| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | 2041054 = | 106 (1.880) | 56 (1.090) | 34/136 | 0.5 | 28.1% | coding (330/1113 nt) | vioA | VioA, involved in dTDP‑N‑acetylviosamine synthesis |
| ? | REL606 | 2041468 = | 191 (3.730) | coding (1353/1428 nt) | wzx | O antigen translocase (Wzx) | |||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
TATTTTTTTATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCATTTAATAAAATAGTAAATATTATATTTAATAAAGGTTCCATACTTATTTCATTTATAATATAGTTAGAACCT > REL606/2041394‑2041543 | ttgacaaataatggaccatttcatcaagaactcgaggaaaaattatgtgaatttttgggtgtgcagcatatAATgg < 2:275445‑M2/5‑1 (MQ=255)tATTTTTATATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATgg < 1:920800/76‑1 (MQ=255) tgcaacttcacatgctattttatggaatggacttacgcctgtctttgttgattttgaaaatgatggatataatGGc < 2:775104‑M2/3‑1 (MQ=255) tttttttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGNTGTATATAATGGct < 1:1001372/76‑2 (MQ=255) tttttttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCa < 1:88269/76‑1 (MQ=255) tttttttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCa < 1:1319614/76‑1 (MQ=255) gcaacttcacatgctattttatggaatggacttacgcctgtctttgttgatattgaaaatgatggatataatGGCa < 2:88269‑M2/4‑1 (MQ=255) ttttttATAAGAGAAATAATAGTCATAAATATTTCTTTGTACATAATTCGAATTAGTGTGATGTATATAATGGCAt < 1:1376626/76‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |