| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2041054 = | 106 (1.880) | 56 (1.090) | 34/136 | 0.5 | 28.1% | coding (330/1113 nt) | vioA | VioA, involved in dTDP‑N‑acetylviosamine synthesis |
| ? | REL606 | 2041468 = | 191 (3.730) | coding (1353/1428 nt) | wzx | O antigen translocase (Wzx) | |||||
TTCATTTGTTGCAACTTCACATGCTATTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2041135‑2041054‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atataatGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAAC > REL606/2041468‑2041541 TTCATTTGTTGCAACTTCACATGCTATTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGA > 1:1597789/1‑76TTCATTTGTTGCAACTTCACATGCTATTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGA < 1:606072/76‑1 TCATTTTTTGAACCTTAACATGCTTTTTTAGGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATAATGGAT < 2:38575/76‑1 CATTTGTTGCAACTTCACATGCTATTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATA < 1:1004737/76‑1 ATTTGTTGCAACTTCACATGCTATTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATAT < 2:1457694/76‑1 TTTGTTGCAACTTCACATGCTATTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATA < 1:497367/76‑1 TTTGTTGCAACTTCACATGCTATTTTATAGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATA < 1:497379/76‑1 TTGTTGCAACTTCACATGCTATTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGTATATAA < 2:643007/76‑1 TTGCAACTTCACATGCTATTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGG < 2:1494659/76‑1 TGCAACTTCACATGCTATTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATTTTGAAAATGATGGATATAATGGC < 2:775104/76‑1 GCAACTTCACATGCTATTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCA < 2:88269/76‑1 CAACTTCACATGCTATTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCAT < 2:1376626/76‑1 TTCACATGCTATTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAA < 2:186734/76‑1 TTCACATGCTATTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAA < 2:1091539/76‑1 TTCACATGCTATTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAA < 2:641466/76‑1 TCACATGCTATTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTGTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAAT < 2:697080/76‑1 TCACATGCTATGGTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAAT < 2:404526/76‑1 CATTCTATTTTATGTAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGAGATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAA < 2:870124/76‑1 CATTCTATTTTATGGAATGTACTTACGCCTTTCTTTTTTGATATTGAAAATGATGGATATAATTGCATTTAATAAA < 2:870122/76‑1 TGCTATTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAAT < 2:720591/76‑1 TGCTATTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAAT < 2:1324011/76‑1 GCTATTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATA < 2:1472767/76‑1 CTATTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAG < 2:198426/76‑1 TATTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGT < 2:148173/76‑1 TTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGATAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAA < 2:1626192/76‑1 TTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAA < 2:1742044/76‑1 TTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAAT < 2:1776744/76‑1 TTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAAT < 2:1776748/76‑1 TTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAAT < 2:61950/76‑1 TATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATA < 2:784795/76‑1 ATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATAT < 2:520326/76‑1 ATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATAT < 2:487725/76‑1 ATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATAT < 2:520341/76‑1 GGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTA < 2:684023/76‑1 GGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTA < 2:246412/76‑1 GGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTA < 2:77945/76‑1 GAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTAT < 2:1746240/76‑1 AATGGACTGACGCCTGTCGTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATA < 2:1348303/76‑1 acGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATAT < 2:1306079/74‑1 ATGGGCTTACGCCGGTCTTTGTTGATATTGAAAAGGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATAT < 2:768139/76‑1 ATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATAT < 2:1306059/76‑1 ATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATAT < 2:1642053/76‑1 ATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATAT < 2:1642073/76‑1 ACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAA < 2:218598/76‑1 ACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAA < 2:1821954/76‑1 ACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAA < 2:973901/76‑1 ACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAA < 2:48410/76‑1 ctaTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTT < 2:277053/73‑1 CTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTT < 2:277032/76‑1 CTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCAT < 2:838199/76‑1 TTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATA < 2:961005/76‑1 TGTTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACT < 2:474668/76‑1 TTGATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTA < 2:1667354/76‑1 GATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATT < 2:190739/76‑1 GATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATT < 2:877417/76‑1 ATATTGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTT < 2:1642407/76‑1 TGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATT < 2:1101726/76‑1 TGAAAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATT < 2:1823193/76‑1 AAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTAT < 2:1804744/76‑1 AAATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTAT < 2:1804737/76‑1 ATGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAA < 2:913104/76‑1 TGATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAAGATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAAT < 2:785096/76‑1 ATGGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATAT < 2:1715857/76‑1 GGATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAG < 2:72611/76‑1 ATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTT < 1:1200106/76‑1 ATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTT < 2:1449750/76‑1 ATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTT < 2:1200106/76‑1 TATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTA < 2:1340131/76‑1 TATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTA > 1:1206325/1‑76 ATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAG > 1:868900/1‑76 ATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAG > 1:1705109/1‑76 ATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAG < 1:1205484/76‑1 TAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGA > 2:1797004/1‑76 AATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAA > 1:77243/1‑76 AATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAA > 1:77228/1‑76 AATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAA < 1:1761644/76‑1 ATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAAC > 2:1032209/1‑76 TTCATTTGTTGCAACTTCACATGCTATTTTATGGAATGGACTTACGCCTGTCTTTGTTGATATTGAAAATGATGGATATAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2041135‑2041054‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atataatGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAAC > REL606/2041468‑2041541 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |