New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AM406671 | 704944 = | NA (NA) | 1261 (0.960) | 218/296 | 2.2 | NA | coding (127/261 nt) | llmg_0720 | conserved hypothetical protein |
? | AM406671 | = 796737 | NA (NA) | intergenic (+88/‑293) | llmg_0823/ps333 | putative transposase helper protein for IS712D/terminase small subunit |
Only 100 of 1261 total aligned reads displayed.
ATATCCGCAGCACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AM406671/705091‑704944 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTTCATTCTATAAGATTT < AM406671/796737‑796590 TATCCGCAGCACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTG > 2:9575066/1‑149 ATCCGCAGCACTCACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGT < 1:6171646/149‑1 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1:10287209/1‑149 CACTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCT < 2:747855/149‑1 CTTCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAA < 1:7878815/149‑1 TCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAA < 2:9796206/149‑1 TCTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAA < 1:6522005/149‑1 CTTTTTCTCGGCGAATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAA > 2:1859159/1‑149 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2:122482/1‑149 ATATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGT < 1:3847932/149‑1 ATGGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCA > 1:187173/1‑149 GGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTATTTCTAGTAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAATATTGTTGGTGTTGGGTCATT > 2:2282162/1‑149 GGTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATT > 2:5820175/1‑149 GTCAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTG > 1:4882422/1‑149 CAATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTACTTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAA > 1:1350633/1‑149 ATACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAA < 2:7692500/149‑1 ACTTTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATG > 1:5431528/1‑149 tgTTTCTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAGCTGGAGCCAGTTGGCTTTTTAATTCTAGGAAATCAGCTTTCGAGACGGCGCTTTCATTAGATTGAGCGTAGAGTGTCAAGGGCCGTCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTA < 2:1128928/147‑1 TTTTTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAG < 2:7928421/149‑1 TTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAA > 2:2040926/1‑149 TTTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAA > 2:6623165/1‑149 TTAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAA < 2:3059739/149‑1 TAAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATT < 1:10843267/134‑1 AAGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTCTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATG < 1:8199267/149‑1 AGATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGG > 1:8080338/1‑149 ATGTCTCGTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGC < 1:10453617/149‑1 GTTCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAA > 1:10007301/1‑149 TCTTCCTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAAT > 2:4329510/1‑149 CTTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATCCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATCTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTG > 2:2904892/1‑149 TTAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGG > 1:7104801/1‑149 TAACTTTAGCCAGTTGTCTTTTTAATTCTAGAAAATCAGCTTTAGAGACGGAGCTTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGT > 1:7619287/1‑149 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1:8919993/149‑1 TTTCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTCTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATCTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATA > 2:1485116/1‑149 TCATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGT > 1:2276848/1‑149 CATTAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTC < 1:10994791/149‑1 TAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTT < 1:9721802/149‑1 TAGATTTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTT > 2:8399541/1‑149 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1:9921514/149‑1 TTAGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTTCATTC > 1:6882258/1‑149 AGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTTCATTCTA < 1:8596746/149‑1 AGAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGCCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTTCATTCTA < 2:6862586/149‑1 GAGTAGAGTGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTTCATTCTAT > 2:3461681/1‑149 ggtgGTGTCAAGTGCGATCTAAAGATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTTCATTCTATAAG < 2:8536483/145‑1 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‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGTCAAGGGCCATCTAAAAATGTTGGTTTTGGGTCATTGAAAATGTAGGAAATGGGCCACCCAAATTGTTGGTTTTGGGCCCATCACTTTATTTACTTTTTGGGGTTTTGGTTTTCTTCTCACTATAGTCTTTCATTCTATAAGATTT < AM406671/796737‑796590 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |