| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1287084 | 11 (0.160) | 40 (0.700) | 22/176 | 1.3 | 59.7% | noncoding (153/171 nt) | rttR | rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
| ? | NC_000913 | 1287557 = | 45 (0.780) | noncoding (66/85 nt) | tyrT | tRNA‑Tyr | |||||
ACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGG > NC_000913/1286965‑1287219 | gcGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTc > 1:1363242/2‑139 (MQ=11) cGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacgg < 1:375049‑M1/139‑24 (MQ=255) cGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggc < 2:828817‑M1/139‑25 (MQ=255) cGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggc < 2:399570‑M1/139‑25 (MQ=255) cGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGG‑‑‑GGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCg > 1:167407/1‑139 (MQ=11) cGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTGTGAAAGCGATGGTGGT‑GGGGGAGGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCt < 2:957990/139‑1 (MQ=11) aGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTc < 2:1363242/139‑1 (MQ=11) ctcATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttgg > 2:453566‑M1/1‑91 (MQ=255) tcATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggc > 2:824569‑M1/1‑90 (MQ=255) cTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctc < 1:824569‑M1/139‑55 (MQ=255) tCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcg < 1:430611‑M1/139‑56 (MQ=255) tCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgg > 1:963475‑M1/1‑83 (MQ=255) tCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctg > 2:490855‑M1/1‑83 (MQ=255) tCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctg < 1:490855‑M1/121‑39 (MQ=255) ccccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGATTTCAGGGACGTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcggg > 2:1020448‑M1/1‑82 (MQ=255) ccccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGGTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcggg < 2:550541‑M1/139‑58 (MQ=255) cccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgac > 2:401440‑M1/1‑81 (MQ=255) cccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgac < 1:401440‑M1/102‑22 (MQ=255) ccGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaa > 2:673582‑M1/1‑80 (MQ=255) gCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaacc < 2:586160‑M1/139‑62 (MQ=255) aatccgcaatatttgaTTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaacccca > 2:543924‑M1/8‑75 (MQ=255) gggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaaccccac > 2:631744‑M1/1‑74 (MQ=255) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctg > 1:1653504‑M1/1‑73 (MQ=255) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctg < 2:1199664‑M1/111‑39 (MQ=255) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctg > 1:1199664‑M1/1‑73 (MQ=255) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctg < 2:1653504‑M1/111‑39 (MQ=255) gCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaaccccacca > 2:143851‑M1/1‑72 (MQ=255) tGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaaccccaccaggggtaattc > 2:509188‑M1/1‑62 (MQ=255) tGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaaccccaccaggggtaattcaaat > 2:1523870‑M1/1‑58 (MQ=255) tGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaac > 2:1287093‑M1/1‑58 (MQ=255) tGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaac < 1:1287093‑M1/118‑61 (MQ=255) cGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacgg > 1:891884‑M1/1‑56 (MQ=255) cGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacgg < 2:891884‑M1/79‑24 (MQ=255) ggATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaaccccaccaggggtaattcaaatttt > 2:1636617‑M1/1‑55 (MQ=255) gATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaac < 2:1381509‑M1/114‑61 (MQ=255) gATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaac > 1:1381509‑M1/1‑54 (MQ=255) gTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTc < 1:767847/138‑1 (MQ=255) gTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTc > 2:767847/1‑138 (MQ=12) tCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcg > 1:123768‑M1/1‑39 (MQ=255) tCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcg < 2:123768‑M1/49‑11 (MQ=255) cAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCg > 1:1385062/1‑139 (MQ=2) aGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaac > 1:1191414‑M1/1‑37 (MQ=255) aGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaac < 2:1191414‑M1/97‑61 (MQ=255) aGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGACGCTTCTCATCCTTCCCCGc < 1:1103852/139‑1 (MQ=1) aGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGc < 1:318503/139‑1 (MQ=2) ggACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatga < 1:448095‑M1/55‑21 (MQ=255) ggACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatga > 2:448095‑M1/1‑35 (MQ=255) gATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaac > 2:961769‑M1/1‑21 (MQ=255) gATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaac < 1:961769‑M1/81‑61 (MQ=255) aTGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaac < 2:1213366‑M1/80‑61 (MQ=255) aTGGTGGT‑GGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaac > 1:1213366‑M1/1‑20 (MQ=255) tggtggt‑ggGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaaccccaccacggggtaatgctttttactggcctgctcccttatcgggaagcggggcgcatca > 2:223308‑M1/1‑19 (MQ=255) gtggt‑ggGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaaccccaccacggggtaatgctttttactggcctgctcccttatcgggaagcggggcgcatcata > 2:897114‑M1/1‑17 (MQ=255) gtggt‑ggGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggca > 1:777539‑M1/1‑17 (MQ=255) gtggt‑ggGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggca < 2:777539‑M1/42‑26 (MQ=255) tggt‑ggGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaaccccaccacggggtaatgctttttactggcctgctcccttatcgggaagcggggcgcatcatat > 1:614531‑M1/1‑16 (MQ=255) tggt‑ggGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagt < 2:91803‑M1/51‑36 (MQ=255) tggt‑ggGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagt > 1:91803‑M1/1‑16 (MQ=255) gt‑ggGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaaccccaccacggggtaatgctttttactggcctgctcccttatcgggaagcggggcgcatcatatca > 1:234750‑M1/1‑14 (MQ=255) gggggAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggca < 1:1570145‑M1/37‑26 (MQ=255) gggggAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggca > 2:1570145‑M1/1‑12 (MQ=255) ggggAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaaccccaccacggggtaa > 2:967921‑M1/1‑11 (MQ=255) ggggAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaaccccaccacggggtaa < 1:967921‑M1/86‑76 (MQ=255) ggggAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaaccccaccacggggtaa < 1:33155‑M1/86‑76 (MQ=255) ggggAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaaccccaccacggggtaa > 2:33155‑M1/1‑11 (MQ=255) ggAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaaccccaccacggggtaatgctttttactggcctgctcccttatcgggaagcgggg > 2:199933‑M1/1‑9 (MQ=255) ggAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaaccccaccacggggtaatgctttttactggcctgctcccttatcgggaagcgggg < 1:199933‑M1/122‑114 (MQ=255) aaGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaaccccaccacggggtaatgctttttactggtctgctcccttatcgggaagcggggcgcatcatatcaaatgacg < 1:1228014‑M1/139‑133 (MQ=255) aaGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaacc < 2:886143‑M1/68‑62 (MQ=255) aaGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaacc > 1:886143‑M1/1‑7 (MQ=255) aGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagattcacagtctgctccctttggccgctcgggaacc > 1:663757‑M1/1‑6 (MQ=255) aGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagattcacagtctgctccctttggccgctcgggaacc < 2:663757‑M1/67‑62 (MQ=255) aGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAgc > 2:923654/1‑73 (MQ=17) aGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAgc < 1:923654/74‑2 (MQ=17) gATTcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaaccccaccacggggtaatgctttttactggcctgctcccttatcgggaagcggggcgcatcatatcaaatgacgcgc < 1:370952‑M1/139‑136 (MQ=255) tcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaa < 1:594014‑M1/60‑60 (MQ=255) tcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcgggaa > 2:594014‑M1/1‑1 (MQ=255) tcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcggg > 1:602062‑M1/1‑1 (MQ=255) tcgaaccttcgaagtcgatgacggcagatttacagtctgctccctttggccgctcggg < 2:602062‑M1/58‑58 (MQ=255) | ACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGT‑GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGG > NC_000913/1286965‑1287219 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |