| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 1,941,961 | IS186 (–) +8 bp :: Δ2 bp | coding (1853‑1860/2079 nt) | flhA ← | flagellar biosynthesis protein A |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 1857066 = | NA (NA) | 56 (0.950) | 46/150 | 0.2 | 100% | noncoding (3/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 1941961 = | 0 (0.000) | coding (1860/2079 nt) | flhA | flagellar biosynthesis protein A | |||||
| * | ? | REL606 | = 1941968 | 0 (0.000) | 60 (1.070) | 45/144 | 0.2 | 100% | coding (1853/2079 nt) | flhA | flagellar biosynthesis protein A |
| ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region | |||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
CCCAGCATCTCCTGACGGGATAGCGCTTCCTGAGTTTGCGCCAGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCGGTGTATCGAGGCCAATAACATGGACTTCATCTTTGC > REL606/1941893‑1942043 | gagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGtcctc < 1:1601721‑M2/8‑1 (MQ=255)cccAGCATCTCCTGACGGGATAGCGCTTCCTGAGTTTGCGCCAGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGtcctc > 2:1246292/1‑76 (MQ=255) agtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTcccc > 1:72644‑M2/66‑76 (MQ=255) gtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTccccc < 1:499456‑M2/12‑1 (MQ=255) gtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTccccc < 1:843309‑M2/12‑1 (MQ=255) gCATCTCCTGACGGGATAGCGCTTCCTGAGTTTGCGCCAGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCccca > 2:1577316‑M1/1‑72 (MQ=255) cATCTCCTGACGGGATAGCGCTTCCTGAGTTTGCGCCAGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccat < 2:1332854‑M1/76‑6 (MQ=255) cATCTCCAGACGGGATAGCGCTCCCTGAGTTTGCGCCAGTAAGCGACCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccat < 1:874117‑M1/76‑6 (MQ=255) aattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGc > 2:1041557‑M2/63‑76 (MQ=255) aattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGc > 1:332825‑M2/63‑76 (MQ=255) aattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGc > 2:1041552‑M2/63‑76 (MQ=255) tctcCTGAGGGGATAGCGCTGCCTGAGTTTGCGCCTGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataa < 2:139213‑M1/76‑8 (MQ=255) attcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGcc < 1:1365732‑M2/15‑1 (MQ=255) tcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCt < 2:1517618‑M2/17‑1 (MQ=255) tcCTGACGGGATAGCGCTTCCTGAGTTTGCGCCAGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagc < 1:1365124‑M1/76‑10 (MQ=255) ccTGACGGGATAGCGCTTCCTGAGTTTGCGCCAGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcg > 1:1296986‑M1/1‑66 (MQ=255) tcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCa < 1:549622‑M2/20‑1 (MQ=255) tGACGGGATAGCGCTTCCTGAGTTTGCGCCAGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgct < 1:733942‑M1/76‑13 (MQ=255) gACGGGATAGCGCTTCCTGAGTTTGCGCCAGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgcta < 1:343222‑M1/76‑14 (MQ=255) cggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCGGTCCTCCCCCGCCCTGCAg < 2:843145‑M2/21‑1 (MQ=255) cggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAg < 1:541057‑M2/21‑1 (MQ=255) gggATAGCGCTTCCTGAGTTTGCGCCAGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaact < 2:1866568‑M1/76‑17 (MQ=255) cacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAgcgc > 1:390370‑M2/53‑76 (MQ=255) acgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGcc > 1:671108‑M2/52‑76 (MQ=255) gATAGCGCTTCCTGAGTTTGCGCCAGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaactta < 1:168896‑M1/76‑19 (MQ=255) gttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTg > 1:77092‑M2/50‑76 (MQ=255) gttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTg > 2:1496120‑M2/50‑76 (MQ=255) aTAGCGCTTCCTGAGTTTGCGCCAGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaa > 1:1485143‑M1/1‑57 (MQ=255) ttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTgt < 1:1141090‑M2/28‑1 (MQ=255) ttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTgt > 2:847459‑M2/49‑76 (MQ=255) aGCGCTTCCTGAGTTTGCGCCAGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagg < 1:225378‑M1/76‑22 (MQ=255) cgcTTCCTGAGTTTGCGCCAGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggt < 1:1096479‑M1/76‑24 (MQ=255) atcatatcaggcgtagtaccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTgtagta > 2:252922‑M2/45‑76 (MQ=255) tcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTaa < 2:1577743‑M2/33‑1 (MQ=255) ttCCTGAGTTTGCGCCAGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttga < 1:1417863‑M1/76‑27 (MQ=255) catatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAAc > 1:756841‑M2/43‑76 (MQ=255) tCCTGAGTTTGCGCCAGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaa > 2:424409‑M1/1‑49 (MQ=255) tatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACaa < 1:1661767‑M2/36‑1 (MQ=255) tatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACaa > 2:1848798‑M2/41‑76 (MQ=255) ccTGAGTTTGCGCCAGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaac < 1:75904‑M1/76‑29 (MQ=255) cTGAGTTTGCGCCAGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaacc > 1:1449337‑M1/1‑47 (MQ=255) tGAGTTTGCGCCAGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaacca < 2:1637305‑M1/76‑31 (MQ=255) caggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACg > 2:878631‑M2/38‑76 (MQ=255) tttGCGCCAGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaaccatctg < 2:9267‑M1/76‑35 (MQ=255) gtaataccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCa < 2:1016968‑M2/44‑1 (MQ=255) cgcCAGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaaga > 1:1686373‑M1/1‑38 (MQ=255) cgcCAGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaaga > 2:594142‑M1/1‑38 (MQ=255) taccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCgg < 1:59382‑M2/48‑1 (MQ=255) ccacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCGgtg > 2:911251‑M2/27‑76 (MQ=255) aGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc > 1:518625‑M1/1‑34 (MQ=255) gTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcg < 1:77256‑M1/76‑44 (MQ=255) cacaacccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCGgggt > 2:1801659‑M2/26‑76 (MQ=255) aaCGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacg > 1:1747048‑M1/1‑30 (MQ=255) aCGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgc < 2:826902‑M1/76‑48 (MQ=255) cGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcc > 2:1130711‑M1/1‑28 (MQ=255) cGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcc > 2:14894‑M1/1‑28 (MQ=255) gATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcct < 1:1393251‑M1/76‑50 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCGGTGTATCGAg < 1:918188‑M2/57‑1 (MQ=255) cttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCGGTGGATCGAgg > 2:755321‑M2/19‑76 (MQ=255) aTCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctc > 2:1290260‑M1/1‑26 (MQ=255) ttaagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCGGTGTATCGAGGc > 1:172846‑M2/18‑76 (MQ=255) taagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCGGTGTATCGAGGcc < 1:632569‑M2/60‑1 (MQ=255) cGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggt < 1:411909‑M1/76‑54 (MQ=255) cGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggt < 1:411891‑M1/76‑54 (MQ=255) aagttagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCGGTGTATCGAGGCCa > 1:62545‑M2/16‑76 (MQ=255) gCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtg > 1:1878107‑M1/1‑22 (MQ=255) gCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtg > 1:1195136‑M1/1‑22 (MQ=255) gtagcgcttatgCCGTCCGCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCGGTGTATCGAGGCCAATa < 2:1604469‑M2/64‑1 (MQ=255) tagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCGGTGTATCGAGGCCAATaa > 1:1798327‑M2/12‑76 (MQ=255) tagcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCGGTGTATCGAGGCCAATaa > 1:1636962‑M2/12‑76 (MQ=255) aGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcct < 1:1663323‑M1/76‑58 (MQ=255) aGCCCTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcct < 2:578351‑M1/76‑58 (MQ=255) agcgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCGGTGTATCGAGGCCAATAAc > 1:1396602‑M2/11‑76 (MQ=255) cgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCGGTGTCTCGAGGCCAATAACAt > 1:1573435‑M2/9‑76 (MQ=255) cgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCGGTGTATCGAGGCCAATAACAt > 1:695672‑M2/9‑76 (MQ=255) cgcttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCGGTGTATCGAGGCCAATAACAt < 1:1076046‑M2/68‑1 (MQ=255) ccTGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgt < 2:1224578‑M1/76‑61 (MQ=255) tGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgtta > 1:824100‑M1/1‑14 (MQ=255) tGGCTCCAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgtta > 1:870334‑M1/1‑14 (MQ=255) ttatgCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCGGTGTATCGAGGCCAATAACATGGa > 2:122197‑M2/6‑76 (MQ=255) 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ccAGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacg > 2:1354836‑M1/1‑9 (MQ=255) cAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCGGTGTATCGAGGCCAATAACATGGACTTCa < 1:1569897/76‑1 (MQ=255) cAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCGGTGTATCGAGGCCAATAACATGGACTTCa < 1:101677/76‑1 (MQ=255) aGTCCTCcccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgat < 2:1407282‑M1/76‑70 (MQ=255) cctccccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcc < 1:1056769‑M1/76‑73 (MQ=255) cctccCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCGGTGTATCGAGGCCAATAACATGGACTTCATCtt > 2:1463954/1‑76 (MQ=255) tccccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctc < 2:586732‑M1/76‑75 (MQ=255) tccccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctc < 2:561501‑M1/76‑75 (MQ=255) tccccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctc < 2:1873035‑M1/76‑75 (MQ=255) tccCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCGGTGTATCGAGGCCAATAACATGGACTTCATCTTTg > 1:378790/1‑76 (MQ=255) cccccGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCGGTGTATCGAGGCCAATAACATGGACTTCATCTTTGc > 2:99168/1‑76 (MQ=255) | CCCAGCATCTCCTGACGGGATAGCGCTTCCTGAGTTTGCGCCAGTAAACGATCCGCCAGCCCTGGCTCCAGTCCTCCCCCGCCCTGCAGCGCCTGTAGTAACAAACGTTCCAGCGGTGTATCGAGGCCAATAACATGGACTTCATCTTTGC > REL606/1941893‑1942043 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |