| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | REL606 | 4,524,522 | IS186 (+) +6 bp | coding (494‑499/549 nt) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2772854 = | NA (NA) | 45 (0.830) | 38/144 | 0.3 | 100% | noncoding (1/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | = 4524527 | 0 (0.000) | coding (499/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
| * | ? | REL606 | = 2774196 | NA (NA) | 70 (1.290) | 52/144 | 0.1 | 100% | noncoding (1343/1343 nt) | IS186 | repeat region |
| ? | REL606 | 4524522 = | 0 (0.000) | coding (494/549 nt) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
CATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACG > REL606/4524447‑4524597 | cgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggc > 2:1270907‑M2/76‑76 (MQ=255)cATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGc > 1:1462672/1‑76 (MQ=255) aTTTAGTTCAGAAACAACCCTTAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGcc < 2:36244/76‑1 (MQ=255) aTTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACAGGGAcc > 1:195742/1‑76 (MQ=255) tttAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCg < 2:522529/76‑1 (MQ=255) tttAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCg > 1:1378942/1‑76 (MQ=255) aggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCg < 1:1482315‑M2/3‑1 (MQ=255) tgcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGc > 2:1390517‑M2/73‑76 (MQ=255) tAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCa > 1:1729239/1‑76 (MQ=255) aGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCaa > 1:821286/1‑76 (MQ=255) atcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAc > 2:782678‑M2/70‑76 (MQ=255) atcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAc > 1:1430957‑M2/70‑76 (MQ=255) ttCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcc < 1:517349‑M2/76‑3 (MQ=255) tCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAccc > 1:42999‑M2/1‑73 (MQ=255) cgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAAccc > 1:1715210‑M2/68‑76 (MQ=255) cAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAccca < 1:760735‑M2/76‑5 (MQ=255) aGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAtccat < 2:852145‑M2/76‑6 (MQ=255) aGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccat > 1:1040382‑M2/1‑71 (MQ=255) acaacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCACcccataagc < 1:1712929‑M2/76‑10 (MQ=255) acaacCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagc > 1:905208‑M2/1‑67 (MQ=255) gaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGtgctg > 2:161153‑M2/59‑76 (MQ=255) acCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgct > 1:335179‑M2/1‑64 (MQ=255) gcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTa > 1:1275913‑M2/56‑76 (MQ=255) cTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaac < 1:500247‑M2/76‑16 (MQ=255) caccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGgtgctgctga > 2:1344272‑M2/55‑74 (MQ=255) caccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTaa > 2:1822873‑M2/55‑76 (MQ=255) accgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAt < 2:1693375‑M2/23‑1 (MQ=255) accgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAt < 1:1283900‑M2/23‑1 (MQ=255) ccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATg > 1:1637086‑M2/53‑76 (MQ=255) aTAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaa > 2:1018306‑M2/1‑57 (MQ=255) cgtcgcattcttcanatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATg > 1:992294‑M2/47‑76 (MQ=255) cgtcgcattcttcagatggttcaccccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGCGTGCTGCTAATGCGGATg < 2:1579745‑M2/30‑1 (MQ=255) cgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATg > 2:1360506‑M2/47‑76 (MQ=255) gtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGc < 1:1573258‑M2/31‑1 (MQ=255) gtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGc > 2:1486978‑M2/46‑76 (MQ=255) tcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCg < 2:456306‑M2/32‑1 (MQ=255) gcattgttgatatgcttcgaccctttagttggcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAc < 1:151035‑M2/34‑1 (MQ=255) cattcttcggatggttcaccccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGTTAATGCGGATGGGact > 1:1394342‑M2/42‑75 (MQ=255) cattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAcc > 1:1562063‑M2/42‑76 (MQ=255) cattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAcc > 1:439771‑M2/42‑76 (MQ=255) cattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAcc > 1:1334629‑M2/42‑76 (MQ=255) cattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAcc > 1:780742‑M2/42‑76 (MQ=255) ttcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCtt < 2:1236897‑M2/37‑1 (MQ=255) tcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTc < 1:83092‑M2/38‑1 (MQ=255) tACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatt > 2:504890‑M2/1‑44 (MQ=255) tACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtatt > 2:1746122‑M2/1‑44 (MQ=255) cttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCa < 1:1208526‑M2/39‑1 (MQ=255) ttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCaa < 1:274626‑M2/40‑1 (MQ=255) ttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCaa < 1:406139‑M2/40‑1 (MQ=255) ccATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattac > 1:1123448‑M2/1‑42 (MQ=255) tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAg < 1:1042642‑M2/41‑1 (MQ=255) tttgCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgc > 2:838780‑M2/2‑40 (MQ=255) gagatggttcaaaccttaatgtagctgttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAgg < 1:217184‑M2/42‑1 (MQ=255) agatggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGt > 2:593407‑M2/34‑76 (MQ=255) tCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcct < 1:437816‑M2/76‑39 (MQ=255) ccGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctg < 1:1402920‑M2/76‑40 (MQ=255) tggttcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCa > 2:1121009‑M2/31‑76 (MQ=255) ttCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGTCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgata > 2:300532‑M2/1‑34 (MQ=255) ttCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAgccataagcgctaacttaaggggtgtggtattacgcctgaca < 1:1209882‑M2/76‑43 (MQ=255) tcaacccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTAt < 2:419894‑M2/50‑1 (MQ=255) ccAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatg > 1:1060001‑M2/1‑32 (MQ=255) ccAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtgggattacgcctgatatg < 2:1741315‑M2/76‑45 (MQ=255) cAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatga > 1:1460561‑M2/1‑31 (MQ=255) cAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatga > 1:602597‑M2/1‑31 (MQ=255) aacccttacgttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCa > 1:1530337‑M2/25‑76 (MQ=255) ggCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatt > 2:1328226‑M2/1‑29 (MQ=255) gcgcGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgattt > 1:669354‑M2/1‑28 (MQ=255) gcgcGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgattt > 1:1662197‑M2/1‑28 (MQ=255) cccttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAAt < 1:515573‑M2/54‑1 (MQ=255) ttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAc < 1:1686420‑M2/57‑1 (MQ=255) ttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAc > 2:564631‑M2/20‑76 (MQ=255) ttaagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGGTCAGTATCAATAAc > 2:574770‑M2/20‑76 (MQ=255) cgTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaac > 2:1461129‑M2/1‑25 (MQ=255) taagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAcc > 1:1515622‑M2/19‑76 (MQ=255) taagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAAcc < 2:1095255‑M2/58‑1 (MQ=255) gTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacg < 1:1480962‑M2/76‑53 (MQ=255) ttATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgt < 1:110801‑M2/76‑54 (MQ=255) aagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCt > 2:1049508‑M2/18‑76 (MQ=255) aagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCt < 2:635579‑M2/59‑1 (MQ=255) aagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCt > 1:1636897‑M2/18‑76 (MQ=255) aagttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCt > 1:1224753‑M2/18‑76 (MQ=255) aagttagagcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCt > 1:660471‑M2/18‑76 (MQ=255) tATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtg > 2:1753819‑M2/1‑22 (MQ=255) tATTTTGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtg > 2:724484‑M2/1‑22 (MQ=255) ttttGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgcc < 1:1146426‑M2/76‑57 (MQ=255) ttagcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTAcc < 1:137002‑M2/62‑1 (MQ=255) tGCAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgat > 1:92371‑M2/1‑17 (MQ=255) gcgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAg < 1:1782609‑M2/65‑1 (MQ=255) cgcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAgg < 2:1532330‑M2/66‑1 (MQ=255) gcttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGt > 1:237330‑M2/10‑76 (MQ=255) cAACCGGGGCCGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatga > 2:1357777‑M2/1‑15 (MQ=255) cttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGtt < 1:748715‑M2/68‑1 (MQ=255) cttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGtt > 1:82345‑M2/9‑76 (MQ=255) cttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCAAGgtc > 2:1540044‑M2/9‑75 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc > 2:610699‑M2/8‑76 (MQ=255) ttatgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTc < 1:1285994‑M2/69‑1 (MQ=255) atgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGATCAg > 2:508354‑M2/6‑76 (MQ=255) tgggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCACGTTCAgg < 1:1187103‑M2/72‑1 (MQ=255) gggCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTGCCCAGGTTCAggg < 2:817451‑M2/73‑1 (MQ=255) ccGCAAcccataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctc > 1:1732167‑M2/1‑6 (MQ=255) | CATTTAGTTCAGAAACAACCCTGAATAACGGAACCAATACCATTCCGTTCCAGGCGCGTTATTTTGCAACCGGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACCTTCAAGGTTCAGTATCAATAACCTACCCAGGTTCAGGGACG > REL606/4524447‑4524597 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |