| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 4260752 = | 401 (1.610) | 234 (0.940) | 97/150 | 0.6 | 36.9% | coding (1257/1293 nt) | yjcF | hypothetical protein |
| ? | REL606 | = 4506109 | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
AAATTCTTTGAAGAAGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/4260826‑4260752‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAG < REL606/4506109‑4506035 aaTCTTTGAAGAAGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGT > 1:4214585/3‑76 ATTCTTTGAAGAAGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGT > 2:5524616/1‑76 TTCTTTGAAGAAGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTG < 1:4524115/76‑1 TTCTTTGAAGAAGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTG < 1:3152362/76‑1 TCTTTGAAGAAGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGA < 2:1819725/76‑1 CTTTGAAGAAGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGAT < 1:137470/76‑1 CTTTGAAGAAGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGAT > 1:1014116/1‑76 CTTTGAAGAAGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGAT > 2:1037163/1‑76 CTTTGAAGAAGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGAT < 1:3641452/76‑1 CTTTGAAGAAGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGAT > 1:1909331/1‑76 CTTTGAAGAAGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGAT > 2:4938562/1‑76 TTTGAAGAAGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATG < 2:7787883/76‑1 TTGAAGAAGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGC > 1:5384808/1‑76 GAAGAAGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTG > 2:445437/1‑76 AAGAAGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGC > 1:5716181/1‑76 AAGAAGATTGTGACACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGC > 2:3771362/1‑76 AGAAGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCC < 1:966980/76‑1 GAAGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCA < 2:2660608/76‑1 AAGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAA > 2:2269114/1‑76 AAGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAA < 2:1774329/76‑1 AAGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAA < 2:5262131/76‑1 AGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAAC < 1:2021501/76‑1 GATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACT > 1:5315686/1‑76 TGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTAC < 2:5367207/76‑1 GTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGTTAATCTTTATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCCACTTACT > 2:7019657/1‑76 GTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACT > 1:2433556/1‑76 GTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACT < 2:5789112/76‑1 CACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATT > 1:8119758/1‑76 CTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTA < 1:3187637/76‑1 CTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTA < 1:5531948/76‑1 ATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTG < 1:1228703/76‑1 TACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGT < 2:3861421/76‑1 TACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGT < 2:422417/76‑1 ACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTA < 2:650049/76‑1 ACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTA < 2:7968802/76‑1 TGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATG < 1:169355/76‑1 GGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGA > 2:3511337/1‑76 GGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGA < 1:686537/76‑1 CATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAgg > 2:5461190/1‑74 CATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATG < 1:4745435/76‑1 CATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATG > 2:5284564/1‑76 ATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGG > 2:4690215/1‑76 ATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGG < 1:3113234/76‑1 ATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGG > 1:7944779/1‑76 TGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGT > 1:4339752/1‑76 GTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTG > 1:6452590/1‑76 TCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGT > 2:733920/1‑76 CACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTT > 1:1267266/1‑76 CACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTT > 1:3854888/1‑76 AAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTT > 1:1731606/1‑76 AAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTT > 1:5087948/1‑76 AAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTT < 1:7051202/76‑1 ACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGA < 1:3554881/76‑1 ACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGA > 1:5821354/1‑76 ACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGA < 2:2882473/76‑1 CTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAG > 1:5803408/1‑76 TGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGG > 2:7623956/1‑76 TGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGG < 2:6840473/76‑1 GAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGT > 1:7914249/1‑76 GAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGT > 2:6232904/1‑76 GAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGT > 1:7211926/1‑76 GAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGT > 1:8096896/1‑76 GAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGT > 1:6508799/1‑76 ATAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTC < 2:80879/76‑1 TAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCC > 2:4930694/1‑76 TAATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCC < 2:6197520/76‑1 ATCTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTGCTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAG > 2:5669228/1‑76 CTTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTG < 1:2944691/76‑1 TTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGG < 2:2489871/76‑1 TTCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGG > 1:3729172/1‑76 TCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGC > 1:3159966/1‑76 TCATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGC > 1:6801538/1‑76 ATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTT > 2:5025618/1‑76 ATGCAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTT > 1:7696958/1‑76 CAGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG < 1:5258407/76‑1 AGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGT < 2:2282529/76‑1 AGTCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGT < 1:6011931/76‑1 TCGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTTTTTTT > 2:7869500/1‑76 CGCTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTC < 2:5162137/76‑1 CTATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTA < 2:370594/76‑1 TATGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGGGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTTTGTTTCTtt > 2:3202422/1‑74 TGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTTTGTTTCTATCA > 1:7588265/1‑76 TGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTTTCA > 2:7094550/1‑76 TGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCA < 2:6025521/76‑1 TGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCA < 2:8239227/76‑1 TGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCA < 1:4082621/76‑1 TGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCA > 1:401485/1‑76 TGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGGTTTTATta > 1:831101/1‑74 TGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTATGTTTTTATta > 2:1970912/1‑74 GGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTTTGTTTCTATCAG > 1:605946/1‑76 GGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTTTATCAG > 1:2629658/1‑76 GGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAG < 2:3242499/76‑1 GGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAG < 2:1210668/76‑1 GGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAG > 1:8040195/1‑76 GGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAG < 1:6419912/76‑1 GGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAG > 1:6106380/1‑76 GGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAG > 1:2784646/1‑76 GGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAG < 1:253224/76‑1 GGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAG > 2:8158259/1‑76 GGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAG > 1:1609215/1‑76 AAATTCTTTGAAGAAGATTGTGCCACTCATACTGGCATGTCACAAACTGAGGATAATCTTCATGCAGTCGCTATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/4260826‑4260752‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAG < REL606/4506109‑4506035 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |