| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 41 (1.200) | 33/144 | 0.1 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 28 (0.820) | 24/144 | 0.5 | 96.2% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 1 (0.030) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
CGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/2774120‑2774196‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGA > REL606/4524522‑4524595 CGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 2:269586/76‑1CGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:944967/76‑1CGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGG < 1:3362/76‑1 GCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTCAGTTAGCGCTTATGGG > 2:750015/1‑76 GAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCC > 2:420560/1‑76 GTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCC > 1:164630/1‑76 GTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCC < 1:576445/76‑1 CTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG < 2:607057/62‑1 CTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATG > 1:607057/1‑62 TTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGG > 1:1095664/1‑76 TAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGT < 1:77388/76‑1 GGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCT < 2:888015/76‑1 CACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATTGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAA < 2:810096/76‑1 CACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAA < 1:720970/76‑1 GCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAT < 1:255838/76‑1 CGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATG < 1:761880/76‑1 GTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGC < 2:807440/76‑1 ATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCT > 2:1122329/1‑76 TTCTTCAGATGGTTCAANCCATAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGNAGCTGCCAATGCGGATGCGACCTT > 2:959051/1‑76 TTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTT > 1:511727/1‑76 TTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGGGCTGCTAATGCGGCTGCGACCTc > 1:511746/1‑75 TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAA < 2:240885/76‑1 TCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAG > 1:955236/1‑76 AGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGT > 2:538038/1‑76 TCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTAT < 2:245947/76‑1 AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCA > 2:359043/1‑76 AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTAAAGGTTCAGTATCA > 2:761222/1‑76 CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATA < 2:948017/76‑1 TTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAC < 1:436486/76‑1 TTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAC > 1:247157/1‑76 TAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGGGACCTTCCAGGTTCAGTATCAATAACC > 1:480630/1‑76 AGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTA < 2:778747/76‑1 TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTC < 1:792182/76‑1 TATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCA > 1:31177/1‑76 GGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGA > 2:851377/1‑76 CGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/2774120‑2774196‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGA > REL606/4524522‑4524595 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |