| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 41 (1.200) | 33/144 | 0.1 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 28 (0.820) | 24/144 | 0.5 | 96.2% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 1 (0.030) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
CAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATT > REL606/4524456‑4524602 | gtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcccc < 1:576445‑M2/10‑1 (MQ=255)gtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAcccc > 1:164630‑M2/67‑76 (MQ=255)cAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAccca > 2:579668‑M2/1‑72 (MQ=255)cAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAccca > 2:916215‑M2/1‑72 (MQ=255) gAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccata > 1:565242‑M2/1‑70 (MQ=255) gAAACAACCCTGAAGATCTGAACCATGACACTTCCTGTTCGGGTNCGTTATTTTGNAACCGGGGCAGCAAcccata < 1:128800/76‑4 (MQ=255) ttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCggg > 1:1095664‑M2/64‑76 (MQ=255) taacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGt < 1:77388‑M2/14‑1 (MQ=255) aacaacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACGGGGGCCGCAAcccataag < 1:241552‑M2/76‑9 (MQ=255) acaacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagc > 1:307088‑M2/1‑67 (MQ=255) aacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCTGTTCCAGGCGCGTTATATTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgc > 2:721579‑M2/1‑65 (MQ=255) acCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGTGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgct > 2:828953‑M2/1‑64 (MQ=255) cccTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgcta < 1:349564‑M2/76‑14 (MQ=255) cccTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgcta > 1:45839‑M2/1‑63 (MQ=255) ggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTgctgct < 2:888015‑M2/20‑1 (MQ=255) caccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttattggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTaa < 2:810096‑M2/22‑1 (MQ=255) caccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTaa < 1:720970‑M2/22‑1 (MQ=255) gAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaactt > 2:584821‑M2/1‑59 (MQ=255) gAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataaacgctaactt > 2:680161‑M2/1‑59 (MQ=255) aTAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaa < 1:732140‑M2/76‑20 (MQ=255) tAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGNGGCCGCNAcccataagcgctaacctaan < 1:965635‑M2/76‑21 (MQ=255) gcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAt < 1:255838‑M2/29‑1 (MQ=255) cGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggt < 2:536362‑M2/76‑24 (MQ=255) cgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATg < 1:761880‑M2/30‑1 (MQ=255) gtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGc < 2:807440‑M2/31‑1 (MQ=255) cAATACCATTCCGTTCCAGTCGCTTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggt > 1:121762‑M2/1‑47 (MQ=255) attcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCt > 2:1122329‑M2/41‑76 (MQ=255) ttcttcagatggttcaanccataagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGNAGCTGCCAATGCGGATGCGACCtt > 2:959051‑M2/40‑76 (MQ=255) ttcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCtt > 1:511727‑M2/40‑76 (MQ=255) ttcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGGGCTGCTAATGCGGCTGCGACctc > 1:511746‑M2/40‑75 (MQ=255) tACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGTCGCAAcccatcagcgctaacttaagggctgtggtatt < 1:809195‑M2/76‑33 (MQ=255) tACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGTCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatt < 1:809211‑M2/76‑33 (MQ=255) tACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatt < 1:57511‑M2/76‑33 (MQ=255) ttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCaa < 2:240885‑M2/40‑1 (MQ=255) tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAg > 1:955236‑M2/36‑76 (MQ=255) aTTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgc < 1:351377‑M2/76‑37 (MQ=255) agatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGt > 2:538038‑M2/34‑76 (MQ=255) gTTCCAGTCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgat < 1:765190‑M2/76‑42 (MQ=255) ttCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgata > 2:360976‑M2/1‑34 (MQ=255) tCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacccctgatat < 1:153708‑M2/76‑44 (MQ=255) tcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTAt < 2:245947‑M2/50‑1 (MQ=255) ccAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatg > 1:842750‑M2/1‑32 (MQ=255) ccAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatg < 2:714886‑M2/76‑45 (MQ=255) cAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatga < 1:785893‑M2/76‑46 (MQ=255) aacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCa > 2:359043‑M2/25‑76 (MQ=255) aacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTAAAGGTTCAGTATCa > 2:761222‑M2/25‑76 (MQ=255) gcgcGTTATTTTGCGACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgattt > 2:150331‑M2/1‑28 (MQ=255) cgcgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgattta > 1:714886‑M2/1‑27 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATa < 2:948017‑M2/55‑1 (MQ=255) ttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAc < 1:436486‑M2/57‑1 (MQ=255) ttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAc > 1:247157‑M2/20‑76 (MQ=255) cgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaac < 2:580722‑M2/76‑52 (MQ=255) taagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGGGACCTTCCAGGTTCAGTATCAATAAcc > 1:480630‑M2/19‑76 (MQ=255) gTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccatctgcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacg < 1:1133637‑M2/76‑53 (MQ=255) gTTATTTTGCAACCGGGGCAGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacg < 1:67987‑M2/76‑53 (MQ=255) tATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtg > 1:656091‑M2/1‑22 (MQ=255) agttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTa < 2:778747‑M2/60‑1 (MQ=255) tatgcAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccg < 1:836663‑M2/74‑58 (MQ=255) gCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatg < 1:586193‑M2/76‑61 (MQ=255) cAACCGGGGCCGCAAcccatacgcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatga < 2:157610‑M2/76‑62 (MQ=255) cAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatga < 2:916152‑M2/76‑62 (MQ=255) cAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatga > 2:423173‑M2/1‑15 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc < 1:792182‑M2/69‑1 (MQ=255) tatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCa > 1:31177‑M2/7‑76 (MQ=255) cGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatta > 2:620711‑M2/1‑11 (MQ=255) cGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaaaggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgattaatta > 2:155884‑M2/1‑11 (MQ=255) ggggCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattac < 1:59682‑M2/76‑67 (MQ=255) ggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGa > 2:851377‑M2/3‑76 (MQ=255) ccGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACg > 1:470551/1‑76 (MQ=255) aacccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacga > 1:755389‑M2/1‑2 (MQ=255) aaCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAGCCGACCTTCNAGGTTCAGTATCAATANCGCACCCAGGTTCAGGNACGTCAt > 2:1029036/1‑76 (MQ=255) acccataagcgctaacttcagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgat > 1:879572‑M2/1‑1 (MQ=255) aCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCAtt < 1:883599/76‑1 (MQ=255) aCCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCAtt < 2:1110146/76‑1 (MQ=255) | CAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACGTCATT > REL606/4524456‑4524602 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |