| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1287084 | 11 (0.160) | 40 (0.700) | 22/176 | 1.3 | 59.7% | noncoding (153/171 nt) | rttR | rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
| ? | NC_000913 | 1287557 = | 45 (0.780) | noncoding (66/85 nt) | tyrT | tRNA‑Tyr | |||||
CCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1286928‑1287084‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atggtggt‑gggggaaggattCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCAAATGACGCGC > NC_000913/1287557‑1287691 CCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCCGGGACTTTTGAAAGTGAT < 1:1090236/139‑1 GGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT < 1:762903/139‑1 GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGCGATGGTGGT‑G > 1:957990/1‑139 CGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGG < 1:375049/139‑1 CGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGC < 2:828817/139‑1 CGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGC < 2:399570/139‑1 CTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGG > 2:453566/1‑139 TCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGC > 2:824569/1‑139 CTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTC < 1:824569/139‑1 TCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCG < 1:430611/139‑1 TCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGG > 1:963475/1‑139 TCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTG < 1:490855/121‑1 TCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTG > 2:490855/1‑121 CCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGATTTCAGGGACGTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGG > 2:1020448/1‑139 CCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGGTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGG < 2:550541/139‑1 CCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGAC < 1:401440/102‑1 CCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGAC > 2:401440/1‑102 CCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAA > 2:673582/1‑139 GCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACC < 2:586160/139‑1 aatccgcAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCA > 2:543924/8‑139 GGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCAC > 2:631744/1‑139 GGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTG < 2:1199664/111‑1 GGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTG > 1:1653504/1‑111 GGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTG > 1:1199664/1‑111 GGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTG < 2:1653504/111‑1 GCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA > 2:143851/1‑139 TGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA‑GGGGTAATtc > 2:509188/1‑137 TGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA‑GGGGTAATtcaaat > 2:1523870/1‑133 TGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAC > 2:1287093/1‑118 TGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAC < 1:1287093/118‑1 CGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGG > 1:891884/1‑79 CGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGG < 2:891884/79‑1 CGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGA > 2:1653756/1‑50 CGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGA < 1:1653756/50‑1 CGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAT > 1:569064/1‑38 CGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAT < 2:569064/38‑1 GGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA‑GGGGTAATtcaaatttt > 2:1636617/1‑130 GATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAC > 1:1381509/1‑114 GATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAC < 2:1381509/114‑1 TCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCG > 1:123768/1‑49 TCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCG < 2:123768/49‑1 AGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAC > 1:1191414/1‑97 AGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAC < 2:1191414/97‑1 GGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGA < 1:448095/55‑1 GGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGA > 2:448095/1‑55 GATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAC < 1:961769/81‑1 GATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAC > 2:961769/1‑81 ATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAC > 1:1213366/1‑80 ATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAC < 2:1213366/80‑1 TGGTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCA > 2:223308/1‑139 GTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATA > 2:897114/1‑139 GTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCA > 1:777539/1‑42 GTGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCA < 2:777539/42‑1 TGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATAT > 1:614531/1‑139 TGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGT > 1:91803/1‑51 TGGT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGT < 2:91803/51‑1 GT‑GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCA > 1:234750/1‑139 GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCA > 2:1570145/1‑37 GGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCA < 1:1570145/37‑1 GGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAA > 2:967921/1‑86 GGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAA < 1:967921/86‑1 GGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAA < 1:33155/86‑1 GGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAA > 2:33155/1‑86 GGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGG < 1:199933/122‑1 GGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGG > 2:199933/1‑122 AAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGTCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCAAATGACG < 1:1228014/139‑1 AAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACC < 2:886143/68‑1 AAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACC > 1:886143/1‑68 AGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTCACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACC < 2:663757/67‑1 AGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTCACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACC > 1:663757/1‑67 GATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCAAATGACGCGC < 1:370952/139‑1 TCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAA > 2:594014/1‑60 TCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAA < 1:594014/60‑1 TCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGG < 2:602062/58‑1 TCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGG > 1:602062/1‑58 CCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1286928‑1287084‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atggtggt‑gggggaaggattCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCAAATGACGCGC > NC_000913/1287557‑1287691 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |