| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 41 (1.200) | 33/144 | 0.1 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 28 (0.820) | 24/144 | 0.5 | 96.2% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 1 (0.030) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
GAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTTCTCTGA > REL606/2774123‑2774271 | gAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCNAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtt > 2:204363/1‑76 (MQ=17)gAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtt < 2:106731/76‑1 (MQ=32)gAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtt > 1:826119/1‑76 (MQ=32) ggCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtttt < 2:579430/76‑1 (MQ=35) aTCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAAGCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAcc > 2:531494/1‑76 (MQ=255) aTCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAcc > 2:541116/1‑76 (MQ=40) cGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATCCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAcccc > 1:1137532/1‑76 (MQ=255) aaCGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtg < 2:9929/76‑1 (MQ=255) gAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtggtg < 1:505826/76‑1 (MQ=255) gAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtggtg < 2:659981/76‑1 (MQ=255) gCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCt < 2:16392/76‑1 (MQ=255) cACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCACCCCTTAAGTTAGCGCTTATNGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTa < 2:209414/76‑1 (MQ=255) aCCGAGGCGTCGCATTCTTCAGGTGGTTCGACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTAc > 1:998149/1‑76 (MQ=255) ggCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCACCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtctt < 2:555179/76‑1 (MQ=255) ggCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtctt < 2:488281/76‑1 (MQ=255) cGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCg < 1:222893/76‑1 (MQ=255) aTTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGt > 2:430096/1‑76 (MQ=255) tcttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTaa > 2:292834/1‑76 (MQ=255) tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCg < 2:1137530/76‑1 (MQ=255) tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTGACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCg > 1:771613/1‑76 (MQ=255) cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCga > 1:393109/1‑76 (MQ=255) gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCgaga < 2:221567/76‑1 (MQ=255) aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGaa > 2:919139/1‑76 (MQ=255) gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTATCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTg < 2:771613/76‑1 (MQ=255) gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTg < 1:51839/76‑1 (MQ=255) aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCtt > 2:624049/1‑76 (MQ=255) aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGATAACTGCCTTa < 1:561074/76‑1 (MQ=255) ccTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTaaa < 1:409701/76‑1 (MQ=255) ttAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACt > 2:387925/1‑76 (MQ=255) aaGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTcc > 1:507710/1‑76 (MQ=255) aaGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTcc > 1:1094147/1‑76 (MQ=255) gTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCAt < 1:76139/76‑1 (MQ=255) tAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCagat < 2:109489/76‑4 (MQ=255) gcTTATGAGTTTTTCCCGCGCGTGGTGACTACTTCCTCGATCCATCAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACg > 1:1035364/1‑76 (MQ=255) cTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGt > 1:1024489/1‑76 (MQ=255) cTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGt > 2:812596/1‑76 (MQ=255) tATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTGAGCGAGAACTGCCTTAGACTCCATACCACGTtc > 2:770710/1‑76 (MQ=255) tGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCNATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTtctc < 1:935480/76‑1 (MQ=255) tGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTtctc < 1:384790/76‑1 (MQ=255) gcgTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTANTTCTTCTATTAGTAAGCAAGATCTGCNTTAAACTCCNTACCACGTnctcn > 1:991713/3‑75 (MQ=255) ggTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTTCTCTg > 2:1086533/1‑76 (MQ=255) gTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTTCTCTGa < 1:333716/76‑1 (MQ=255) | GAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTTCTCTGA > REL606/2774123‑2774271 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |