattattgacagtatCATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTAAGGATAAAAAATGATATATTTTGAt > 2:7986029‑M1/86‑149 (MQ=255) 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ttttGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTAAGGATAAAAAATGATATATTTTGATAATTCTGCTACGACGGCAGTTAATCCAATGGTTTTACGAACTTATACAGATGTAGCAACAAAAATTATGGGAAACCCTTCAAGTTTACa < 2:7051929/149‑1 (MQ=255) tgtgATAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTAAGGATAAAAAATGATATATTTTGATAATTCTGCTACGACGGCAGTTAATCCAATGGTTTTACGAACTTATACAGATGTAGCAACAAAAATTATGGGAAACCCTTCAAGTTTACATgg > 1:3478829/1‑149 (MQ=255) aTAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTAAGGATAAAAAATGATATATTTTGATAATTCTGCTACGACGGCAGTTAATCCAATGGTTTTACGAACTTATACAGATGTAGCAACAAAAATTATGGGAAACCCTTCAAGTTTACATGGCTTg > 2:1474207/1‑149 (MQ=255) tAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTAAGGATAAAAAATGATATATTTTGATAATTCTGCTACGACGGCAGTTAATCCAATGGTTTTACGAACTTATACAGATGTAGCAACAAAAATTATGGGAAACCCTTCAAGTTTACATGGCTTgg < 2:4912711/149‑1 (MQ=255) aaaaTAAGATTGATTTTTAAATATTAAGGATAAAAAATGATATATTTTGATAATTCTGCTACGACGGCAGTTAATCCAATGGTTTTACGAACTTATACAGATGTAGCAACAAAAATTATGGGAAACCCTTCAAGTTTACATGGCTTggg > 2:4118775/1‑149 (MQ=255) aaaTAAGATTGATTTTTAAATATTAAGGATAAAAAATGATATATTTTGATAATTCTGCTACGACGGCAGTTAATCCAATGGTTTTACGAACTTATACAGATGTAGCAACAAAAATTATGGGAAACCCTTCAAGTTTACATGGCTTGGGa < 2:3252493/149‑1 (MQ=255) aaaTAAGATTGATTTTTAAATATTAAGGATAAAAAATGATATATATTGATAATTCTGCTACGACGAAAGTTAATCCAATGGTTTTACGTACTTATACAGATATATCAACAAAAATTATAGGAAACCCTTCAAGTTTACATGACttaaga > 2:2149100/1‑145 (MQ=255) | TTTTTATTTTGGTTTATATTTATTCGATGATTAGAAATCGGCAGATTGTCAAAAAATTTAATAAAGAGAGCTGAGTTTTCTTATAATAGATGCTCTTGATATTTACTCCTTATATTATTTTTCAACGCTCAGACATTTTTTGTGATAAAATAAGATTGATTTTTAAATATTAAGGATAAAAAATGATATATTTTGATAATTCTGCTACGACGGCAGTTAATCCAATGGTTTTACGAACTTATACAGATGTAGCAACAAAAATTATGGGAAACCCTTCAAGTTTACATGGCTTGGGAA > AM406671/495727‑496023 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |