| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | REL606 | 3,894,997 | Δ6,934 bp | IS150‑mediated | rbsD–[yieO] | rbsD, rbsA, rbsC, rbsB, rbsK, rbsR, [yieO] |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | REL606 | 3893608–3894994 | 3901930 | 6937–8323 | 123 [112] | [0] 313 | [insJ‑5]–[yieO] | [insJ‑5],insK‑5,rbsD,rbsA,rbsC,rbsB,rbsK,rbsR,[yieO] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | = 3652533 | NA (NA) | 299 (1.140) | 113/146 | 0.1 | 100% | noncoding (1443/1443 nt) | IS150 | repeat region |
| ? | REL606 | 3901931 = | 0 (0.000) | coding (489/1428 nt) | yieO | predicted multidrug or homocysteine efflux system | |||||
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
ATTGGGCATATGTTTGCGCGCGTAAAGAAGGCCTGCAATACCTATGGGGATATTGATTAAAAATATCCAGTGCCAGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACAAAA > REL606/3901856‑3902006 | tctgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacag > 1:6594389‑M2/76‑76 (MQ=255)tctgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacag < 2:859798‑M2/1‑1 (MQ=255) ctgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacagg < 1:5042499‑M2/2‑1 (MQ=255) tgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt < 1:4055547‑M2/3‑1 (MQ=255) tgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt < 2:1599443‑M2/3‑1 (MQ=255) tgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt < 1:2870351‑M2/3‑1 (MQ=255) tgactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt > 1:8409094‑M2/74‑76 (MQ=255) gactccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGtt > 2:6042389‑M2/73‑76 (MQ=255) actccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTg > 2:236397‑M2/72‑76 (MQ=255) ctccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGc > 1:7971440‑M2/71‑76 (MQ=255) tccaattgaatatctgaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGcc < 1:8101122‑M2/7‑1 (MQ=255) ccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGccc < 1:6199411‑M2/8‑1 (MQ=255) ccaattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGccc > 1:6106344‑M2/69‑76 (MQ=255) caattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCa > 1:8280836‑M2/68‑76 (MQ=255) caattgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCa > 2:1971865‑M2/68‑76 (MQ=255) ttgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGt > 1:4563651‑M2/65‑76 (MQ=255) tgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTg < 2:3069524‑M2/13‑1 (MQ=255) tgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTg > 1:5751860‑M2/64‑76 (MQ=255) tgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTg > 2:3892213‑M2/64‑76 (MQ=255) tgaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTg > 1:4804976‑M2/64‑76 (MQ=255) gaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGa > 1:1911382‑M2/63‑76 (MQ=255) gaatatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGa < 2:6926857‑M2/14‑1 (MQ=255) tatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCa > 2:6314352‑M2/60‑76 (MQ=255) tatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCa > 1:6320111‑M2/60‑76 (MQ=255) tatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCa < 2:2189205‑M2/17‑1 (MQ=255) tatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCa < 1:1551413‑M2/17‑1 (MQ=255) tatcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCa < 2:7740804‑M2/17‑1 (MQ=255) tatcggaatcagaactatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCa > 2:698798‑M2/60‑76 (MQ=255) atcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAg > 2:8120466‑M2/59‑76 (MQ=255) atcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAg < 1:7124705‑M2/18‑1 (MQ=255) tcggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGc > 2:4473684‑M2/58‑76 (MQ=255) cggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCa < 1:5853405‑M2/20‑1 (MQ=255) ggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAc > 2:7219251‑M2/56‑76 (MQ=255) ggaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAc < 1:6743448‑M2/21‑1 (MQ=255) gaatcagacctatatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcg > 2:5629193‑M2/55‑76 (MQ=255) 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atatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAAc > 2:4776504‑M2/44‑76 (MQ=255) atatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAAc > 2:4239893‑M2/44‑76 (MQ=255) atatgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAAc < 2:2670975‑M2/33‑1 (MQ=255) tgcctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACggg > 2:7341722‑M2/41‑76 (MQ=255) cctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGc > 1:118915‑M2/39‑76 (MQ=255) cctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGc > 2:4668547‑M2/39‑76 (MQ=255) cctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGc > 2:2778634‑M2/39‑76 (MQ=255) ctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGcc > 1:940748‑M2/38‑76 (MQ=255) ctcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGcc > 1:5627791‑M2/38‑76 (MQ=255) tcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCt > 1:1315548‑M2/37‑76 (MQ=255) tcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCt < 1:5235726‑M2/40‑1 (MQ=255) tcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCt < 2:2117496‑M2/40‑1 (MQ=255) tcgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCt > 2:3450037‑M2/37‑76 (MQ=255) cgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTa < 2:3680554‑M2/41‑1 (MQ=255) cgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTa > 2:8859813‑M2/36‑76 (MQ=255) gtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTaa > 1:3412497‑M2/35‑76 (MQ=255) gtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTaa < 1:708122‑M2/42‑1 (MQ=255) tgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTaaa < 1:4169752‑M2/43‑1 (MQ=255) tttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAAt > 2:2038510‑M2/32‑76 (MQ=255) ttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAAtt > 1:2777254‑M2/31‑76 (MQ=255) taactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTg > 2:3304807‑M2/30‑76 (MQ=255) taactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTg > 2:5432897‑M2/30‑76 (MQ=255) ctgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGcc > 1:100161‑M2/27‑76 (MQ=255) tgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGccc > 2:241148‑M2/26‑76 (MQ=255) tgtccaactttttggggccagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGAACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGccc > 2:4297291‑M2/26‑76 (MQ=255) tccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCcca < 1:8727641‑M2/53‑1 (MQ=255) tccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCcca > 1:4737324‑M2/24‑76 (MQ=255) ccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCccac > 1:7677690‑M2/23‑76 (MQ=255) ccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCccac > 2:6811912‑M2/23‑76 (MQ=255) ccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCccac > 2:4396029‑M2/23‑76 (MQ=255) caactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCccacc < 1:5690618‑M2/55‑1 (MQ=255) caactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCccacc < 1:4341578‑M2/55‑1 (MQ=255) actttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAg < 2:7927156‑M2/57‑1 (MQ=255) actttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAg < 1:1726879‑M2/57‑1 (MQ=255) ctttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGa < 1:4488346‑M2/58‑1 (MQ=255) ctttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGa > 2:2520013‑M2/19‑76 (MQ=255) 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agtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCg < 1:1123421‑M2/70‑1 (MQ=255) gtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGa > 2:7456102‑M2/6‑76 (MQ=255) tacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGAc > 2:7064517‑M2/5‑76 (MQ=255) tacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGAc < 1:2523153‑M2/72‑1 (MQ=255) tacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATCGCGAc > 2:1763279‑M2/5‑76 (MQ=255) caGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACaa < 1:8187168‑M2/74‑1 (MQ=255) caGGGTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACaa < 1:1593462‑M2/74‑1 (MQ=255) aGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACaaa > 2:3194023‑M2/2‑76 (MQ=255) aGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGGGCCTAAAATTGGCCCCACCAGACCCGGCATGGCGACaaa < 2:13290‑M2/75‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |