| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 45 (0.830) | 38/144 | 0.3 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 70 (1.290) | 52/144 | 0.1 | 100% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 0 (0.000) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
CGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTTCTCTG > REL606/2774122‑2774270 | cgAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGt > 2:375517/1‑76 (MQ=31) gAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtt > 2:1547375/1‑76 (MQ=32) gAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtt > 2:1045559/1‑76 (MQ=32) aGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGttt < 1:617136/76‑1 (MQ=34) ggCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtttt < 1:350898/76‑1 (MQ=35) gCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTa > 1:1751712/1‑76 (MQ=38) cATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAc > 1:736774/1‑76 (MQ=39) tCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAccc < 2:1220844/76‑1 (MQ=255) tCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCcg < 1:828194/76‑1 (MQ=255) cTTAACGCGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCcgc > 1:1146536/1‑76 (MQ=255) tAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGTTGGATCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCcgcgg > 2:1661633/1‑75 (MQ=255) tAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgt < 1:1352785/76‑1 (MQ=255) tAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgt > 2:1312092/1‑76 (MQ=255) tAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgt > 1:696772/1‑76 (MQ=255) aaCGAGGCACCGAGTCGTCGCATTCTTCAGTTGGTTCAACCCTTAAATTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtg < 2:987379/76‑1 (MQ=17) aaCGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtg < 2:51436/76‑1 (MQ=255) aCGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtgg > 1:325237/1‑76 (MQ=255) aCGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtgg < 2:206442/76‑1 (MQ=255) cGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtggt > 1:553103/1‑76 (MQ=255) cGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtggg > 1:926659/1‑75 (MQ=255) ggCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGc < 1:1112810/76‑1 (MQ=255) gCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCt < 2:839372/76‑1 (MQ=255) aCCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTAc > 2:1544386/1‑76 (MQ=255) aGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtct < 1:1645850/76‑1 (MQ=255) ggCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTGAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtctt > 2:1660865/1‑76 (MQ=255) gCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACttcttc < 1:70885/76‑1 (MQ=255) tCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGAt > 2:234501/1‑76 (MQ=255) gCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTc > 2:1003934/1‑76 (MQ=255) cagtcttcAGATGTTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCg < 2:225775/73‑1 (MQ=255) cATTCTTCAGATGNTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGAGGGGGCTACTTCTTCTCTTCg > 1:1236455/1‑76 (MQ=18) cATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCg < 1:231938/76‑1 (MQ=255) aTTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTGCCCCCGCGTGGTGGCTACTTATTCGATTCGt > 2:1264567/1‑76 (MQ=255) ttcttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTa < 2:391027/76‑1 (MQ=255) ttcttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTa > 1:1760927/1‑76 (MQ=255) cttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAg > 1:1487340/1‑76 (MQ=255) ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGc < 2:410440/76‑1 (MQ=255) ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGc < 2:703201/76‑1 (MQ=255) tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCg < 1:315527/76‑1 (MQ=255) aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCgag < 2:1087323/76‑1 (MQ=255) gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCgaga < 1:1391081/76‑1 (MQ=255) tGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAAc < 1:943674/76‑1 (MQ=255) tGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAAc < 1:502951/76‑1 (MQ=255) ttCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGc < 2:7609/76‑1 (MQ=255) cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCt > 1:1763693/1‑76 (MQ=255) cccTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTaa < 1:770830/76‑1 (MQ=255) cccTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTaa < 2:1314788/76‑1 (MQ=255) ccTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTaaa < 1:722864/76‑1 (MQ=255) cTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAAc > 2:1242066/1‑76 (MQ=255) ttAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACt > 2:1359656/1‑76 (MQ=255) ttAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACt < 2:304000/76‑1 (MQ=255) tAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTc > 2:1393293/1‑76 (MQ=255) aaGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTcc > 1:932066/1‑76 (MQ=255) aGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCa > 2:425893/1‑76 (MQ=255) aGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCa > 2:322672/1‑76 (MQ=255) aGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCa > 2:941354/1‑76 (MQ=255) ttAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATa < 2:304746/76‑1 (MQ=255) tAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATAc < 1:746617/76‑1 (MQ=255) aGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATAcc > 1:1502993/1‑76 (MQ=255) aGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATAcc > 2:462535/1‑76 (MQ=255) cgcTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCAc < 1:744139/76‑1 (MQ=255) cgcTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCAc > 1:1759572/1‑76 (MQ=255) cgcTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCAc > 2:14923/1‑76 (MQ=255) gcTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACg < 1:1504362/76‑1 (MQ=255) gcTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACg < 2:698818/76‑1 (MQ=255) cTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGt > 2:1502284/1‑76 (MQ=255) attATGGGTTTTACCCCCGCGTGGCGGGTACTTCTTCGCATCGTACGCGAGAACTGTCTTAAACTCCATACCACGt > 2:1556355/2‑76 (MQ=255) ttATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGCTTCGTAAGCGCGAAGTGCCTTAAACTCCATACCACGtt > 2:964489/1‑76 (MQ=37) ttATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGtt > 2:276120/1‑76 (MQ=255) ttATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCCTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTACATACCACgct > 2:1181429/1‑74 (MQ=37) tATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTtc > 2:1364833/1‑76 (MQ=255) aTGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTtct > 1:1427558/1‑76 (MQ=255) aTGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTtct > 1:25440/1‑76 (MQ=255) ggTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTTCTCTg < 1:371198/76‑1 (MQ=255) | CGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCGTAAGCGAGAACTGCCTTAAACTCCATACCACGTTCTCTG > REL606/2774122‑2774270 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |