| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | = 2041060 | 177 (0.900) | 4 (0.020) | 4/136 | 15.9 | 2.7% | coding (324/1113 nt) | vioA | VioA, involved in dTDP‑N‑acetylviosamine synthesis |
| ? | REL606 | = 2041460 | 132 (0.740) | coding (1361/1428 nt) | wzx | O antigen translocase (Wzx) | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
TTCAGTCCTTATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAG > REL606/2041385‑2041534 | ttCAGTCCTTATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGt > 1:1151381/1‑76 (MQ=255) tCAGTCCTTATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGta < 1:3297310/76‑1 (MQ=255) tCAGTCCTTATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGta < 1:3866391/76‑1 (MQ=255) tCAGTCCTTATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGta > 1:2800192/1‑76 (MQ=255) cAGTCCTTATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGtat > 1:6040288/1‑76 (MQ=255) cAGTCCTTATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGtat < 1:181280/76‑1 (MQ=255) aGTCCTTATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGtata > 1:2549107/1‑76 (MQ=255) aGTCCTTATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGtata > 1:5422901/1‑76 (MQ=255) gTCCTTATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGtatat < 1:3943657/76‑1 (MQ=255) gTCCTTATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGtatat < 1:2208516/76‑1 (MQ=255) tCCTTATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGtatata < 1:579883/76‑1 (MQ=255) tCCTTATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGtatata < 1:3956577/76‑1 (MQ=255) ccTTATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATaa < 1:2404894/76‑1 (MQ=255) cTTATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAAt < 1:1316276/76‑1 (MQ=255) ttATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATg < 2:4350826/76‑1 (MQ=255) tATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATgg < 1:729257/76‑1 (MQ=255) aTTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGc < 1:2874515/76‑1 (MQ=255) aTTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGc < 1:1987960/76‑1 (MQ=255) aTTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGc < 1:655363/76‑1 (MQ=255) tttttttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCa > 1:4251576/1‑76 (MQ=255) tttttttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCa < 1:5100039/76‑1 (MQ=255) tttttttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCa < 2:781069/76‑1 (MQ=255) tttttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCAtt < 2:5126193/76‑1 (MQ=255) tttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTta > 2:798306/1‑76 (MQ=255) ttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTtaa < 1:3966547/76‑1 (MQ=255) ttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTtaa < 1:5716987/76‑1 (MQ=255) ttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTtaa > 1:1044527/1‑76 (MQ=255) ataAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTtaata > 1:3434636/1‑76 (MQ=255) taAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTtaataa < 1:2955209/76‑1 (MQ=255) taAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTtaataa < 2:4166475/76‑1 (MQ=255) taAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTtaataa < 2:3526837/76‑1 (MQ=255) taAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTtaataa < 1:2803590/76‑1 (MQ=255) aaGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATaaa > 2:1097208/1‑76 (MQ=255) aaGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATaaa > 1:436286/1‑76 (MQ=255) aaGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATaaa < 1:5970488/76‑1 (MQ=255) agagAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATaaaa < 2:2274479/76‑1 (MQ=255) agagAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATaaaa < 2:1301769/76‑1 (MQ=255) agagAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATaaaa < 1:1411866/76‑1 (MQ=255) agagAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATaaaa < 1:4788368/76‑1 (MQ=255) agagAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATaaaa < 1:4893940/76‑1 (MQ=255) gagaAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAAt < 2:3407808/76‑1 (MQ=255) gagaAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAAt < 2:5177035/76‑1 (MQ=255) agaAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATa > 2:3529283/1‑76 (MQ=255) gttataataGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAg > 2:1930505/4‑76 (MQ=255) gaAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATCAAATAg > 2:5158314/1‑76 (MQ=255) aataatAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTa > 2:1051580/1‑76 (MQ=255) aataatAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTa < 2:5803298/76‑1 (MQ=255) ataataGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTaa < 1:5532074/76‑1 (MQ=255) taataGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTaaa < 1:4992116/76‑1 (MQ=255) taataGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTaaa > 2:2087516/1‑76 (MQ=255) taataGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTaaa > 2:861390/1‑76 (MQ=255) aataGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAat < 1:1255589/76‑1 (MQ=255) aataGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAat < 1:2814955/76‑1 (MQ=255) aataGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAat < 1:4974815/76‑1 (MQ=255) aataGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAat < 1:1621110/76‑1 (MQ=255) ataGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAata < 2:317989/76‑1 (MQ=255) aGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatatt > 1:1339487/1‑76 (MQ=255) gTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatatta < 1:6005095/76‑1 (MQ=255) gTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatatta < 1:4153294/76‑1 (MQ=255) tCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatattat < 1:4732707/76‑1 (MQ=255) tCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatattat < 1:1543649/76‑1 (MQ=255) tCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatattat > 1:2014152/1‑76 (MQ=255) cATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatattata > 1:1069388/1‑76 (MQ=255) cATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatattata > 1:3082722/1‑76 (MQ=255) cATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatattata < 2:6253230/76‑1 (MQ=255) ttAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatattatat > 2:3259645/2‑76 (MQ=255) tAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAatattatatt > 2:5692899/1‑76 (MQ=255) aaaTATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATAttt > 1:1418064/1‑76 (MQ=255) aaaTATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATAttt > 2:2418787/1‑76 (MQ=255) aaTATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTta < 1:907493/76‑1 (MQ=255) atatTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaa < 1:251553/76‑1 (MQ=255) tatTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaat > 1:3859770/1‑76 (MQ=255) tatTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaat > 1:4624054/1‑76 (MQ=255) atTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTtaata > 1:4392147/1‑76 (MQ=255) ttCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATaaa > 1:430305/1‑76 (MQ=255) tCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAg > 1:3356097/1‑76 (MQ=255) cTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAgg < 2:4764915/76‑1 (MQ=255) cTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAgg > 1:2352258/1‑76 (MQ=255) ttGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGtt < 1:6179544/76‑1 (MQ=255) ttGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGtt < 2:4041040/76‑1 (MQ=255) ttGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGtt > 2:1334657/1‑76 (MQ=255) tACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCa > 2:6054911/1‑76 (MQ=255) aCATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCAt > 1:3196532/1‑76 (MQ=255) aCATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCAt < 1:3562268/76‑1 (MQ=255) aCATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCAt < 2:1232592/76‑1 (MQ=255) cATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATa < 2:4968369/76‑1 (MQ=255) aTAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATAc < 2:2499808/76‑1 (MQ=255) tAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACt > 1:4617926/1‑76 (MQ=255) tAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACt < 2:5489784/76‑1 (MQ=255) tAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACt < 2:44426/76‑1 (MQ=255) aaTTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACtt < 1:1400534/76‑1 (MQ=255) gAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTc < 1:6316872/76‑1 (MQ=255) tAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCAttt > 1:4044228/1‑76 (MQ=255) gtgtGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTtat < 1:2373062/76‑1 (MQ=255) tgtgATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTtata < 2:5449433/76‑1 (MQ=255) tgtgATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTtata > 2:237652/1‑76 (MQ=255) tgATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTataat < 1:1198656/76‑1 (MQ=255) gATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTataata > 2:1522803/1‑76 (MQ=255) gATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTataata > 1:3098370/1‑76 (MQ=255) gTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAg < 1:5182349/76‑1 (MQ=255) | TTCAGTCCTTATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAG > REL606/2041385‑2041534 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |