| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | REL606 | = 3737261 | 48 (2.170) | 4 (0.190) | 3/142 | 2.7 | 8.8% | coding (566/1254 nt) | waaL | Lipid A‑core, surface polymer ligase |
| ? | REL606 | = 3737695 | 37 (1.770) | coding (132/1254 nt) | waaL | Lipid A‑core, surface polymer ligase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAG > REL606/3737191‑3737336 | tGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTa < 2:41106/76‑1 (MQ=255)tGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTa < 2:242765/76‑1 (MQ=255)tGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTa < 2:239803/76‑1 (MQ=255)tGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTa < 2:224651/76‑1 (MQ=255) cACGCATTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTaaa < 2:712006/76‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAg < 1:160272/76‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAg < 1:43721/76‑1 (MQ=255) cgcgTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGt < 1:106171/76‑1 (MQ=255) gTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCgg > 1:182522/1‑76 (MQ=255) gTTTCAGTTACTATGAAAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCgg < 1:206799/76‑1 (MQ=255) ttCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGAt < 2:482011/76‑1 (MQ=255) aGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGAtttt < 2:80872/76‑1 (MQ=255) tATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATg < 1:427506/76‑1 (MQ=255) tATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATg > 1:81443/1‑76 (MQ=255) aTGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATga > 2:612245/1‑76 (MQ=255) gACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATgaga < 1:513834/76‑1 (MQ=255) aGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAAtt > 1:511382/1‑76 (MQ=255) gCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTg < 2:166450/76‑1 (MQ=255) caTAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATg > 1:55484/1‑76 (MQ=255) caTAAGCAAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATg > 1:450721/1‑76 (MQ=255) ctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTa > 2:457962/1‑76 (MQ=255) ctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTa > 1:242989/1‑76 (MQ=255) ctaagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTa > 1:243000/1‑76 (MQ=255) taagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTaa < 2:617169/76‑1 (MQ=255) taagcATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTaa < 1:680567/76‑1 (MQ=255) aTGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAaagaag > 1:324994/1‑76 (MQ=255) tGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAgg > 2:125550/1‑76 (MQ=255) aGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATatctgcattgtattttctaatgacaccaaaaaaaacaataactaataat > 2:142068‑M1/1‑27 (MQ=255) aGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaa < 2:42/76‑1 (MQ=255) aGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaa < 2:511382/76‑1 (MQ=255) aGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaa > 2:690013/1‑76 (MQ=255) aGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaa > 2:131023/1‑76 (MQ=255) aGTTAATTGTATATAATGTCGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGaa > 1:142068/1‑76 (MQ=255) aTTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGga < 1:154400/76‑1 (MQ=255) ttGTATATAATGTTGTTTTATatctgcattgtattttctaatgacaccaaaaaaaacaataactaataatcctact > 2:365111‑M1/1‑21 (MQ=255) ttGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGCTTTTAAAATTAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAggtt > 1:589812/1‑74 (MQ=255) ttGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgat > 1:365111/1‑76 (MQ=255) ttGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGgat > 2:589208/1‑76 (MQ=255) tataATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGt > 1:258/1‑76 (MQ=255) aaTGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGc > 1:552838/1‑76 (MQ=255) tgttgtTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCct > 2:692667/1‑76 (MQ=255) tgttgtTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCct > 1:560890/1‑76 (MQ=255) ttgttTTATatctgcattgtattttctaatgacaccaaaaaaaacaataactaataatcctactttgttaattttc > 2:608607‑M1/1‑9 (MQ=255) ttgttTTATatctgcattgtattttctaatgacaccaaaaaaaacaataactaataatcctactttgttaattttc > 2:608613‑M1/1‑9 (MQ=255) ttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgc > 1:608613/1‑76 (MQ=255) ttgttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgc > 1:608607/1‑76 (MQ=255) gttTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCctgctg < 1:443902/76‑1 (MQ=255) ttttATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgt > 1:552312/1‑76 (MQ=255) tttATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgtt > 1:709034/1‑76 (MQ=255) tATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCtgttgt > 1:541438/1‑76 (MQ=255) tGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAg < 2:25728/76‑1 (MQ=255) tGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAg < 2:81443/76‑1 (MQ=255) | TGCACGCGTTTCAGTTACTATGACAGCACATAAGCTAAGCATGAAGTTAATTGTATATAATGTTGTTTTATGTCTAAAGTCGGATTTTAAAATGAGAATTGATGCCAGTAAAGAAGGGAAAAGGATGATGTAGCCTGCTGTTGTAG > REL606/3737191‑3737336 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |